本院檔案分「民事訴訟」「刑事訴訟」及「行政事務」三類，各置卷宗保存簿，以備登記歸檔之用。 民刑事訴訟卷宗，置登記簿，民事卷宗，登記第一上訴人或抗告人、聲請人姓名，或公司行號或法人；刑事卷宗，登記第一被告人或抗告人、聲請人姓名，其餘當事人登載於備考欄，如不敷登載應登附冊，以備查考。
根據《最高法院案卷歸檔編號及保存期限實施要點》第3條規定，最高法院將檔案分為民事訴訟、刑事訴訟和行政事務三個類別，並分別設置卷宗保存簿進行登記。其中，民事訴訟卷宗在登記簿中要登記第一上訴人或抗告人、聲請人的姓名，以及公司行號或法人；而刑事訴訟卷宗則要登記第一被告人或抗告人、聲請人的姓名，而其他當事人則登載於備考欄。如果登載不敷的情況下，應該附冊登記以供查考。 根據相關資料，《最高法院案卷歸檔編號及保存期限實施要點》是由中華民國最高法院於2004年12月30日頒布，以系統化管理法院案卷歸檔的規範性文件。該要點明確規定了案卷歸檔的方式，並對各類別的卷宗進行區分和登記的要求，以保障檔案資料的完整性和查詢的有效性。
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