Les dispositions de l'article R. 414-3 et du premier alinéa de l'article R. 414-6 du code de l'environnement ne sont pas applicables aux zones de protection spéciale qui ont été notifiées à la Commission européenne avant la publication du présent décret. Ces zones de protection spéciale font l'objet d'une désignation comme site Natura 2000 par arrêté du ministre chargé de l'environnement ou, lorsque le site inclut tout ou partie d'un terrain militaire, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé de la défense.
Le préfet organise une ou plusieurs réunions d'information relative à ces zones désignées comme sites Natura 2000 avec les conseils municipaux et les organes délibérants des établissements publics de coopération intercommunale concernés sur le territoire desquels sont localisées en tout ou en partie ces zones.