第二課職掌下列事項： 一、關於所轄區內事業限制輸出入貨品之審核簽證事項。 二、關於所轄區內事業戰略性高科技貨品之輸出核可及進口證明文件之核發事項。 三、關於所轄區內事業輸入經經濟部未公告准許輸入之大陸物品專案核准、轉售轉儲、及委外加工案件之核辦事項。 四、關於所轄區內事業原產地證明書及外貨復出口原產地證明書核發事項。 五、關於所轄區內事業免稅貨品輸往課稅區修理、測試、檢驗、委受託加工及提供勞務案件之核辦事項。 六、關於所轄區內事業免稅貨品、戰略性高科技貨品、大陸物品之稽核追蹤事項。 七、關於所轄在區內營業之事業應繳管理費之核算、開單及繳納稽核事項。 八、關於所轄貿易推展、外匯管理、資料蒐集及統計分析事項。 九、關於分處資訊業務事項。 十、關於國際經貿組織業務相關事項。 十一、關於外貿業務法令之修正、答詢事項。 十二、關於外貿業務相關單位之橫向連繫、協調事項。 十三、其他有關外貿業務事項。
根據經濟部加工出口區管理處所屬各分處辦事細則第 5 條，該處的職掌事項包括以下內容： 一、審核簽證事項：關於區內事業限制輸出入貨品的審核簽證事項。 二、輸出核可及進口證明文件核發事項：關於區內事業戰略性高科技貨品的輸出核可和進口證明文件的核發事項。 三、專案核准、轉售轉儲及委外加工案件核辦事項：關於區內事業輸入未公告准許輸入的大陸物品的專案核准、轉售轉儲和委外加工案件的核辦事項。 四、原產地證明書核發事項：關於區內事業的原產地證明書和外貨復出口原產地證明書的核發事項。 五、免稅貨品的修理、測試、檢驗、委託加工及提供勞務核辦事項：關於區內事業的免稅貨品輸往課稅區進行修理、測試、檢驗、委託加工以及提供勞務的核辦事項。 六、稽核追蹤事項：關於區內事業的免稅貨品、戰略性高科技貨品和大陸物品的稽核追蹤事項。 七、管理費核算、開單和繳納稽核事項：關於在區內經營的事業應繳納的管理費的核算、開單和繳納稽核事項。 八、貿易推展、外匯管理、資料蒐集及統計分析事項：關於貿易推展、外匯管理、資料蒐集和統計分析事項。 九、資訊業務事項：關於處內資訊業務的事項。 十、國際經貿組織業務相關事項：關於國際經貿組織業務的相關事項。 十一、外貿業務法令的修正、答詢事項：關於外貿業務法令的修正和答詢事項。 十二、外貿業務相關單位的橫向連繫、協調事項：關於處內外貿業務相關單位的橫向連繫和協調事項。 十三、其他有關外貿業務事項。 以上回答基於經濟部加工出口區管理處所屬各分處辦事細則第 5 條的文字記載內容。
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