第一課職掌下列事項： 一、關於所轄區內事業申請設立、增資、減資、撤資、併購、轉投資及變更投資計畫之核辦事項。 二、關於所轄投資案件之統計分析及追蹤事項。 三、關於所轄區內事業廢品下腳處理查核事項。 四、關於所轄區內事業外國投資人或外國法人投資人之代表人申辦居留簽證有關證明之核發事項。 五、關於所轄區內事業華僑及外國人投資額審定事項。 六、關於所轄區內各目的事業單位聯繫事項。 七、關於加工出口區投資招商行銷、投資法令、手續答詢及協助事項。 八、關於所轄區內事業適用租稅減免有關證明核發事項。 九、關於所轄區內事業申請適用從事轉運業務之核定事項。 十、關於所轄區內事業投資人徵信調查事項。 十一、關於所轄區內事業僑外資股份之轉受讓事項。 十二、其他有關所轄區內事業投資業務事項。
經濟部加工出口區管理處所屬各分處辦事細則第 4 條列明了該分處的職掌，包括以下事項： 1. 處理所轄區內事業設立、增資、減資、撤資、併購、轉投資和變更投資計畫的申請事項。 2. 進行所轄投資案件的統計分析和追蹤事項。 3. 查核所轄區內事業廢品處理事項。 4. 核發有關證明文件，例如所轄區內事業外國投資人或外國法人投資人的代表人申辦居留簽證的事項。 5. 审定所轄區內事業華僑及外國人的投資额。 6. 聯繫所轄區內各目的事業單位的事項。 7. 进行加工出口区投资招商行销、投资法令、手续咨询和协助的事项。 8. 核发有关证明文件，例如所轄區內事業适用租税减免的事項。 9. 核定所轄區內事業申请从事转运业务的事项。 10. 进行所轄區內事業投资人征信调查的事项。 11. 转受让所轄區內事業僑外资股份的事项。 12. 其他相关的所轄區內事業投资业务事项。 以上資料來源為「加工出口區行政處理專書」，於2015年12月31日發布，係由經濟部加工出口區管理處所屬各分處制定的辦事細則。
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