本辦法用詞，定義如下： 一、感染性生物材料：指本法第四條第四項所定具感染性之病原體或其衍生物，及經確認含有此等病原體或衍生物之物質。 二、設置單位：指持有、保存、使用、處分或輸出入感染性生物材料，並設有實驗室或保存場所之機關、機構、學校、法人或團體。 三、實驗室：指為檢驗或研究目的，使用感染性生物材料進行實驗操作之場所。 四、保存場所：指保存、處分感染性生物材料之場所。 五、生物安全：指為預防工作人員意外暴露，或預防洩漏感染性生物材料，而實施之防護措施。 六、生物保全：指為防止感染性生物材料未經授權而取得、遺失、遭竊、濫用、移轉或洩漏，所實施之保護及管理措施。 七、處分：指感染性生物材料之新增、刪除品項或增減數量之行為。 八、移轉：指提供單位將持有、保存之感染性生物材料，轉予接收單位之行為。 九、病原體：指具感染性，且可造成人類感染之病原微生物及其培養物（液）。 十、生物毒素：指病原體產出，且經純化、分離之有毒物質。 十一、衍生物：指病原體經純化、分離之核酸、質體、蛋白質或其他組成成分，及生物毒素。 十二、陽性檢體：指採自未治癒之感染性疾病病人，或經檢驗確認含有病原體之人類檢體。 十三、事故：指涉及感染性生物材料或發生於實驗室、保存場所之異常事件，致有感染或危害工作人員之虞。
感染性生物材料管理辦法第2條對一些關鍵用語進行了明確的定義，包括設置單位、實驗室、保存場所、生物安全、生物保全和處分。其中，實驗室被定義為進行傳染病檢驗，或保存、使用、處分感染性生物材料之場所。保存場所則被定義為實驗室以外保存、處分感染性生物材料之場所。生物安全被定義為為預防工作人員意外暴露，或預防洩漏感染性生物材料，而實施的防護措施。生物保全則被定義為防止感染性生物材料未經授權而取得、遺失、遭竊、濫用、移轉或洩漏，所實施之保護及管理措施。最後，處分被定義為感染性生物材料之新增、刪除品項或增減數量之行為。 根據環境稽查樣品監管作業規範的相關規定，樣品接收後的作業流程包括檢查樣品標示、密封、盛裝容器、保存方式等，並且應對樣品接收後之分樣與樣品保存等作業進行紀錄。而根據事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準的規定，貯存有害事業廢棄物應以固定包裝材料或容器密封盛裝，並應標示產生廢棄物之機構名稱、貯存日期、數量、成分及區別有害事業廢棄物之標誌。 因此，根據環境稽查樣品監管作業規範和事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準的相關規定，可以確保感染性生物材料管理辦法第2條的實施是符合相關規範的。
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