根據國家中山科學研究院設置條例第3條，該院的業務範圍包括國防科技及主要武器裝備的研究發展、生產製造及銷售，軍民通用科技的研究發展、生產製造及銷售，國內外科技的合作、資訊交流及推廣，國內外科技的技術移轉、技術服務及產業服務，國防科技人才的培育，重要國防軍事設施工程，配合國防部重大演訓及戰備急需的事項，以及其他與院設立目的相關的事項。 根據該條第2款規定，有關銷售、科技合作、技術移轉及技術服務等相關辦法由國防部定之。 而根據該條第3款規定，在本院執行業務涉及國家機密、軍事機密或國防秘密時，應由國防部按照國防部軍備局及其所屬機關的相關規定進行機密的核定與等級變更，并負責監督本院對機密的保護。 根據以上資料，國家中山科學研究院在執行相關業務時，需要遵守國家機密、軍事機密或國防秘密的相關規定，并由國防部負責核定機密等級及監督保護工作。具體的銷售、科技合作、技術移轉及技術服務等相關辦法則由國防部定立。
本院之業務範圍如下： 一、國防科技及主要武器裝備之研究發展、生產製造及銷售。 二、軍民通用科技之研究發展、生產製造及銷售。 三、國內外科技之合作、資訊交流及推廣。 四、國內外科技之技術移轉、技術服務及產業服務。 五、國防科技人才之培育。 六、重要國防軍事設施工程。 七、配合國防部重大演訓及戰備急需之事項。 八、其他與本院設立目的相關之事項。 前項第一款至第四款之有關銷售、科技合作、技術移轉及技術服務等相關辦法，由國防部定之。 本院執行第一項業務有涉及國家機密、軍事機密或國防秘密之事項時，應由國防部比照國防部軍備局及其所屬機關（構）相關規定予以機密之核定與等級變更，並善盡監督本院保護機密之責。
立法理由一、第一項規定國家中山科學研究院之業務範圍。 二、第一項第一款至第四款之業務，涉及國防科技政策事務，應由監督機關訂定辦法規範之。 三、為確保國家安全或利益，第三項規定，國家中山科學研究院執行第一項業務有涉及國家機密、軍事機密或國防秘密之事項時，應由國防部比照國防部軍備局及其所屬機關（構）相關規定予以機密之核定與等級變更，並善盡監督本院保護機密之責。
一、第一項規定國家中山科學研究院之業務範圍。 二、第一項第一款至第四款之業務，涉及國防科技政策事務，應由監督機關訂定辦法規範之。 三、為確保國家安全或利益，第三項規定，國家中山科學研究院執行第一項業務有涉及國家機密、軍事機密或國防秘密之事項時，應由國防部比照國防部軍備局及其所屬機關（構）相關規定予以機密之核定與等級變更，並善盡監督本院保護機密之責。
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