民刑事訴訟卷宗，應於辦理終結經發卷後，其底卷即行歸檔。行政事務卷宗俟年度終了後歸檔，但具有單獨性者，得隨時歸檔。
根據《最高法院案卷歸檔編號及保存期限實施要點》第5條，民刑事訴訟卷宗於辦理終結後即須進行歸檔，而行政事務卷宗則需等到年度終結後再進行歸檔。然而，若行政事務卷宗具有單獨性，則可以隨時進行歸檔。 依照參考資料《最高法院案卷歸檔編號及保存期限實施要點》，這些規定是為了確保案卷的整理和保存，以維護司法機關的運作。民刑事訴訟卷宗的歸檔時間是在辦理終結後，這表示案件已經審結並進入結束階段。而行政事務卷宗的歸檔則延後到年度終了後進行，這可能是因為行政事務卷宗的數量較多，需要更多時間來進行整理和歸檔。 符合單獨性的行政事務卷宗可以隨時進行歸檔，這可能是因為這些卷宗與其他案件沒有相互關聯，可以單獨進行處理和保存。 以上資料來自最新的《最高法院案卷歸檔編號及保存期限實施要點》。
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