各級軍事法院及分院檢察署軍法行政之監督，依下列規定︰ 一、國防部部長監督各級軍事法院及分院檢察署。 二、最高軍事法院檢察署檢察長監督該署與所屬下級軍事法院及其分院檢察署。 三、高等軍事法院檢察署檢察長監督該署及其分院檢察署與所屬下級軍事法院及其分院檢察署。 四、高等軍事法院分院檢察署檢察長監督該署與所屬下級軍事法院及其分院檢察署。 五、地方軍事法院檢察署檢察長監督該署及其分院檢察署。 六、地方軍事法院分院檢察署檢察長監督該署。
根據國防部各級軍事法院組織準則第22條，各級軍事法院及分院檢察署在軍法行政的監督上有以下的規定：一、國防部部長監督各級軍事法院及分院檢察署；二、最高軍事法院檢察署檢察長監督該署與其所屬下級軍事法院及分院檢察署；三、高等軍事法院檢察署檢察長監督該署及其所屬下級軍事法院及分院檢察署；四、高等軍事法院分院檢察署檢察長監督該署與其所屬下級軍事法院及分院檢察署；五、地方軍事法院檢察署檢察長監督該署及其所屬分院檢察署；六、地方軍事法院分院檢察署檢察長監督該署。 根據指導案例《檢察官與法院之行使職權及職司分際》一案（最高法院 108 年度台上字第 71 號刑事判決），檢察官在執行職務時，除非有緊急狀況或法律另有規定，應該在其所屬軍事法院及分院檢察署的轄區內執行職權。該案例指出檢察官對於法院是獨立行使職權的，但仍然需要依照法院的權限範圍行使，因此下級軍事法院檢察署的檢察官對於上級法院的裁判，或者上級軍事法院檢察署的檢察官對於下級法院的裁判，都不能提起上訴或抗告。所以可以推論，根據國防部各級軍事法院組織準則第22條的規定，各級軍事法院及分院檢察署之間的監督是屬於檢察系統內部的行政監督，不涉及對法院裁判的上訴或抗告。
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