最高行政法院(含改制前行政法院)98年度判字第954號

最　高　行　政　法　院　判　決

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 98年度判字第954號

上訴人

財政部臺灣省北區國稅局

代表人

甲○○

被上訴人

聯發科技股份有限公司

代表人

乙○○

訴訟代理人

李念祖律師

　　　　　　牛豫燕律師　（兼送達代收人）

　　　　　　彭運鵾

上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人不服中華民國98年2月19日臺北高等行政法院97年度訴字第1764號判決，提起上訴，本院判決如下：

主文

理由

一、被上訴人民國（下同）91年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）10,677,538,167元、研究與發展支出1,359,708,165元及可抵減稅額534,302,161元；92年度營利事業所得稅結算申報，原列報免稅所得15,441,883,318元、研究與發展支出2,301,178,300元及可抵減稅額923,466,391元。經上訴人初查91年度分別核定7,267,980,930元、975,051,422元及406,403,382元，應補稅額899,276,149元；92年度分別核定11,577,528,282元、1,246,658,877元及474,730,007元，應補稅額823,269,018元。被上訴人不服，申經復查決定追認91年度免稅所得1,312,083,983元；92年度追認免稅所得464,021,028元，其餘復查駁回。被上訴人不服，提起訴願，遭決定駁回後，復就91年度及92年度原列報第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分不服，提起行政訴訟，經原審法院判決撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）關於被上訴人原列報第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分。上訴人不服，乃提起本件上訴。

二、被上訴人起訴主張：被上訴人就其90年增資擴充從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，以90年8月15日（90）聯發財字第90042號函向經濟部工業局（下稱工業局）申請核發「符合新興重要策略性產業核准函」（第1階段），經工業局於90年9月28日以工（90）電字第09000322410號函核發「符合新興重要策略性產業核准函」；被上訴人於投資計畫完成後，以91年6月24日（90）聯發財字第91042號函向科學工業園區管理局（下稱科管局）申請核發「新興重要策略性產業完成證明」（第2階段），經科管局於91年7月12日以園商字第0910017104號函核發「新興重要策略性產業完成證明」；被上訴人乃據以91年7月24日（90）聯發財字第91050號函向財政部申請核發本件第2次5年免徵營利事業所得稅之核准函（第3階段），經財政部於91年9月2日以台財稅字第0910455539號函核發准被上訴人自其開始提供勞務之日即91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅之核准函；自應構成中央法規標準法第18條前段所定「在處理程序終結前，據以准許之法規有變更」之情形，適用從新從優原則，而應適用90年12月27日行政院（90）台經字第071943號令修正發布，自91年1月1日施行之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（下稱新獎勵辦法），始符合財政部92年5月9日台財稅第0920452718號函釋之本旨。上訴人逕以被上訴人應依90年2月20日行政院（90）台經字第010445號令訂定發布，自89年1月1日起施行之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（下稱舊獎勵辦法）之規定辦理，且以舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項之規定為由，認定被上訴人自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得不得享有免稅優惠，無異加諸法律所無之限制條件，剝奪被上訴人依法原應享有之權益，違反行政機關依法行政之原則等語，爰求為判決撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）關於被上訴人原列報第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分。

