La liste des espèces de vertébrés protégées au titre de l'article L. 411-1 du code de l'environnement menacées d'extinction en France en raison de la faiblesse observée ou prévisible de leurs effectifs et dont l'aire de répartition excède le territoire d'un département, au sens du 1 des tableaux " Code rural " figurant aux paragraphes 1 et 2-A du titre II de l'annexe du décret du 19 décembre 1997 susvisé est la suivante :
Mammifères
Rhinolophe de Mehely Rhinolophus mehelyi.
Vespertilion des marais Myotis dasycneme.
Grand hamster Cricetus cricetus.
Ours brun Ursus arctos.
Vison d'Europe Mustela lutreola.
Loutre Lutra lutra.
Lynx boréal Lynx lynx.
Phoque veau-marin Phoca vitulina.
Phoque gris Halichoreus grypus.
Phoque moine de Méditerranée Monachus monachus.
Grand dauphin Tursiops truncatus.
Marsouin commun Phocoena phocoena.
Oiseaux
Blongios nain Ixobrychus minutus.
Erismature à tête blanche Oxyura leucocephala.
Gypaète barbu Gypaetus barbatus.
Vautour moine Aegypius monachus.
Aigle de Bonelli Hieraaetus fasciatus.
Faucon crécerellette Falco naumanni.
Râle des genêts Crex crex.
Outarde canepetière Tetrax tetrax.
Glaréole à collier Glareola pratincola.
Goéland d'Audoin Larus audouinii.
Sterne de Dougall Sterna dougallii.
Pingouin torda Alca torda.
Guillemot de troïl Uria aalge.
Macareux moine Fratercula arctica.
Alouette calandre Melanocorypha calandra.
Pie-grièche à poitrine rose Lanius minor.
Phragmite aquatique Acrocephalus paludicola.
Sittelle corse Sitta whiteheadi.
Amphibiens
Pélobate brun Pelobates fuscus.
Crapaud vert Bufo viridis.
Grenouille des champs Rana arvalis.
Reptiles
Emyde lépreuse Mauremys leprosa.
Vipère d'Orsini Vipera ursunii.
Poissons
Apron Zingel asper.
Esturgeon Acipenser sturio.