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漁船涉有第十三條第一項所定重大違規行為，且有具體事證者，主管機關應命令該漁船停止作業，限期直航至指定港口接受調查。 前項漁船航行、進港、調查等所衍生費用，由經營者自行負擔。
立法理由為即時調查漁船所涉之重大違規情事，避免漁船進入其他港口湮滅違規證據，爰參考漁業法第十一條之一規定，於第一項定明主管機關應命令該船停止作業，限期直航至國內外指定港口接受調查，並於第二項定明所衍生相關費用，由經營者自行負擔。
為即時調查漁船所涉之重大違規情事，避免漁船進入其他港口湮滅違規證據，爰參考漁業法第十一條之一規定，於第一項定明主管機關應命令該船停止作業，限期直航至國內外指定港口接受調查，並於第二項定明所衍生相關費用，由經營者自行負擔。
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