第二分局掌理事項如下： 一、入出境之船舶、航空器、人員及眼角膜進出口檢疫與處理事項。 二、染疫或染疫嫌疑航空器、人員、物品之隔離、留驗及消毒事項。 三、入境旅客健康聲明書表之回收、通報事項。 四、航空器、貨櫃、貨物、倉庫等之除鼠、滅蟲、消毒等衛生管理事項。五、港區病媒調查與管制事項。 六、國際預防接種簽證與疫苗儲存處理事項。 七、入出境屍體查驗、簽證事項。 八、各種檢體採驗、整理、送驗、檢驗及登記事項。 九、各項檢疫規費徵收、檢疫憑證簽發事項。 十、港區聯合檢查作業之業務協調事項。 十一、辦理檢疫之衛教宣導事項。 十二、各種檢疫藥品、器材之儲存、統計事項。 十三、檢疫業務資料之整理、統計及報告事項。 十四、其他有關檢疫及行政管理事項。
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