依短期票券集中保管結算機構許可及管理辦法第4條的規定，如果短期票券集中保管結算機構辦理的清算款項為新台幣，應向中央銀行申請辦理。然而，如果參加人是兼營票券金融業務的證券商，則可以自行選擇一家銀行來辦理清算。另外，如果參加人應收及應付的清算款項是外幣，則必須經過主管機關和中央銀行核准後，才能由經營外幣結算機構和外幣清算銀行來進行結算。如果涉及外匯業務，還需要依據中央銀行的規定辦理。
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