他方締約國之企業經由其於中華民國境內之常設機構從事營業，應依下列規定計算歸屬於該常設機構之營業利潤，課徵所得稅： 一、應將該常設機構視為於相同或類似條件下從事相同或類似活動之獨立企業，且以完全獨立之方式與他方締約國之企業從事交易，並依營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則規定計算可歸屬該常設機構之利潤，同時備妥足資證明其所歸屬之利潤符合常規之移轉訂價文據，以供稅捐稽徵機關查核。但他方締約國之企業以其在中華民國境內銷售貨物或提供服務之利潤全部歸屬於該常設機構之利潤者，得以該全部利潤為準，不受備妥移轉訂價文據之限制。 二、他方締約國之企業依所得稅協定有關營業利潤之規定，減除該常設機構為營業目的而發生之費用時，應依所得稅法、營利事業所得稅查核準則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則及相關法令規定辦理。
適用所得稅協定查核準則第 28 條規定了當一方締約國的企業透過其在中華民國境內的常設機構進行營業時，應如何計算該常設機構所得利潤並課徵所得稅。根據該條款的規定： 一、對於該常設機構與另一方締約國的企業進行的交易，應視為兩個獨立企業在相同或類似條件下進行相同或類似活動，並依照營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則的規定，計算可歸屬於該常設機構的利潤。同時，該常設機構必須提供足夠的證據來證明其所得利潤符合常規的移轉訂價原則，以供稅捐稽徵機關查核。然而，如果另一方締約國的企業的全部利潤來源於在中華民國境內的貨物銷售或服務提供，則該全部利潤可以作為計算基礎，不受備妥移轉訂價證據的限制。 二、根據所得稅協定的規定，當該常設機構發生營業成本時，可以按照所得稅法、營利事業所得稅查核準則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則和相關法規的規定來扣減這些費用。 根據上述解釋，這個條款確定了當一方締約國的企業透過常設機構在中華民國境內經營時，如何計算該常設機構的利潤並課徵所得稅。它要求常設機構與另一方締約國的企業之間的交易應以獨立企業的方式進行，並遵從移轉訂價原則。同時，它還確定了可以扣除的相關費用並參考了相關的法律規定和準則。 參考資料： 1. 稅捐稽徵法（財政部稅務入口網）- https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/web/ETWmain10102_2_3 2. 營利事業所得稅辦理手冊（財政部稅務入口網）- https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/web/ETWmain10103_4_3_1_2 3. 營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則（財政部稅務入口網）- https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/front/ETW158W2?site=pub&act=C2010&path=006&width=1079 4. 所得稅協定（財政部稅務入口網）- https://www.etax.nat.gov.tw/etwmain/front/ETW102W7_202
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