依照特定工廠登記辦法第16條的規定，當申請人完成工廠改善後，直轄市、縣（市）主管機關應通知申請人繳交當年的營運管理金及特定工廠登記費用。申請人完成繳交後，將予以特定工廠的登記，并且按照第14條的規定通知相關的機關。此外，第二項提到營運管理金可以使用納管輔導金抵充。這表示如果申請人已經繳交了納管輔導金，它可以在營運管理金的繳交中抵充使用。根據"臺北市工場稅之查核、徵收及編號管理職掌規程"，當工廠繳納工場稅時，如有納管補助金待退，會先扣除應退之納管補助金後，再由納稅義務人繳納。因此，這種類似的抵充方式在實際操作中也有被使用的例子。
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