Les domaines d'intervention des agences de l'eau mentionnés à l'article L. 213-9-1 du code de l'environnement sont les suivants :
- domaine 0 : les dépenses propres des agences de l'eau relatives à leur fonctionnement, au personnel et à leurs investissements ;
- domaine 1 : les actions de connaissance, de planification et de gouvernance qui rassemblent l'acquisition des données, la surveillance, la prospective, la communication et le soutien aux acteurs nationaux et internationaux de la politique de l'eau et de la biodiversité, y compris les dépenses liées aux redevances et aux interventions ;
- domaine 2 : les mesures générales de gestion de l'eau (eau potable et assainissement) qui regroupent l'ensemble des investissements relatifs aux équipements en infrastructures (petit cycle) dans une logique de solidarité envers les territoires ;
- domaine 3 : les mesures territoriales de gestion de l'eau et de la biodiversité qui regroupent l'ensemble des investissements relatifs à l'adaptation au changement climatique, à la préservation de la biodiversité et restauration des milieux aquatiques, à la prévention des impacts de l'environnement sur la santé.