最高行政法院(含改制前行政法院)100年度判字第1020號

最　高　行　政　法　院　判　決

100年度判字第1020號

上訴人

忠興開發股份有限公司

代表人

蔡萬才

訴訟代理人

卓隆燁

被上訴人

財政部臺北市國稅局

代表人

陳金鑑

上列當事人間營業稅事件，上訴人對於中華民國98年12月31日臺北高等行政法院98年度訴更一字第146號判決，提起上訴，本院判決如下：

主文

理由

一、上訴人於民國（下同）85年5月27日自動向臺北市稅捐稽徵處大安分處（下稱大安分處）補申報80年至84年各年度（下稱系爭年度）取得之股利收入，依行為時（下同）兼營營業人營業稅額計算辦法計算進項稅額不得扣抵比例金額計新臺幣（下同）9,672,657元，申請以歷年累積留抵稅額66,866,876元抵繳稅款。上訴人同時主張因歷年取得固定資產而溢付之進項稅額遠大於銷項稅額而產生鉅額留抵稅額，上訴人除依行為時（下同）營業稅法第39條第1項第2款規定，申請退還因取得固定資產而溢付之留抵稅額57,194,219元（66,866,876元-9,672,657元）外，另主張系爭固定資產係供出租使用，其相對收入業已課徵營業稅在案，故其進項稅額不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中，則依直接扣抵法計算本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,401元，申請退還因本次自動補報並補繳所漏稅額而溢繳之金額9,352,256元（9,672,657元-320,401元，下稱系爭溢繳金額）。案經大安分處88年1月28日北市稽大安甲字第8800127710號函否准退還系爭溢繳金額。上訴人不服，向臺北市政府提起訴願，因自88年7月1日起營業稅改制國稅而移轉管轄財政部審理，經財政部以91年3月18日台財訴字第0911352188號訴願決定撤銷前開處分，發回由原處分機關另為處分。嗣因營業稅稽徵業務92年1月1日起移撥由財政部各區國稅局辦理，案經被上訴人所屬大安分局重核結果，以93年1月7日財北國稅大安營業字第0920214070號函（下稱原處分）否准所請。上訴人不服，提起訴願，遭決定駁回後，乃提起行政訴訟，經原審法院95年度訴字第4549號判決「訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。被告（即被上訴人）對於原告（即上訴人）就85年5月27日及88年1月5日申請溢繳稅款新臺幣玖佰參拾伍萬貳仟貳佰伍拾陸元事件，應依本判決之法律見解另為處分。原告其餘之訴駁回。」被上訴人不服，提起上訴，經本院98年度判字第1249號判決廢棄原判決，發回原審法院更為審理。經原審法院以98年度訴更一字第146號判決（下稱原判決）駁回上訴人在第一審之訴。上訴人猶不服，提起本件上訴，求為判決原判決廢棄，訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。

二、上訴人起訴主張略以：

(一)、上訴人系爭年度各期營業稅申報，已依營業稅法第35條第1項規定申報在案，嗣鑑於司法院釋字第397號解釋，乃依行為時（下同）稅捐稽徵法第48條之1規定，於85年5月27日補申報系爭年度取得之股利收入，俾依兼營營業人營業稅額計算辦法規定計算應補繳之稅額，並以累積留抵稅額辦理抵繳，同時依稅捐稽徵法第28條規定，以未正確適用營業稅法第39條第1項第2款規定，申請退還因取得固定資產而溢付之營業稅額。

(二)、由於上訴人補申報之系爭年度有取得固定資產供出租，致部分進項稅額應直接歸屬固定資產之情形，乃於同一申請函說明四中敘明「……且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中……」，並將採用直接扣抵法計算式所得之數額9,352,256元臚列，並敘明此為「溢繳之金額9,352,256元」，及說明五所附兼營營業人營業稅額調整計算表，分別依「留抵稅額」、「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」、「不得扣抵進項稅額（不含固定資產）」及「固定資產進項稅額」等事項，依系爭年度臚列適用「比例扣抵法」（9,672,657）及「直接扣抵法」（320,401）之合計金額（即申請函之Total欄位），即係依兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之2規定，按直接扣抵法計算調整稅額，顯見上訴人於85年5月27日補申報系爭年度取得之股利收入，即係申請依直接扣抵法計算營業稅額，並主張以留抵稅額抵繳應補繳稅款，因採直接扣抵法計算並抵繳稅額後，上訴人仍有溢繳之留抵稅額，乃於申請函中同時申請退還溢繳之留抵稅額。上訴人之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在系爭申請函說明四第8行以下及其附表，足證上訴人就前開自動補報系爭年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨。

