特定工廠登記辦法第 5 條規定了申請人應每年繳交納管輔導金以取得特定工廠登記。根據該條第一項，申請人應每年向直轄市、縣（市）主管機關或其指定之代收機構繳交納管輔導金。第二項規定了申請人的繳費方式，第一年申請納管者應一次性繳納第一年的納管輔導金，第二年申請納管者則需要補繳第一年的納管輔導金，并且在每年三月十九日之前繳交當年度的納管輔導金。第三項則明確了納管輔導金的計算方式，根據廠地面積來計算繳費金額。面積在三百平方公尺以內的工廠應繳交新台幣二萬元，超過三百平方公尺的每增加一百平方公尺，加計新台幣五千元，不足一百平方公尺的按一百平方公尺計算，但每件每年最高繳交金額限制為新台幣十萬元。第四項規定了如果申請人取得特定工廠登記的納管期間不滿一年，則根據實際納管日數計算納管輔導金。第五項則規定了如果申請人未按照前四項的要求繳交納管輔導金，直轄市、縣（市）主管機關應通知其補繳，逾期未按規定繳交則將以書面方式駁回納管申請，同时其工廠改善計畫也將被廢止。 根據國家發展委員會公告「去工業區工廠登記及納管輔導金應繳交查核處理原則」第 2 項，該公告明確了在處理特定工廠登記及納管輔導金應繳交查核時，應參考特定工廠登記辦法第 5 條的規定。 例如，如果一個申請人要申請特定工廠登記，並且該工廠的面積為四百平方公尺，根據特定工廠登記辦法第 5 條第三項的計算方式，該申請人需要繳交新台幣二萬元加上五千元（超過三百平方公尺的部分），即總共為新台幣二萬五千元作為納管輔導金。 參考資料：特定工廠登記辦法第 5 條、國家發展委員會公告「去工業區工廠登記及納管輔導金應繳交查核處理原則」
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