三、上訴人則以：按中央法規標準法第18條規定，舊獎勵辦法及新獎勵辦法依序於90年2月20日及90年12月27日發布，是於90年12月31日以前取得「符合新興重要策略性產業核准函」者，無論何時取得「新興重要策略性產業完成證明」，均應遵循行為時據以准許之法令，而無新獎勵辦法之適用。本件被上訴人第2次5年免稅投資計畫係經工業局於90年9月28日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，於工業局核發「符合新興重要策略性產業核准函」時，新獎勵辦法尚未發布，即據以准許之法規並未有變更情事，應遵循行為時據以准許之法令，適用舊獎勵辦法之規定。然舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之規定，被上訴人雖取得科管局於91年7月12日核發之「新興重要策略性產業完成證明」及財政部於91年9月2日核發之准被上訴人自91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅之核准函，亦無新獎勵辦法規定之適用。又申請適用新興重要策略性產業獎勵之准駁機關為工業局，由投資計畫之審查至完成證明之核發機關均非財政部，財政部僅依據工業局核發之核准函及完成證明所載適用之獎勵辦法、符合法令及適用範圍核准5年免徵營利事業所得稅之優惠，並無核准、擴充或變更核准函之權限。本件核准被上訴人適用符合新興重要策略性產業核准函之機關既為工業局，財政部及上訴人並非准駁之權責機關，被上訴人主張依中央法規標準法第18條規定適用新法規，事涉工業局核准其符合新興重要策略性產業核准函之變更，應向權責單位工業局申請，財政部及上訴人並無准駁之權限。縱使財政部或上訴人有核准適用新法規之權限，惟依本院72年判字第1651號判例意旨，本件有關免稅所得之計算爭執，係屬實體爭議，並非程序爭議，仍應適用實體從舊原則，而無新獎勵辦法計算規定之適用。是上訴人就工業局核發符合新興重要策略性產業核准函及完成證明所載適用之法令及免稅適用範圍，依新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第12點第2項規定，91年度及92年度分別按75%及76.47%計算其第2次5年免稅新增投資計畫之產品收入淨額，據以計算免稅所得，並無不合等語，資為抗辯，爰求為判決駁回被上訴人在原審之訴。

四、原審撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）關於被上訴人原列報第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分，係以：㈠按中央法規標準法第18條之規定，足知中央法規標準法對於人民聲請許可案件相關法規之適用，係採所謂從新從優原則，即凡人民聲請許可案件，在處理程序終結前，法規發生變更者，即應適用新法規為原則，例外如因舊法規有利於當事人，且新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，始適用舊法規。㈡對照新獎勵辦法第5條第1項第8款第3目、第3項前段及舊獎勵辦法第5條第1項第8款第3目之規定，可知新獎勵辦法增訂第5條第3項前段規定，即技術服務業之高階積體電路設計業者，如選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。此項增訂規定為舊獎勵辦法第5條所未明定，對身為技術服務業之高階積體電路設計業者之被上訴人而言，此項新增訂規定自屬有利規定。㈢按行為時（下同）促進產業升級條例第6條第4項、第4條第1項、第2項及行為時（下同）促進產業升級條例施行細則第19條規定可知，被上訴人欲享受符合促進產業升級條例第2次5年免稅之獎勵優惠，其申請流程必須經歷：

