內部稽核制度之目的，在於協助董（理）事會及管理階層查核及評估內部控制制度是否有效運作，並適時提供改進建議，以合理確保內部控制制度得以持續有效實施及作為檢討修正內部控制制度之依據。
金融控股公司及銀行業內部控制及稽核制度實施辦法第 26 條是關於內部稽核單位對於金融檢查機關、會計師、內部稽核單位與內部單位自行查核提列的意見或缺失，以及內部控制制度聲明書所列的改善事項，應持續追蹤覆查並將其追蹤考核改善情形，以書面提報董事會或審計委員會。這些事項應被列為對各單位獎懲和績效考核的重要項目。該條也提到金融控股公司及銀行業稽核工作考核要點由主管機關定之。 根據現有法規，這一條的目的是要求內部稽核單位對於檢查機關、會計師、內部稽核單位和內部單位自行查核所提出的檢查意見或缺失，以及改善事項，進行持續追蹤和覆查。追蹤考核的結果應以書面形式提交給董事會或審計委員會。此外，這些事項應被列為對各單位進行獎懲和績效考核的重要項目。具體的內部稽核工作考核要點則由主管機關依法定程序制定。
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