秘書室設四科，各科分別掌理下列事項： 一、文書科 （一）文件收發、登記、分配事項。 （二）印信典守事項。 （三）公文之繕印校對事項。 （四）檔案文卷之點收、稽催、分類、編卷、處理與影像建立及線上查詢。 （五）公文稽催時效管制等事項。 （六）文書資訊管理系統之處理事項。 （七）其他有關文書業務事項。 二、管理科 （一）採購案件之登記、審查及管制。 （二）採購專業審查委員會之秘書作業。 （三）財物採購之招標、訂約、履約管理及協助驗收。 （四）工程、勞務採購之招標、訂約。 （五）財物及勞務採購案之經費結報。 （六）採購招標及履約爭議處理。 （七）採購文件之保存管理事項。 （八）財產、物品之登記、分類及管理。 （九）財產、物品之調配、清點、保險、庫儲管理、報廢會辦及廢品處理事項。 （十）不動產之管理事項。 （十一）採購、財產、物品管理業務之電腦化規劃。 （十二）代辦其他機關委託之採購及財產管理。 （十三）其他有關財產及採購管理業務事項。 三、事務科 （一）行政管理經費之編列及管制。 （二）技工、工友之管理。 （三）公務車輛之管理調派。 （四）防護團綜合業務。 （五）員工活動中心管理。 （六）公務出國手續之洽辦。 （七）警衛管理及督導。 （八）門禁管制。 （九）宿舍（含招待所）管理事項。 （十）電話交換機管理及管制等事項。 （十一）所區環境清潔及美化綠化。 （十二）有關事務業務事項。 四、出納科 （一）現金、票據、有價證券等之收支、保管及移轉。 （二）現金出納收支備查簿之登載、國庫銀行往來帳單之調節、表報之編造等事項。 （三）員工薪餉、差旅費、加班費等之發放。 （四）所得稅及其他代扣款之扣繳。 （五）各類款項收支帳表之編造。 （六）各類外幣之結匯、購。 （七）其他有關出納業務事項。
根據行政院原子能委員會核能研究所辦事細則第16條，秘書室設有四個科，分別是文書科、管理科、事務科和出納科，每個科分別負責相關事項。以下分別針對每個科的職責進行解釋： 一、文書科 文書科負責文件的收發、登記、分配，以及印信的典守。同時也負責公文的繕印校對，以及檔案文卷的點收、稽催、分類、編卷、處理，並建立相關的影像和線上查詢系統。文書科還負責稽催公文的時效管制等事項。 二、管理科 管理科負責採購案件的登記、審查和管制工作。同時也負責採購專業審查委員會的秘書作業，以及財物採購、工程勞務採購的招標、訂約、履約管理和協助驗收。另外，管理科還負責財物及勞務採購案的經費結報，以及相關爭議的處理。也負責採購文件的保存管理，財產物品的登記、分類和管理。同時也管理調配、清點、保險、庫儲和報廢事宜，管理不動產事務。並負責採購、財產、物品管理業務的電腦化規劃，以及代辦其他機關委託之採購和財產管理工作。 三、事務科 事務科負責行政管理經費的編列和管制，以及技工、工友的管理工作。同時也負責公務車輛的管理調派，防護團綜合業務，員工活動中心的管理，公務出國手續的洽辦，警衛管理和督導，門禁管制，宿舍（含招待所）的管理事項，電話交換機的管理和管制等工作。也負責所區環境清潔和美化綠化，以及其他有關事務業務。 四、出納科 出納科負責現金、票據、有價證券等的收支、保管和移轉。同時也負責現金出納收支備查簿的登載，國庫銀行往來帳單的調節，表報的編造工作。也負責員工薪餉、差旅費、加班費等的發放，所得稅和其他代扣款的扣繳，各類款項收支帳表的編造，各類外幣的結匯和購買等工作。另外，出納科還負責其他有關出納業務的事項。 以上解釋來自行政院原子能委員會核能研究所辦事細則第16條內容，這些科的職責是根據該辦事細則制定的。
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