依所得稅協定相互協議程序之規定，所得稅協定規定之人就他方締約國或雙方締約國之課稅不符合所得稅協定之情形，得依規定提出相互協議程序申請者，其提出申請之程序，及中華民國主管機關受理該項申請、據以與他方締約國主管機關進行相互協議程序或受理他方締約國主管機關依適用之所得稅協定提出相互協議程序請求案件之事宜，由財政部定之。
適用所得稅協定查核準則第 41 條規定了相互協議程序的申請及處理程序。根據這一條款，如果某個人認為其課稅情況不符合所得稅協定的規定，他可以依照規定提出相互協議程序的申請。申請的程序以及中華民國主管機關處理這些申請的事宜，包括接受申請，與對方締約國主管機關進行相互協議程序，或者處理對方締約國主管機關根據適用的所得稅協定提出的相互協議程序請求案件，這些事宜將由財政部來定義。
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