Au chapitre 19 « Microbiologie médicale par pathologie » de la nomenclature des actes de biologie médicale prévue à l'article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, telle qu'elle a été définie par la décision de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie du 4 mai 2006 modifiée, est créée, à la suite de la rubrique relative au virus de la rougeole :
infection par le Virus SARS-CoV-2
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Détection du génome du SARS-CoV-2 par RT PCR
Les indications de prise en charge concernent les patients présentant des signes cliniques d'infection par le virus SARS-CoV-2 :
- patient suspecté d'être contaminé par ce virus selon les critères définis par l'Agence nationale de santé publique, sans signes de sévérité orientant vers une prise en charge hospitalière ;
- patient contaminé par ce virus et après disparition de tout signe clinique, dans le but de s'assurer de la fin de sa contamination (situation dite de « diagnostic de guérison »), un résultat négatif devant être confirmé par un second examen 48 heures après.
Dans ces situations :
- le prélèvement à privilégier est un prélèvement nasopharyngé des voies respiratoires hautes par écouvillonnage, ou des voies respiratoires basses (crachats ou liquide bronchoalvéolaire ) ;
- chaque prélèvement doit obligatoirement être accompagné de renseignements cliniques, en particulier ceux indiqués sur la fiche de renseignements du Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe et notamment :
- Contexte : voyages récents à l'étranger, contact étroit avec un cas confirmé… ;
- Statut vaccinal pour la grippe saisonnière ;
- Signes cliniques évocateurs…
- Le résultat doit être transmis dans les 24 heures.
Le compte rendu doit préciser le dispositif médical de diagnostic in vitro utilisé qui doit détecter au moins deux séquences virales et disposer d'un marquage CE ou avoir été validé par le Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe.
En cas de résultat discordant entre ces deux cibles, un nouvel examen est à réaliser à partir d'un nouveau prélèvement.
- En cas de résultat positif, le résultat et les renseignements cliniques doivent être transmis au Centre national de référence des virus des infections respiratoires dont la grippe pour que celui-ci remplisse ses missions de surveillance.
La manipulation des échantillons respiratoires doit se faire dans un laboratoire LSB2, sous PSM2, quelles que soient les activités réalisées (mise en tampon de lyse pour l'extraction des acides nucléiques, ensemencement à visée bactériologiques, cytologie des liquides type liquide bronchoalvéolaire…).
B 200