本所員工差勤適用公務人員請假規則或事務管理規則規定，惟研究人員休假年度採學年度計算基準。凡出差、請假，應依規定手續辦理，除疾病外，未經核准，不得離所。各種會議須準時出席。
國立中國醫藥研究所辦事細則 第三章 服務
§ 15–22共 8 條
本所值日（夜）及經指定擔任特別任務之人員，於各種例假期內，仍須照常到公。值日（夜）規則另定之。
本所職員對所經辦公文，須嚴守秘密，不得洩漏或遺失。
本所職員（工）向上級有所報告時，應按級呈轉，其奉命直接陳述者不在此限。
本所職員（工）對於應辦事項，需隨時自行檢查，不得拖延，如遇重大困難，應即報告主管處理。
本所研究員、副研究員、助理研究員資格依教育人員任用條例及其施行細則規定，並比照大專以上院校各級教師支領學術研究費，自實際到職日支薪。
研究人員之遴用、升遷、續聘與否等資格，需由研究人員當事人檢附著作，每年固定期間提出申請，由本所人員及所外相關專家學者組成學術審查委員會就其任用資格、學術著作及成就評議、審查之。（學術審查委員會成員為九人至十三人，所外相關專家學者三至五人。）評議、審查完竣經本所所長同意後報請教育部核定。
學術審查委員會委員審查各級研究人員資格、遴用、升遷、聘期、考核、獎勵、續聘與否、解聘條件等另訂辦法陳報教育部備查後實施。
文書之處理，依照公文處理規則之規定辦理。
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