Outre ses missions propres, le Groupement national de coopération handicaps rares, sis 3, rue de Metz, 75010 Paris, est autorisé à exercer directement les missions transversales et communes aux trois centres de ressources nationaux pour les handicaps rares suivantes :
― formalisation des connaissances et contribution à la recherche ;
― appui aux professionnels et contribution au développement de travail en réseau ;
― structuration, mise à disposition de l'information et élaboration d'un plan de communication afin de la rendre accessible aux personnes, à leur famille, aux institutions et aux professionnels ;
― conception, organisation et mise en œuvre de dispositifs de formation.
Les missions qui incombent au Groupement national de coopération handicaps rares sont réalisées par l'équipe du groupement qui est constituée de professionnels mis à disposition par les centres de ressources ou recrutés par le groupement.