秘書室設四科辦事，並掌理其他不屬於各組、室事項，各單位陳判（核）文稿之審核及業務督導： 一、第一科：印信典守，文書收發、分辦、繕校、檔案之分類、管理。 二、第二科：現金、票據及有價證券之收錄、編製、出納、土地、建物、機械儀器設備、交通運輸設備、財物分類標準之雜項設施管理，公用物品之請購、檢查、保管、核發登記、報銷及廢品處理，宿舍之借用與管理及及公教住宅輔購。 三、第三科：財產、物品、儀器之採購、驗收，辦公廳舍及宿舍之營建修繕及環境清潔，公務車輛之調派、保養維修及油料之管理，警衛室之管理及勤務編排等相關安全防護，會議場所之佈置及使用管理、技工、駕駛、工友之僱用管理、考核，其他有關採購、營繕、修繕之庶務。 四、第四科：本局施政方針、施政計畫、工作計畫、工作報告之彙編及檢討，研究發展、為民服務業務及列管案件之考核，新聞資料之發布，記者會之舉辦，標準與檢驗雜誌之編輯、發行，各類視察訪問之安排聯繫。
經濟部標準檢驗局辦事細則第12條規定了秘書室設立四個科，並且負責處理其他組室以外的事項。具體職掌如下： 一、第一科：負責保管印信，處理文書的收發、分發、校對和檔案分類管理等工作。 二、第二科：負責收集、編制、出納現金、票據和有價證券，管理土地、建物、機械設備、交通運輸設備以及其他財物的分類標準，處理公用物品的申請、檢查、保管、核發、報銷和廢品處理，負責宿舍的借用和管理，以及公務住宅輔購事務。 三、第三科：負責財產、物品和儀器的採購和驗收，處理辦公廳舍和宿舍的營建修繕和環境清潔工作，管理公務車輛的調度、保養維修和油料使用，負責警衛室的管理和勤務編排等安全防護相關工作，管理會議場所的佈置和使用，負責技工、駕駛、工友的招聘管理和考核，以及其他採購、營繕、修繕相關事務。 四、第四科：負責編制和檢討標準檢驗局的施政方針、施政計畫、工作計畫和工作報告，進行研究開發和為民服務業務的考核，統籌列管案件，發布新聞資料，舉辦記者會，編輯和發行各類標準與檢驗雜誌，安排聯繫各類視察和訪問事項。 根據上述規定，經濟部標準檢驗局的秘書室分成四個科，每個科都有不同的職掌，負責不同的事務。比如第一科負責文書管理，第二科負責財物管理，第三科負責設施維護，第四科負責行政和宣傳工作等。法規依據超連結:https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?PCode=L0050204
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