(三)、大安分處於受理上訴人前述補申報及退稅申請案，旋於85年6月3日以北市稽大安(甲)字第24795號函囑上訴人「請填列固定退稅清單及相關進項憑證（依清單順序排列），並檢附所屬年度帳簿，建物所有權狀，租賃契約書，租金收入發票存根聯，使用執照以憑核辦」，顯見大安分處並未否准上訴人申請直接扣抵法計算營業稅，而係要求上訴人檢證憑核。惟被上訴人所屬大安分局93年1月7日財北國稅大安營業字第0920214070號函卻謂：上訴人於85年5月27日係申請以比例扣抵法補報，該申請函並未敘明係符合3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直接扣抵法云云，顯與事實不符。

(四)、上訴人依稅捐稽徵法第48條之1規定補申報系爭年度取得之股利收入，並採用直接扣抵法計算不得扣抵之進項稅額，同時依稅捐稽徵法第28條規定，以未正確適用營業稅法第39條第1項第2款之適用法令錯誤為由，申請退還80年至84年間因取得固定資產而溢付之營業稅，於大安分處以88年1月28日北市稽大安甲字第8800127710號函否准退還系爭依比例扣抵法與直接扣抵法計算應補稅額而溢繳金額後，上訴人已在法定期限內提起訴願，目前仍在行政救濟程序處理中，則依稅捐稽徵法第34條第3項規定，本件當屬未確定案件。故依財政部86年1月18日台財稅第851928790號函釋（下稱財政部86年1月18日函釋）及86年8月9日台財稅第861911195號函釋（下稱財政部86年8月9日函釋）規定，本件自動補報依直接扣抵法計算之應納稅額，較比例扣抵法所計算者之溢抵繳數，既可直接歸屬供出租使用之固定資產之應稅業務，而與免稅業務或共同使用業務毫無關連，自可依營業稅法第39條第1項第2款申請退還。

(五)、上訴人為取得上開固定資產所購買之貨物或勞務，係興建富邦金融中心大樓與民生大樓之相關工程規劃、設計及各項工程發包所需之貨物或勞務，其帳務處理之科目歸屬當與其他資產及費用之發生有明確之區隔。又上訴人於85年5月27日申請函中，雖未敘明最近3年內無重大逃漏稅情事，惟上訴人過去是否有逃漏稅情事，自為原處分機關所得掌握，非得由上訴人敘明不可。被上訴人所屬大安分局明知此情，卻擅謂上訴人「當時係申請以比例扣抵法補報」、「未敘明符合3年內無重大逃漏稅情事，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定」，即作出上訴人「當時未申請直接扣抵法」之論斷，自屬違誤。況依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋（下稱財政部95年12月21日函釋）、95年12月21日台財稅字第09504563400號令（下稱財政部95年12月21日令）修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法之規定，直接扣抵法已無須事先向稽徵機關申請核准，原處分所執「當時未申請適用直接扣抵法」之論據，已無意義，本件既為未核課確定之案件，自得採直接扣抵法，並退還溢繳稅額。

(六)、訴外人明東實業股份有限公司（下稱明東公司）於85年5月27日向大安分處自動補申報股利收入並申請退還溢繳營業稅，其不論申請時間、申請事項、論述內容及管轄機關（同為大安分處）等情況與上訴人完全相同，僅金額不同，而明東公司採直接扣抵法之溢繳稅額，大安分處早於88年5月26日以北市稽大安甲字第8801899300號函依訴願決定，同意按直接扣抵法辦理退稅17,415,351元及加計利息1,263,162元，合計18,678,513元，被上訴人及訴願決定機關明知此項事實，卻對事務本質相同之案件為不同之處分，與平等原則相違背。

(七)、據上，本件退稅請求權確實存在，並無行使已消滅權利之情；且上訴人之申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在申請函說明四第8行以下及其附表，足證上訴人就前開自動補報系爭年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨；又系爭年度之股利收入既未於原營業稅申報時列入，即不生已採用比例扣抵法核算確定之問題；本件既屬未確定案件，自應准予適用財政部95年12月21日令修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1、第8條之2及第8條之3規定之直接扣抵法，並退還溢繳稅款等語，爰求為判決撤銷訴願決定及原處分（即重核復查決定），並命被上訴人應退還溢繳稅額9,352,256元。