⑴先向工業局申請核發「符合新興重要策略性產業核准函」（第1階段）；⑵取得經工業局核發「符合新興重要策略性產業核准函」後，再向科管局申請核發「新興重要策略性產業完成證明」（第2階段）；⑶取得上開工業局核准函及科管局完成證明後，最後始得據以向財政部申請本件第2次5年免稅之核准（第3階段）。此項申請流程，循序漸進，缺一不可。從而可知，依促進產業升級條例施行細則第19條之規定，本件被上訴人系爭第2次5年免稅之獎勵優惠之申請程序，整體而言，實包括上述3個機關處理之程序在內，乃3個機關處理程序之總合，並不能割裂，否則即未符法規，而無由准許5年免稅優惠之獎勵。故而本件被上訴人系爭第2次5年免稅優惠獎勵之申請程序，於財政部完成最終審核程序前，均屬「行政機關受理人民聲請許可案件」「在處理程序終結前」之範疇，洵堪認定。上訴人主張被上訴人系爭第2次5年免稅申請，係以工業局核准時所適用之法規為據，本件工業局核准被上訴人系爭第2次5年免稅函已載明適用舊法規，自無適用新法規可言等語，上訴人實忽略系爭第2次5年免稅申請案與一般人民申請案之申請程序有別，亦未考量中央法規標準法第18條之「從新從優原則」及「法律優位原則」，難謂可採。㈣被上訴人系爭第2次5年免稅申請案，係於90年8月間向工業局提出核發「符合新興重要策略性產業核准函」之申請，而工業局係於舊獎勵辦法時期即90年9月28日核發「符合新興重要策略性產業核准函」，該函說明欄第2點固記載：「…經核符合90年2月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』（即舊獎勵辦法）第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定…。」但於財政部受理被上訴人91年7月24日（90）聯發財字第91050號函所提第2次5年免稅申請案時，新獎勵辦法第5條第3項業已明定其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得在內。此項增訂規定既為舊獎勵辦法第5條所未明定，乃新法規，為法規變更，依上揭規定與說明，系爭第2次5年免稅優惠申請案實仍處於向財政部申請核准之階段，符合上開所謂「在處理程序終結前」之要件，且其事務之性質亦無適用行為時法規（即舊獎勵辦法）之情事，自有中央法規標準法第18條規定之適用，即於本件被上訴人申請案處理程序終結前，據以准許之法規已有變更，而應適用新法規（即新獎勵辦法）。然財政部91年9月2日核發之核准函說明欄第2點卻記載：「…並選定適用促進產業升級條例第9條暨90年2月20日行政院令核定發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款之規定…。」是知，財政部未注意依行政程序法第36條規定，應依職權調查證據，對當事人有利及不利事項一律注意之要求，且受限於上述工業局核准函內容法規之記載，未慮及中央法規標準法第18條之規定，而未適用新獎勵辦法，容有未洽。㈤上訴人固提出工業局曾就有關91年1月1日以後取得完成證明之投資計畫，其選擇適用5年免稅者，得否適用90年12月27日發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（即新獎勵辦法）之疑義，行文財政部賦稅署表示意見，經財政部賦稅署以91年9月10日台稅一發字第0910454198號函覆，其說明欄第2點第1小點載明：「…二、貴局所研提意見，本署意見如次：㈠有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。…」表明以行為時（即申請時）之日期，資為應適用新舊獎勵辦法之時點，但未據說明何以不能適用新獎勵辦法之法令依據及理由，無法理解其法理基礎為何；況所謂函釋者，係指闡明法規原意之公函而言，固應自法規生效之日起有其適用（司法院釋字第287號、第493號解釋參照），惟函釋如有語意未明或需要進一步說明者，主其事者，非不得重為核定（本院92年5月份庭長法官聯席會議決議參考）。上訴人所引上開財政部賦稅署之覆函，並未有闡明法規之內容，且未慮及新舊法規變更之比較考量，自難謂客觀可採。㈥被上訴人系爭第2次5年免稅之申請，依促進產業升級條例及其施行細則之規定可分成3階段，各階段均有其獨立權責之主管機關，各機關本應各自依法審查其所受理之申請案，如適逢法令變更時，本應尋找有關法律變更時應如何適用法令之法規，以為正確適用，始符法制。其不為此圖，忽略既有之法令規定，自有脫離依法行政之精神，仍有未合。㈦綜上，被上訴人系爭第2次5年免稅申請案，雖經工業局於舊獎勵辦法時期即90年9月28日核發「符合新興重要策略性產業核准函」，然於財政部受理被上訴人91年7月24日系爭第2次5年免稅申請案時，新獎勵辦法業已明定其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得在內，此項增訂規定既為舊獎勵辦法第5條所未明定，自屬法規變更，而被上訴人系爭第2次5年免稅申請案實仍處於未經財政部核准之申請程序中，符合上開所謂「在處理程序終結前」之要件，自有中央法規標準法第18條規定之適用，即據以准許之法規已有變更，而應適用新法規（即新獎勵辦法）核准被上訴人系爭第2次5年免稅申請案。惟財政部91年9月2日核發之核准函卻仍記載適用舊獎勵辦法，未慮及新舊獎勵辦法變更情形，上訴人據以否准被上訴人系爭第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分之列報，縱已經復查決定追認部分免稅所得，仍有違誤，訴願決定未予糾正，均有未合，被上訴人訴請撤銷，核有理由等詞，為其判斷之基礎，固非無見。

