La direction générale de la modernisation de l'Etat est organisée en missions :
La mission comptable assure le suivi des normes comptables de l'Etat. Elle assure également le secrétariat du comité prévu à l'article 136 de la loi n° 2001-1275 du 28 décembre 2001 portant loi de finances pour 2002 et du comité d'interprétation des normes de comptabilité publique créé par arrêté du 21 mai 2004 ; elle prépare et suit les travaux et avis de ces comités. Elle contribue, en liaison avec la direction générale de la comptabilité publique, à la mise en oeuvre de la nouvelle comptabilité de l'Etat prévue aux articles 27 à 31 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances.
La mission de la modernisation budgétaire met en place les nouveaux modes de budgétisation et conçoit les méthodes permettant l'élaboration des programmes et des indicateurs.
La mission de la communication et de la formation définit, en liaison avec les administrations concernées, la communication interministérielle relative à la réforme budgétaire et comptable et la politique de formation en la matière et veille à leur mise en oeuvre.