三、被上訴人答辯略以：

(一)、上訴人於85年5月27日自動以比例扣抵法計算及補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657元。該申請函說明四雖提及要求另依直接扣抵法計算為320,401元，而主張退還兩者差額9,352,256元，惟申請時係以比例扣抵法補報，且未敘明係符合3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，當時亦無表明申請採用直接扣抵法。

(二)、由上訴人之85年5月27日申請函之說明四及附表註(二)之內容以觀，本件僅係上訴人因取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1項第2款規定退還該溢付營業稅額，並非上訴人申請改採直接扣抵法計算應納稅額遭否准，上訴人於80年至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間上訴人之申報課稅資料均已按比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1月18日函釋、86年8月9日函釋及95年12月21日函釋之案情有別，自不得援引適用。本件上訴人80年至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱事後於85年6月1日申請並經核准採用直接扣抵法，依營業稅法第19條第3項及兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，亦應自核准日（85年6月1日）起方有其適用，是被上訴人認定上訴人應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，並無不合。

(三)、上訴人明知系爭年度經營之業務內容含投資業務，亦獲配股利收入，係屬兼營營業人而非專營應稅之營業人，80年至84年間並未依營業稅法第19條第3項及第36條第1項之規定，申請採用直接扣抵法（兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定，直接扣抵法需檢具其符合前揭規定要件之資料）計算營業稅額，且並未在每期營業稅申報時檢附兼營營業人申請核准採用直接扣抵法營業稅額調整計算表，依營業稅法規定，未經申請且核准者，即為按比例計算進項稅額之兼營營業人。

(四)、上訴人85年5月27日申請書主旨為：「補申報本公司80年至84年各年度取得之股利收入，依『兼營營業人稅額計算辦法』計算進項稅額不得扣抵比例金額計……9,672,657元，請准以歷年累積留抵稅額66,866,876元辦理補繳稅款及加計利息，並請退還各該年度因取得固定資產而溢付之進項稅額。」其中依兼營營業人稅額計算辦法計算進項稅額不得扣抵比例金額計9,672,657元，即上訴人所附計算表中之「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」欄之總計金額，亦即上訴人所主張之「採用比例扣抵法」所計算出之金額，由上訴人85年5月27日之申請書中補報之金額顯示，上訴人申請補報時係明確採用比例扣抵法計算申報應納稅額無誤等語，爰求為判決駁回上訴人在第一審之訴。

四、原判決略以：

(一)、上訴人85年5月27日之申請書一方面表明補申報系爭年度之股利收入，並按80年至84年一貫之比例扣抵法計算其不得扣抵之應補繳營業稅為9,672,657元，復主張上訴人擬以85年1、2月份之留抵稅額（含系爭固定資產所產生之進項稅額）計66,866,876元，抵繳系爭年度依兼營營業人計算辦法計算不得扣抵之進項稅額，惟因歷年累積留抵稅額遠大於各年度應補繳之不得扣抵進項稅額，故有關自動補報並補繳之所漏稅款，不僅因屬自動補報補繳（實際上係抵繳），被上訴人不應予以處罰，亦不應再依稅捐稽徵法第48條之1第2項加計利息等語，此由上訴人之申請書說明欄二、三之敘述即明。則既屬同一筆留抵稅額，上訴人已主張抵銷系爭年度因漏報股利收入而應補繳之稅款，進而同時獲得免罰以及免加計利息之有利法律效果。另一方面又主張，該留抵稅額係因取得固定資產而產生，主張應依營業稅法第39條第1項第2款退稅，則上訴人提出申請時之累積留抵稅額在其所主張9,672,657元之範圍內應已抵銷補報股利收入應補繳之稅額而不存在，上訴人亦因而獲得免罰及免加計利息之有利效果，其再主張同一筆留抵稅額因屬取得固定資產而產生，對已行使完畢之留抵權，溯及過去，而要求應將該部分進項稅額單獨直接計算應扣抵數額而主張退稅，即是行使已消滅之權利，堪以認定。