五、本院查：

㈠、按促進產業升級條例第8條第1項第1款、第3項規定：「（第1項）為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達3年以上者，得依下列規定抵減其當年度應納之營利事業所得稅額或綜合所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之︰一、營利事業以其取得該股票之價款20%限度內，抵減應納之營利事業所得稅額。…（第3項）第1項新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之，並每二年檢討一次，做必要調整及修正。」同條例第9條第1項、第2項第2款規定：「（第1項）公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。（第2項）前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰…二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」次按舊獎勵辦法第1條規定：「本辦法依促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第8條第3項規定訂定之。」同辦法第3條第3款規定：「新興重要策略性產業屬技術服務業者，應符合下列要件之一：…三、公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，研究與發展支出達新臺幣1,500萬元。」同辦法第5條第1項第8款第3目規定：「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：…

八、技術服務業…（三）高階積體電路設計：DRAM (128M以上）、GDRAM（8M以上）、同步SRAM（16M以上）、100uA S-tandBy SRAM（2M以上）、Flash memory（16M以上）、MaskROM（32M以上）、Chipset（Pentium等級以上）、ASIC（10萬Gate count以上)、DSP、MCU（8 bit以上）、類比IC、M-RAM、LCD driver IC、CPU、SOC、EDA產品或IP。」同辦法第6條第1項規定：「公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於工廠設立許可函或公司設立執照核發之次日起六個月內；增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起六個月內；或於本辦法發布日起六個月內，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函。」同辦法第7條第1項第4款規定：「公司依前條規定申請核發符合新興重要策略性產業核准函時，應檢具下列文件：…四、投資計畫書7份…。」同辦法第8條第1項第1款規定：「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起3年內完成投資計畫，並於完成後檢具相關文件，依下列規定申請核發完成證明：一、投資計畫之執行地點位於科學工業園區內之公司，向科學工業園區管理局為之。」同辦法第9條第1項規定：「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起3年內完成投資計畫，或投資計畫產品或技術服務項目變更者，應於期限屆滿前，向經濟部工業局申請展延或變更。但全程計畫完成期限不得超過4年。」新獎勵辦法第5條第3項規定：「附表九（三）高階積體電路設計，選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」其說明為：「鑑於高階積體電路設計業除從事高階積體電路設計工作外，多數業者亦將所設計之成品委外製造，產製屬自有品牌之積體電路產品，惟財政部計算該等業者之5年免稅，未將上述產製之產品部分亦予以納入，滋生相當之爭議，爰增訂第3項，以符合業者之需求。」

