本局各項收支管理，除依國庫法、公庫法之規定外，並依下列程序辦理： 一、收入款項如屬規費或其他相關款項，收受時應立即開立本局自行收納統一收據，並於當日結帳後填具繳款書依規定時限如數解繳國庫，另將收據第二聯移送會計室登帳；收入之款項、票據、有價證券、保證書如屬代收款項或其他未明性質款項，收受時應立即開立本局收款收據，並將收據第二聯移送會計室開立傳票，將所收款項存入本局代收款或保管款專戶。 二、支出款項由秘書室分依會計室所開支出傳票或付款憑單，簽開支票或送支付處辦理支付。 三、收支執行由秘書室在收支傳票上註明編號、收付日期、支票號碼，登入現金出納備查簿，並將國庫或銀行存款戶逐日核算後，編製現金結存表，連同傳票及應附單據送會計室核結入帳。 四、現金結存表，分別依歲入、歲出由秘書室編製一式二份，一份送會計室，一份秘書室存查。 五、每月國庫及銀行存款，應由會計室送請秘書室依據國庫及銀行存款核帳清單與所記帳冊核對，如有未達帳項，並應編製銀行存款差額解釋表，由會計室核符後簽陳局長核閱。 六、國庫、銀行及劃撥儲金帳戶存款支票之簽發，以主辦出納、主辦會計及局長之印鑑為準。
根據經濟部智慧財產局辦事細則第40條，該局的收支管理程序如下： 一、對於屬於規費或其他相關款項的收入，收到款項時應立即開立本局的自行收納統一收據。同日結帳後，填寫繳款書，按照規定時限將款項如數解繳國庫。同時，將收據的第二聯移交給會計室登帳。對於屬於代收款項或其他未明性質款項的收入款項、票據、有價證券和保證書，收到款項時應立即開立本局的收款收據，並將收據的第二聯移交給會計室開立傳票，將所收款項存入本局的代收款或保管款專戶。 二、支出款項由秘書室根據會計室所開具的支出傳票或付款憑單，簽開支票或送支付處辦理支付。 三、收支執行方面，秘書室在收支傳票上註明編號、收付日期、支票號碼，並登記在現金出納備查簿上。每天核對國庫或銀行存款，編製現金結存表，並連同傳票和應附單據送給會計室核結入帳。 四、現金結存表依據歲入和歲出，秘書室編製一式二份，一份送給會計室，另一份由秘書室保存。 五、每個月，會計室需根據國庫和銀行存款核對清單和帳簿，向秘書室提交存款核對報告。如果有未達帳項，還應編制銀行存款差額解釋表，由會計室核對後，簽字陳報局長審核。 六、對於國庫、銀行和劃撥儲金帳戶存款支票的簽發，需要以主辦出納、主辦會計和局長的印鑑為準。 以上解釋是根據經濟部智慧財產局辦事細則第40條提供的資料。
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