Le service technique de la navigation maritime et des transmissions de l'équipement comporte :
- la division Signalisation maritime, chargée des missions du service relatives au balisage et à la signalisation en milieu maritime, sur les voies navigables et sur les plans d'eau intérieurs ;
- la division Trafic maritime, chargée de l'étude et de la mise au point des projets d'équipement et des matériels des établissements responsables de la surveillance et de la sécurité de la navigation en mer ;
- la division Transmissions, chargée des missions du service en matière de transmissions des services maritimes et portuaires (à l'exception de celles assurées par la division Trafic maritime), des services responsables de l'entretien et de l'exploitation de la route, des services hydrologiques, d'annonces de crues et de défense contre les inondations.
Ces trois divisions participent, chacune dans leur domaine, à l'élaboration et à la mise en oeuvre de la politique industrielle et technologique sous la responsabilité des directions d'administration centrale compétentes :
- la division Océanographie, chargée des missions du service dans les domaines de la lutte contre les pollutions marines et de l'océanographie ;
- le groupe support, chargé des questions relatives au fonctionnement du service, ainsi que de l'acquisition, de la fourniture des matériels et de la gestion des stocks ;
- les agences d'Aix-en-Provence et de Nantes, qui assurent le relais des divisions centrales du service dans les domaines techniques propres de ces dernières et desservent, chacune à ce titre, une partie du territoire national.