(二)、依兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項、第2項規定，兼營營業人擬採用直接扣抵法者，須檢具其符合該規定之要件即「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途」之資料，向稽徵機關申請獲得許可後，始得向將來以直接扣抵法計算應納營業稅，不得溯及過去以直接扣抵法計算，此係維持法律關係之安定所必要。上訴人縱係主張取得固定資產之進項稅額應單獨計算，於85年5月27日提出申請書主張採用直接扣抵法計算，上訴人須檢具其符合前述規定要件之資料，向稽徵機關申請獲得許可後，始得向將來以直接扣抵法計算應納營業稅，不得溯及過去自80年度適用直接扣抵法計算應納（退）稅額。從而，上訴人80年至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱事後於85年5月27日申請書主張採用直接扣抵法，並於85年6月1日另案申請經核准採用直接扣抵法，依營業稅法第19條第3項及兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，亦應自核准日（85年6月1日）起方有其適用，不得溯及過去自80年度適用直接扣抵法計算應納（退）稅額。是被上訴人認定上訴人應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，否准所請，於法並無不合，亦無計算錯誤之情形。

(三)、「兼營營業人未依81年9月1日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」及「81年9月1日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1月18日台財稅第851928790號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請直接扣抵法計算應納稅額。」固經財政部86年1月18日函釋及86年8月9日函釋核釋在案。惟本件係上訴人因取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1項第2款規定退還該溢付營業稅額，並非上訴人申請改採直接扣抵法計算應納稅額遭否准（事實上已核准上訴人自85年6月1日【申請日】起採用直接扣抵法），上訴人80年至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間上訴人之申報課稅資料均已按比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1月18日函釋及86年8月9日函釋之案情有別，自不得援引適用。

(四)、因本件不得採用直接扣抵法，故有關「上訴人主張之直接扣抵法如屬可採，金額為若干?」之爭點，即毋庸審酌。原處分認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合等語，乃判決駁回上訴人在第一審之訴。

五、本院查：

(一)、按「營業人因兼營第8條第1項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」及「（第1項）營業人申報之左列溢付稅額，應由主管稽徵機關查明後退還之：……二、因取得固定資產而溢付之營業稅。……（第2項）前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經財政部核准退還之。」分別為營業稅法第19條第3項及第39條第1項第2款、第2項所明文。次按「兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納……。」及「（第1項）兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。（第2項）前項兼營營業人於年度中，經核准採用直接扣抵法計算營業稅者，其當年度已經過期間，應於改採直接扣抵法前報繳稅款之當期，視為當年度最後一期，依第7條第1項及第2項規定辦理。」分別為行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第7條第1項及第8條所明定。

(二)、原審為原判決時，業已斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，依論理及經驗法則判斷事實，且原判決就上訴人80年至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間上訴人之申報課稅資料均已依比例扣抵法計算應納（退）稅額核課確定，且本件僅係上訴人因取得固定資產而產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1項第2款規定退還該溢付營業稅額，並非上訴人申請改採直接扣抵法計算應納（退）稅額遭否准，核與財政部86年1月18日函釋及86年8月9日函釋（按，依據財政部90年1月5日台財稅字第890417403號函，不再援引適用財政部86年1月18日函釋及86年8月9日函釋）之案情有別，自不得援引適用。且上訴人既主張其85年5月27日申請書係主張取得固定資產所產生之進項稅額應採用直接扣抵法計算應納（退）稅額，則上訴人自應檢具其符合兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項、第2項規定之要件即「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途」之資料，向稽徵機關申請獲得核准後，始得向將來依直接扣抵法計算應納（退）稅額，不得溯及過去自80年度依直接扣抵法計算應納（退）稅額，惟上訴人並未檢具其符合該法定要件之資料。縱上訴人之85年5月27日申請書意謂採用直接扣抵法，並於85年6月1日另案申請經核准採用直接扣抵法，依營業稅法第19條第3項及兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，亦應自核准日（85年6月1日）起方有其適用，不得溯及過去自80年度適用直接扣抵法計算應納（退）稅額。是被上訴人認定上訴人應依比例扣抵法計算應納（退）稅額，否准所請，於法並無不合，亦無計算錯誤之情形等情，業已詳述其得心證之理由及法律意見，且就上訴人所主張之論點何以不足採，分別予以指駁甚明，本院核無不合。