㈡、觀諸原審卷附之財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函釋：「主旨：有關91年1月1日以後取得完成證明之投資計畫，其選擇適用5年免稅者，得否適用90年12月27日發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』乙案，復請查照。說明：一、復貴局（按，為經濟部工業局）91年5月10日工策字第0910012797-0號函。二、貴局所研提意見，本署意見如次：（一）有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均經遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。（二）至於公司之投資計畫依據舊獎勵辦法申請，且於91年1月1日以後始取得新興重要策略性產業核准函之案件，其據以准許之法規已有所變更，應可適用新法規，其5年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得乙節，本署原則同意，惟仍宜請貴局於核發新興重要策略性產業核准函前，通知申請公司於限期內改按修正後獎勵辦法規定申請辦理完竣，方得適用，以免發生公司申請與核准項目不一致之情形。三、另為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中。」暨工業局91年9月20日工策組字第09100323502號函釋：「主旨：有關符合90年12月27日發布，自91年1月1日施行『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』（以下簡稱新獎勵辦法）第5條第1項第8款第3目高階積體電路設計及第6目產品工程服務之投資計畫申請完成證明者，應載明其免稅範圍，請查照。說明：一、依據財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函辦理。二、依據…自91年1月1日施行…新獎勵辦法第5條第3項規定，投資計畫生產之產品或提供之技術服務為同條第1項第8款第3目（即高階積體電路設計），選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。公司之投資計畫如係依據90年2月20日發布之獎勵辦法（以下簡稱舊獎勵辦法）申請核發核准函，而於91年1月1日以後取得核准函者，因廠商於取得核准函之前，據以准許之法規有所變更，則應有適用中央法規標準法第18條所示『從新從優』行政法理之空間，即應可適用新獎勵辦法，其5年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。該項解釋業經財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函原則同意，惟為便利徵納雙方於計算免徵營利事業（所得）稅時有所依循，請於核發適用新獎勵辦法第5條第1項第8款第3目高階積體電路設計及第6目產品工程服務之投資計畫之完成證明時，在『投資計畫生產之產品或提供之技術服務』欄位內載明其免稅範圍。」等意旨，再揆諸上揭規定，足見屬增資擴展之公司（例如本件之被上訴人），擬依促進產業升級條例第9條第2項第2款之規定選擇自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅，而依舊獎勵辦法第6條第1項之規定申請適用新興重要策略性產業之獎勵，且依同辦法第7條第1項之規定檢具文件向工業局申請核發「符合新興重要策略性產業核准函」時，似應於其投資計畫書中載明其因「以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備」可得新增之所得範圍為何，俾工業局審查後併予核准其5年免稅範圍為何，且為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，日後最佳之作法是將該經其核准之5年免稅範圍明確載於「符合新興重要策略性產業核准函」中；又，經核發「符合新興重要策略性產業核准函」之公司，於「符合新興重要策略性產業核准函」核發之次日起3年內完成投資計畫，而依舊獎勵辦法第8條第1項之規定檢具相關文件向科管局申請核發「新興重要策略性產業完成證明」時，科管局似應依循該經工業局核准之5年免稅範圍，且日後最佳之作法是將該經工業局核准之5年免稅範圍明確載於「新興重要策略性產業完成證明」中；再，經核發「新興重要策略性產業完成證明」之公司，檢具文件向財政部申請核發「5年免徵營利事業所得稅核准函」時，財政部似亦應依循該經工業局核准之5年免稅範圍；公司如欲變更投資計畫中其因「以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備」可得新增之所得範圍，因事涉業經核准5年免稅範圍之變更，其似應依舊獎勵辦法第9條第1項之規定向工業局申請變更；如此，始有上開財政部賦稅署函釋所謂「建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中」，以及上開工業局函釋所稱「請於核發適用新獎勵辦法第5條第1項第8款第3目高階積體電路設計及第6目產品工程服務之投資計畫之完成證明時，在『投資計畫生產之產品或提供之技術服務』欄位內載明其免稅範圍」各等語。如上開事項為真，而本件被上訴人係於90年12月31日以前（即90年9月28日）取得「符合新興重要策略性產業核准函」，則無論其何時取得「新興重要策略性產業完成證明」及「5年免徵營利事業所得稅核准函」，均應適用行為時據以核准之法令即舊獎勵辦法，而無適用中央法規標準法第18條及新獎勵辦法之餘地，自亦無新獎勵辦法第5條第3項「其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」規定之適用。從而，上開事項是否為真，實有向工業局、科管局及財政部查詢，並或有調閱被上訴人向工業局申請核發「符合新興重要策略性產業核准函」、向科管局申請核發「新興重要策略性產業完成證明」及向財政部申請核發「5年免徵營利事業所得稅核准函」之相關卷宗查明之必要。在未釐清上開事項之前，原判決逕認財政部受理被上訴人91年7月24日系爭第2次5年免稅申請案，應適用新獎勵辦法，卻於91年9月2日核發之「5年免徵營利事業所得稅核准函」記載適用舊獎勵辦法，上訴人據以否准被上訴人系爭第2次5年免稅所得不利於被上訴人部分之列報（復查決定追認部分免稅所得），洵有違誤，訴願決定未予糾正，亦有未合云云，尚嫌率斷。

㈢、綜上所述，上訴論旨指摘原判決違背法令，求予廢棄，非無理由，且因本件部分事實未臻明確，尚待查明，本院無法逕為法律上之判斷，爰將原判決廢棄，發回原審法院。

六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。

最高行政法院第三庭

以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異