本所設綜合計畫組、核子工程組、核子燃料及材料組、同位素應用組、物理組、化學組、化學工程組、核能儀器組、工程技術及設施運轉組、保健物理組、分析組、秘書室、人事室、會計室、政風室，並得分科辦事。
根據行政院原子能委員會核能研究所辦事細則第4條的規定，該研究所設有多個部門和組別，包括綜合計畫組、核子工程組、核子燃料及材料組、同位素應用組、物理組、化學組、化學工程組、核能儀器組、工程技術及設施運轉組、保健物理組、分析組、秘書室、人事室、會計室和政風室，而且還可以根據需要設立分科辦事。
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