La "Fondation du patrimoine" est administrée par un conseil d'administration, qui élit son président.
Le conseil d'administration est composé :
1° D'un représentant de chacun des fondateurs, disposant chacun d'un nombre de voix déterminé proportionnellement à sa part dans les apports, dans la limite du tiers du nombre total des voix ;
2° D'un sénateur, désigné par le président du Sénat, et d'un député, désigné par le président de l'Assemblée nationale ;
3° De personnalités qualifiées désignées par l'Etat ;
4° De représentants des collectivités territoriales ;
5° De représentants élus des membres adhérents de la Fondation du patrimoine.
Les représentants des fondateurs doivent disposer ensemble de la majorité absolue des voix au conseil d'administration.
Les statuts déterminent les conditions de désignation et de renouvellement des membres du conseil. Ceux-ci exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Un conseil d'orientation donne des avis et formule des recommandations sur la politique définie et les actions mises en oeuvre par la "Fondation du patrimoine". Il est composé notamment de représentants des associations de défense et de mise en valeur du patrimoine et de personnalités particulièrement compétentes en matière de protection, de conservation et de valorisation du patrimoine et des sites.