輸出農畜水產品及其加工品申請核發衛生證明書依下列方式辦理： 一、應施出口檢驗商品於報驗時向檢驗機構申請之。 二、非應施出口檢驗商品應以特約檢驗方式報驗，並向檢驗機構申請之。前項衛生證明書需經標準檢驗局派員查驗相符後簽發，其格式得依照輸入國要求格式繕打，內容除應符合國家標準、食品衛生法規及輸入國有關規定外，在該局可予證明範圍內給予證明。
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