根據保稅倉庫設立及管理辦法第 11 條的規定，保稅倉庫設立者應向海關繳納保證金。具體而言： 1. 經核准設立的保稅倉庫，除了政府機關或公營事業設立者外，應繳納新臺幣三十萬元的保證金。 2. 保稅倉庫經核准自主管理且設立營業已滿三年者，保證金金額為新臺幣三百萬元。若營業不滿三年，保證金金額則為新臺幣六百萬元。然而，在管制區或經海關核准自主管理之貨櫃集散站內的保稅倉庫，保證金金額為新臺幣三十萬元。 3. 自用的保稅倉庫存放的保稅貨物，涉及到的稅費超過保證金金額，倉庫業者應主動提供足額的保證金。此外，售與課稅區廠商按月彙報先行出倉的貨物涉及的稅費亦應加計在內。 4. 專供儲存免稅商店或離島免稅購物商店銷售的自用保稅倉庫，其保證金金額適用第二項的規定。 5. 市區免稅商店或免稅商店設有預售中心的自用保稅倉庫，保證金金額為新臺幣二千萬元。但若其預售中心未存儲保稅貨物，則適用第二項的規定。 6. 以上保證金的提供辦法，依據關稅法第十一條的規定辦理。 舉例而言，例如一家私營企業申請設立保稅倉庫經核准自主管理，且已營業滿三年，則該企業需向海關繳納新臺幣三百萬元的保證金。另外，若一家免稅商店設有預售中心，並擁有自用保稅倉庫，則其保證金金額為新臺幣二千萬元。
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