根據科學園區設置管理條例第21條的條文，從民國89年1月1日開始，科學事業根據公司法合併的情況下，合併後存續的或者新設立的科學事業，可以繼續享受消滅科學事業合併前已經享受但尚未屆滿或抵減的租稅獎勵。然而，如果是適用於免徵營利事業所得稅的獎勵，則必須繼續生產消滅科學事業合併前所受獎勵的產品或提供受獎勵的勞務，且計算之所得額限於屬於消滅科學事業且獨立生產的產品或提供的勞務部分。另外，如果是適用於投資抵減獎勵的情況，則計算之限制在於屬於消滅科學事業部分的應納稅額。 根據這個條文，分公司符合第四條第二項的規定，並不適用本條的規定。 例子：如果A公司和B公司是兩家科學事業公司，A公司在合併之前享受了某項免徵營利事業所得稅的獎勵，但尚未屆滿，並且A公司合併後繼續生產享受該獎勵的產品或提供相關的勞務，那麼合併後的存續公司或新設立的公司可以繼續享受該獎勵，但只限於屬於A公司原本獨立生產的產品或提供的勞務部分的所得額。
園區事業無論由國外或國內購入之機器設備、原料、物料、燃料、半製品及其所產生之廢品、下腳、產製之成品、半製品均應備置帳冊，據實記載物資出入數量及金額。帳載物資如有缺損，經申敘正當理由報請管理局會同海關及稅捐稽徵機關查明屬實者，准在帳冊內剔除。 前項帳冊及物資，管理局得隨時會同海關及稅捐稽徵機關派員查核。
立法理由按園區事業所需用之各項物資及產製之成品或半製品免徵進口稅捐及貨物稅等，但輸入往保稅範圍外或在保範圍外提供勞務時，仍應課徵稅捐，故必須備置帳冊，據實記載，以便隨時予以查核而杜弊端。
由保稅範圍外之廠商售供園區事業自用之機器、設備、原料、物料、燃料及半製品，視同外銷物資。 前項物資復行輸往保稅範圍外時，應依進口貨物之規定，課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第十八條移列。 二、照黨團協商條文通過。
（刪除）
立法理由一、本條刪除。 二、本條內容已移列至第二十三條第三項及第四項，爰予刪除。
自中華民國八十九年一月一日起，科學事業依公司法規定合併者，合併後存續或新設科學事業，得繼續承受消滅科學事業合併前，依法已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵。但適用免徵營利事業所得稅之獎勵者，應繼續生產消滅科學事業合併前受獎勵之產品或提供受獎勵之勞務，且以合併後存續或新設科學事業中，屬消滅科學事業原受獎勵且獨立生產之產品或提供之勞務部分計算之所得額為限；適用投資抵減獎勵者，以合併後存續或新設科學事業中，屬消滅科學事業部分計算之應納稅額為限。 合於第四條第二項規定之分公司，不適用本條之規定。
立法理由一、條次變更。 二、為摒除園區產品製造之工業思維，以利聚集更多元之技術、創新研發及提供更廣泛之服務態樣，原「科學工業」一詞已不符實際需要，爰將第一項「科學工業」修正為「科學事業」。為擴大激勵國內科學技術之研究創新，其範圍不限於產品，擴及至服務之研發，並擴大引進科學技術相關之產業，不限於工業，爰將「工業」修正為「產業」，並將「科學工業園區」修正為「科學園區」；並依法制體例將「民國」修正為「中華民國」。 三、第二項配合所引用之條次變更，爰予修正。
按園區事業所需用之各項物資及產製之成品或半製品免徵進口稅捐及貨物稅等，但輸入往保稅範圍外或在保範圍外提供勞務時，仍應課徵稅捐，故必須備置帳冊，據實記載，以便隨時予以查核而杜弊端。
一、條次變更，本條為原條文第十八條移列。 二、照黨團協商條文通過。
一、本條刪除。 二、本條內容已移列至第二十三條第三項及第四項，爰予刪除。
一、條次變更。 二、為摒除園區產品製造之工業思維，以利聚集更多元之技術、創新研發及提供更廣泛之服務態樣，原「科學工業」一詞已不符實際需要，爰將第一項「科學工業」修正為「科學事業」。為擴大激勵國內科學技術之研究創新，其範圍不限於產品，擴及至服務之研發，並擴大引進科學技術相關之產業，不限於工業，爰將「工業」修正為「產業」，並將「科學工業園區」修正為「科學園區」；並依法制體例將「民國」修正為「中華民國」。 三、第二項配合所引用之條次變更，爰予修正。
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