本局設證照管理組、稽核管制組、預警宣導組、篩檢認證組、秘書室、人事室、政風室及會計室，並設製藥工廠，另因業務需要得設分局。 主任秘書辦公之處所稱主任秘書室。 各單位得視業務之需要分科辦事。 秘書室得由指派之科長或秘書一人，負責綜理該室業務，並審核其文稿。
根據行政院衛生署管制藥品管理局辦事細則第4條規定，該局設有證照管理組、稽核管制組、預警宣導組、篩檢認證組、秘書室、人事室、政風室及會計室，並可設立製藥工廠以及分局，主任秘書室指主任秘書辦公之處所。各單位可以根據業務需要分科辦事，而秘書室則由指派之科長或秘書一人負責綜理該室業務，並審核其文稿。 以上回答僅供參考，實際回答需根據最新法規進行釋義。
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