機密文件處理規定如下： 一、收到機密文件，應將條碼黏貼於封套上並於電腦系統中登錄，主旨登載密不錄由，且於密件收文簿上登記，送陳主任秘書拆閱分辦。 二、機密文書之收發處理，以專設文簿或電子檔登記為原則，並加註機密等級；如採混合方式，登記資料不得顯示機密之名稱或內容。 三、機密文書之簽擬、陳核（判），應由業務主管或其指定之人員處理，並應儘量減少處理人員層級及程序。 四、分文（交辦）、陳核（判）、送會、送繕、退稿、歸檔等流程，除絕對機密及極機密應由承辦人員親自持送外，其餘非由承辦人員傳遞時，應密封交遞。傳送一般公務機密文書應交指定專責人員或承辦人員親自簽收。 五、各機關對於機密文書之處理，應指定專人會同檔案、資訊、通信、政風等業務承辦人員，實施查核。 六、機密文書對外發文時，應封裝於雙封套內，封套之紙質，須不能透視且不易破裂；內封套左上角加蓋機密等級，並加密封，封口及接縫處須加貼薄棉紙或膠帶並加蓋密字戳記；外封套不得標示機密等級或其他足以顯示內容之註記。體積及數量龐大之機密文件，無法以前述方式封裝者，應作適當之掩護措施。 七、辦理機密文書之簽擬稿、繕印打字時之廢件，或誤繕誤印之廢紙及複寫紙等，應由承辦人員即時銷毀之；不能即時銷毀時，應視同複製品，依國家機密保護法第十八條規定保護之。 八、納入檔案管理之機密文書，應隨時或定期查核，其須變更機密等級或解密者，應即按規定辦理變更或解密手續。
根據經濟部智慧財產局辦事細則第36條的機密文件處理規定，可以得出以下解釋： 1. 根據第一項，收到機密文件後，應將條碼黏貼在封套上，並在電腦系統中登錄，同時在密件收文簿上登記，然後交給主任秘書拆閱分辦。 2. 第二項規定了機密文書的收發處理方式，強調使用專設文簿或電子檔登記，並在登記資料中註明機密等級。如果採用混合方式，登記資料不得顯示機密名稱或內容。 3. 第三項要求機密文書的簽擬和陳核（判斷）應由業務主管或其指定的人員處理，並儘量減少處理人員的層級和程序。 4. 第四項規定了機密文書在分文、陳核、送會、送繕、退稿和歸檔等流程中的處理方式。除了絕對機密和極機密的情況下需要由承辦人員親自交付，其他情況下在傳遞時應該進行封口。一般公務機密文書應該交給指定的專責人員或承辦人員親自簽收。 5. 第五項要求各機關在處理機密文書時，應該指定專人與檔案、資訊、通信和政風等業務的承辦人員一起共同執行查核。 6. 第六項規定了機密文書在對外發文時應該如何封裝。它要求使用雙封套，內外封套都有相應的標記和封口方式，並對體積龐大的機密文件提供適當的掩護措施。 7. 第七項要求即時銷毀辦理機密文書產生的廢件，或者是誤繕誤印的廢紙和複寫紙等；如果不能即時銷毀，則應視為複製品，按照國家機密保護法的規定進行保護。 8. 第八項要求對納入檔案管理的機密文書進行隨時或定期的查核，如果需要變更機密等級或解密，應該按照規定進行相應的變更或解密手續。 以上解釋基於經濟部智慧財產局辦事細則第36條的規定，參考資料包括經濟部智慧財產局辦事細則以及相關法律法規和政府公報。
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