本中心置董事長一人，由監督機關就董事中提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同。 董事長之聘任，應由監督機關訂定作業辦法遴聘之。 董事長對內綜理本中心一切事務，對外代表本中心；其因故不能執行職務時，由其指定之董事代行職權，不能指定時，由董事互推一人代行職權。董事長初任年齡不得逾六十五歲，任期屆滿前年滿七十歲者，應即更換。但有特殊考量，經行政院核准者，不在此限。 董事長得為專任或兼任，專任者之報酬由監督機關核定之；兼任者為無給職。
根據國家資通安全科技中心設置條例第9條，該中心需設置一位董事長，由監督機關提請行政院院長聘任。董事長的解聘也需要經過相同的程序。董事長的聘任程序應由監督機關制定相關作業辦法進行遴聘。 董事長在內部負責管理該中心的所有事務，在外部代表該中心。當董事長因故無法執行職務時，可以由他指定的董事代行職權，如果無法指定，則由董事互推選出一人代行職權。董事長任期內，若年滿七十歲，則應立即更換，除非經過行政院核准的特殊考量。 董事長可以兼任或專任，專任的董事長薪酬由監督機關核定，兼任的董事長則不接受薪酬。 參考資料： - 國家資通安全科技中心設置條例 - 行政院網站上公布的職位聘任程序及相關作業辦法
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