會計室，除對上級機關主辦會計人員負責外，並依法受所長指揮，綜理歲計、會計事務及兼辦統計業務，其職掌如左： 一、本所會計制度之設計。 二、概算、預算、決算及會計報告之編製，及預算之執行。 三、原始憑證之審核。 四、記帳憑證之製據。 五、會計簿籍之登記。 六、有關統計、主計業務。 七、其他有關會計事項。
國立中國醫藥研究所辦事細則第12條規定了會計室的職掌，主要包括設計本所的會計制度、編製概算、預算、決算和會計報告，審核原始憑證，製據記帳憑證，登記會計簿籍，負責統計、主計業務，以及其他相關的會計事項。 其中，根據私立學校建立會計制度實施辦法第29條的規定，私立學校的會計室應對會計憑證、會計報告、會計簿籍等檔案進行保管，並遇有遺失、損毀等情況時應立即報告校長及該管教育行政機關的會計單位查明處理。 此外，根據私立學校法第22條、第60條、第62條、第64條第1項及同法施行細則第43條的規定，私立學校的財務管理受主管教育行政機關的監督，並應報請主管教育行政機關核查執行預算。私立學校的收入應全數用於預算項目之支出，如有餘款則應撥充學校基金專戶。私立學校的年度結餘款項應於主管教育行政機關核備後一個月內撥充學校基金專戶。 以上是根據私立學校法及其相關規定對於私立學校的會計制度和財務管理的解釋。
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