本部委託會計師辦理查核時應就第三條各情況，與會計師就個案釐訂明確之查核範圍、目標及報告內容，併同與會計師議定之主要查核程序於委託書中載明。辦理查核之會計師除與本部議定之主要查核程序外，應視查核實際狀況採取必要之查核程序以獲取足夠適切之證據，以作為撰寫查核報告之依據。
根據財政部委託會計師查核金融機構辦法第5條，當財政部委託會計師進行查核時，應就第三條中列舉的各種情況，與會計師商討明確的查核範圍、目標和報告內容。這些內容應在委託書中明確記載。在進行查核時，除了根據與財政部商討的主要查核程序外，會計師還應根據實際情況，採取必要的查核程序，以取得足夠且適切的證據，作為撰寫查核報告的依據。 舉例來說，如果在查核中發現某金融機構的財務報表與一般公認會計原則不相符，根據查核辦法第5條的規定，會計師可以根據與財政部商討的內容，確定是否需要對此進行更深入的查核程序，以獲取更多的相關證據。根據查核結果，會計師可以撰寫相應的查核報告，向財政部提供查核結果和建議。
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