各單位處理業務，意見不同時，由單位主管決定之；涉及其他單位職掌者，應會商辦理。各處室意見不同時，由主任秘書協調；協調未決，陳由主任委員或副主任委員核定之。
根據行政院原子能委員會辦事細則第21條的規定，當各單位在處理業務時出現意見不同的情況時，應由單位主管做出決定。如果涉及到其他單位的職掌，則應進行協商處理。而當各處室的意見不一致時，則由主任秘書進行協調。如果協調無法達成共識，則由主任委員或副主任委員進行核定。
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