根據海關管理保稅工廠辦法第45條的規定，對於保稅工廠存倉或在製的保稅物品，如果遭受水災、風災、火災或其他天然災害而造成損毀，可以在災害結束的翌日起一週內向海關報請查明並經核實，確認屬實的情況下，可以核實除帳。 同樣地，如果保稅工廠存倉或在製的保稅物品遭受失竊而短少，可以向警察機關報案並取得證明後，報請海關查明並經核實，確認屬實的情況下，應在失竊的翌日起三個月內進行補稅除帳。如果有特殊情況，報經監管海關核准後，可以申請提供保證金暫免補稅，但最長期限不得超過六個月。若在期限內仍未找回短少的貨物，海關將抵繳保證金作為稅款結案，而如果找回一部分貨物，海關應將保證金退還。
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