所長綜理所務，並指揮、監督所屬單位及人員。副所長襄助所長處理所務。其他各級主管人員各就主管業務或奉命辦理事項，指揮、督導所屬人員。
行政院原子能委員會核能研究所辦事細則第 3 條規定了所長、副所長和其他主管人員的職責和權限。根據該條款，所長是核能研究所的最高負責人，負責統籌安排所務，並指揮、監督所屬的單位和人員。副所長的職責則是協助所長處理所務。其他主管人員則根據各自的主管業務或根據命令辦理事項，並指揮、督導所屬的人員。 這項規定反映了核能研究所的組織結構和權責分配，確立了各級主管人員對所務和人員的指揮和監督權。藉由這種組織結構和權限配置，能確保核能研究所的運作效率和工作品質。 （參考資料：行政院原子能委員會核能研究所辦事細則）
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