Les représentants du personnel au conseil scientifique de l'établissement sont désignés en raison de leurs compétences scientifiques ou techniques parmi les agents en fonctions dans les services constituant l'Agence française pour la biodiversité.
Les sièges au conseil scientifique de l'Agence française pour la biodiversité réservés aux représentants du personnel sont répartis à la proportionnelle avec répartition des restes à la plus forte moyenne des voix obtenues par chaque organisation syndicale lors des élections au comité technique de l'établissement.
Les représentants sont désignés par les organisations syndicales ayant obtenu des sièges au conseil scientifique, par courrier adressé au président du conseil d'administration et au directeur général de l'établissement. Cette désignation intervient au plus tard trente jours après chaque nouvelle élection du comité technique de l'établissement. Elle fait l'objet d'une information du conseil d'administration lors de la première séance qui la suit.