主任檢察官在二人以上，其中有因事故不能執行職務者，由其他主任檢察官代理。其僅有一人者，得由檢察長指定檢察官代理。
根據法律資料，根據高等檢察署及其檢察分署處務規程第 22 條，如果高等檢察署的主任檢察官有兩人以上，且其中有某人因事故無法執行職務，那麼其他主任檢察官可以代理該職務。如果只有一位主任檢察官，則可以由檢察長指定其他檢察官代理。根據這項規定，主任檢察官的代理人可以是其他主任檢察官或由檢察長指派的檢察官。
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