(三)、81年8月25日兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定：「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。」於90年9月20日修正為：「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。」於94年11月8日修正為：「兼營營業人無積欠已確定之營業稅及罰鍰，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。」於95年12月21日修正為：「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但經採用後3年內不得變更。」即無須申請，只要合於規定要件即得採用直接扣抵法；惟依同辦法第9條規定，此修正規定係自發布日施行，則依中央法規標準法第13條規定，應自發布之日即95年12月21日起算至第3日即同年月23日起發生效力。準此，95年12月21日修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定後，兼營營業人無須向稽徵機關申請核准，只要合於規定要件即得採用直接扣抵法；但在此之前之營業稅申報，兼營營業人除依規定申請核准採用直接扣抵法外，係採用比例扣抵法計算營業稅額。

(四)、申報納稅制，乃基於民主參與之精神與理念，由納稅義務人自行確定納稅基準與應納稅額，向管轄之稅捐稽徵機關申報，並繳納稅款完畢，除非逾期未申報或申報不適當者，須由稅捐稽徵機關核定處分或補稅處分外，應認於其申報繳納應納稅款完畢時，關於申報納稅部分即屬確定。依營業稅法第35條第1項規定：「營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。」及所得稅法第80條第1項規定：「稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。」可知，我國之營業稅，除營業稅法規定免申報銷售額之營業人等情形外，係採申報納稅制，即由營業人按期向稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額，其有應納營業稅額者，並應自行繳納。且亦無如營利事業所得稅，稽徵機關依所得稅法第80條第1項規定，應於接到結算申報書後，為所得額及應納稅額之核定。故應申報繳納營業稅之營業人，就其自行報繳部分，應認於其申報繳納稅款完畢時，關於申報納稅部分即屬確定。至稽徵機關因查得營業人有營業稅法第43條規定等情事，而為銷售額之核定及營業稅之補徵，則屬依稅捐稽徵法第21條第2項規定所另為之核課處分。因此，兼營營業人於95年12月21日修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定發生效力前，如未申請核准採用直接扣抵法，且已採用比例扣抵法自行報繳營業稅者；或於95年12月21日修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定發生效力後，已自行採用比例扣抵法報繳營業稅者；就其採用比例扣抵法自行報繳營業稅部分，於其報繳後即屬確定。故財政部95年12月21日函釋：「本部95年12月21日令修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用。」所稱「未核課確定之各年度案件」，自係指經稽徵機關為營業稅之核課處分，且該核課處分尚未確定者，而非泛指稅捐稽徵法第21條所規定之核課期間尚未屆滿之各年度營業稅案件。否則，不僅將嚴重影響法秩序之安定，且違反95年12月21日修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1自發布日施行之意旨（兼營營業人營業稅額計算辦法若有就修正規定全面溯及適用之意旨，即應於條文中為溯及適用之規定）。

(五)、從而，上訴人主張上訴人於系爭年度獲配之股利，並未於各獲配年度依兼營營業人營業稅額計算辦法規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額併同繳納，屬未核課確定案件，應有財政部86年1月18日函釋、86年8月9日函釋、95年12月21日函釋及95年12月21日令修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定，採用直接扣抵法之適用。原判決未依調查證據之結果，依論理及經驗法則判斷事實之真偽，遽認上訴人80年至84年間未申請採用直接扣抵法，而無財政部86年1月18日函釋及86年8月9日函釋之適用，有判決不適用法規之違法云云，核屬法律上見解之歧異，要難謂原判決有判決不適用法規之違法情事。

(六)、原判決雖贅論上訴人自動補申報系爭年度之股利收入，並按80年至84年間之比例扣抵法計算其不得扣抵之應補稅額為9,672,657元，上訴人主張以85年1、2月份之留抵稅額（含系爭固定資產所產生之進項稅額）計66,866,876元，抵繳系爭年度依兼營營業人計算辦法計算不得扣抵之進項稅額，則留抵稅額在9,672,657元之抵繳範圍內已不存在，上訴人亦因而獲得免罰及免加計利息之有利效果，上訴人復主張該已抵繳應補稅額之留抵稅額，與其自動補申報系爭年度之股利收入依直接扣抵法計算之應補稅額（即不得扣抵之進項稅額）320,401元間之差額9,352,256元為溢繳金額，上訴人申請退還系爭溢繳金額，即是行使已消滅之權利等語，惟核與原判決之結果並無影響，尚不得遽謂原判決違背法令。

(七)、綜上所述，原判決維持訴願決定及原處分（即重核復查決定），而駁回上訴人在第一審之訴，核無違誤。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，並撤銷訴願決定及原處分（即重核復查決定），為無理由，應予駁回。

六、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。

最高行政法院第二庭

以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異