Jusqu'à la mise en place des directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, le service des directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt chargé de l'aménagement des eaux est placé sous l'autorité du ministre chargé de l'environnement à compter du 1er janvier 1991, à l'exception des compétences de ce service qui relèvent du seul ministre chargé de l'agriculture.
Ce service est, en tant que de besoin, mis à la disposition du ministre chargé de l'agriculture pour exercer les missions relevant de sa compétence dans le domaine de l'eau.