經中央主管機關依本法第六條第一項公告之國家或國際有機認證機構（組織）有下列情形之一者，由中央主管機關註銷並公告： 一、與我國或中央主管機關委託之機關、法人簽訂之有機農產品驗證機構認證相互承認協定或協議，已失其效力。 二、中央主管機關依蒐集資訊查證後判定其有機農產品生產規範與我國有機農產品及有機農產加工品驗證基準差異過大或相關管理制度無法落實。
根據進口有機農產品及有機農產加工品管理辦法第3條的規定，經中央主管機關依本法第六條第一項公告之國家或國際有機認證機構（組織）有相當程度的重要性。例如，如果一個有機認證機構失去了與我國或中央主管機關委託的機關、法人簽訂的相互承認協議的效力，或者中央主管機關認定其有機農產品生產規範與我國有機農產品及有機農產加工品驗證基準差異過大或相關管理制度無法落實時，中央主管機關將註銷該認證機構的資格並公告之。這項規定的目的在於確保進口的有機農產品及有機農產加工品遵守我國相關的認證標準，並保證其符合國內法規的要求。
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