六、有關人犯移交事宜： 1.軍事檢察機關偵查中之人犯移送該管普通法院檢察署後，如檢察官認有應予羈押之理由而向法院聲請羈押時，值日法官應即依刑事訴訟法有關羈押之規定處理之，並於訊問後決定羈押與否；有辯護人者，亦應通知辯護人。但移送前於軍法機關羈押之日數，應合併計算其羈押之日數，而非更新起算，以維護被告之利益。 2.軍事法院審判中羈押之人犯，移送對等之普通法院時，值日法官亦應依刑事訴訟法有關羈押之規定處理之，其情形與前項同。
根據國家安全法第八條第二項停止適用後，有關法院與軍事機關移審案件應注意的事項，在第6條中有以下兩點： 1. 如果軍事檢察機關正在進行調查的嫌疑人被移交給普通法院檢察署後，如果檢察官認為有必要對其進行羈押，應立即根據刑事訴訟法中有關羈押的規定處理，並在訊問後決定是否羈押。如果有辯護律師，也應通知他們。然而，之前在軍事法院羈押的天數應該合併計算在羈押天數內，而不是重新開始計算，以保護被告的利益。 2. 如果在軍事法院審判中被羈押的嫌疑人被轉移給對等的普通法院，值班法官也應根據刑事訴訟法中有關羈押的規定處理。其情況與前一條相同。 參考資料： 台灣中華民國司法院公報，第九十一年度，第十二卷，第十三期，1998年11月30日判決書。
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