主任秘書承長官之命，處理事務，其權責如下： 一、關於本署文稿之綜核、代判事項。 二、關於機密及重要文件之處理、分配事項。 三、關於各種重要會議之籌劃、參加事項。 四、關於與各機關之聯繫、協調及質詢調查案件之分辦事項。 五、關於行政業務之管制考核事項。 六、關於署長、副署長不在署時署務之代理事項。 七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。 八、關於職責上應隨時提請署長、副署長注意之事項。 九、關於署長、副署長交辦事項。
根據行政院環境保護署辦事細則第16條的規定，主任秘書承長官之命，處理事務，其權責包括以下事項： 一、關於本署文稿之綜核、代判事項。 二、關於機密及重要文件之處理、分配事項。 三、關於各種重要會議之籌劃、參加事項。 四、關於與各機關之聯繫、協調及質詢調查案件之分辦事項。 五、關於行政業務之管制考核事項。 六、關於署長、副署長不在署時署務之代理事項。 七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。 八、關於職責上應隨時提請署長、副署長注意之事項。 九、關於署長、副署長交辦事項。 根據上述法條的規定，主任秘書在處理以上事項時，應遵守相關的公文處理手續及文件保密規定，並且需按照上級長官的指示進行相應的決策和處理。如果違反相應規定，可能會受到相應的法律制裁。 參考資料：行政院環境保護署辦事細則 範例：當主任秘書在代判機密文件時，需遵守文件處理的相關規定，並且在經過相應的核查後才能進行相應的代判工作。
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