會計室分科及職掌如下： 一、歲計科： (一) 有關預概算編報事項。 (二) 有關營業預算之籌劃、編擬與審議事項。 (三) 有關資金調度及預算執行與控制之會核事項。 (四) 有關分期實施計畫及收支估計之編報事項。 (五) 有關預算法案之擬辦事項。 (六) 其他有關歲計事項。 二、會計科： (一) 有關會計制度之研擬、修訂事項。 (二) 有關會計報告之編製、審核與分析事項。 (三) 有關支票會簽及庫存現金、票據、銀行往來、有價證券、契據、押品及保管品等財務處理手續之檢查事項。 (四) 有關本局資產購置、定製、營繕、變賣、交換、報廢財物之招標、比價、議價、驗收等監辦事項。 (五) 有關營業決算之編製、分析與建議事項。 (六) 有關所屬單位會計事務之監督輔導事項。 (七) 其他有關會計事項。 三、統計科： (一) 有關統計工作計畫之擬訂事項。 (二) 有關統計資料之蒐集、整理、分析、編製事項。 (三) 有關統計資料之管理、資料檔之建立、保管、提供事項。 (四) 有關統計期刊、統計手冊編製出版事項。 (五) 有關所屬各分局統計業務之彙辦及監管事項。 (六) 其他有關統計事項。
根據中央健康保險局辦事細則第 15 條，會計室的分科及職掌包括歲計科、會計科和統計科。歲計科負責有關預算編報、營業預算籌劃、資金調度、預算執行與控制、分期實施計畫與收支估計、預算法案等事項。會計科則負責會計制度研擬、修訂、會計報告編製、審核、分析、財務處理手續檢查、資產監辦、營業決算編製、所屬單位會計事務監督輔導等事項。統計科則負責統計工作計畫擬訂、統計資料蒐集、整理、分析、編製、管理、資料檔建立、統計期刊、統計手冊編製出版、各分局統計業務彙辦及監管等事項。 以上財政部八十五年七月五日台財稅第八五一九一○五四九號函釋對於營利事業所得計算之規定為例，說明了被告提出的解釋內容與所得稅法第二十四條規範之精神並無違背。因此，在會計科的職掌中，有關會計報告的編製、審核與分析事項，需要遵循財政部函釋的解釋與所得稅法的規定。 另外，根據稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法，營利事業應設置「存貨明細帳」，並於每年申報營利事業所得稅時，應填具「資產負債表」及「期末存貨明細表」。這點也體現了會計科的職掌中有關財務處理手續檢查事項，必須遵守會計制度及法規要求。
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