臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)95年度訴字第04549號

• 裁判案由: 營業稅
• 案件類型: 行政
• 審判法院: 臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)
• 裁判日期: 96 年 11 月 08 日
• 法官: 林文舟、許瑞助、陳鴻斌
• 法定代理人: 甲○○、凌忠嫄
• 原告: 忠興開發股份有限公司法人
• 被告: 財政部臺北市國稅局

臺北高等行政法院判決
95年度訴字第04549號
原　　　告　忠興開發股份有限公司
代　表　人　甲○○
訴訟代理人　卓隆燁　會計師
被　　　告　財政部臺北市國稅局
代　表　人　凌忠嫄（局長）住同上
訴訟代理人　丙○○
乙○○
上列當事人間因營業稅事件，原告不服財政部中華民國95年10月31日台財訴字第09500445860 號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主 文
訴願決定及原處分（即重核復查決定）均撤銷。
被告對於原告就85年5 月27日及88年1 月5 日申請溢繳稅款新台幣玖佰參拾伍萬貳仟貳佰伍拾陸元事件，應依本判決之法律見解另為處分。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔三分之二，餘由原告負擔。
事 實
一、事實概要：
緣原告自動於民國（下同）85年5月27日以申請函（下稱系
爭申請函）向臺北市稅捐稽徵處大安分處（下稱大安分處）補申報80至84年各年度取得之股利收入（免營業稅），依「兼營營業人營業稅額計算辦法」規定，以比例扣抵法計算不得扣抵之進項稅額9,672,657 元，同時主張以「直接扣抵法」計算該補稅額（即不得扣抵之進項稅額）應為320,401 元，以歷年累積留抵稅額66,866,876元抵繳稅款。因歷年取得固定資產而溢付之營業稅大於該累積留抵稅額，原告除申請退還因取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（66,866,876元減9,672,657 元）外，另就各該年度自動補報股利收入依「直接扣抵法」計算之應補稅額（即不得扣抵之進項稅額），與依「比例扣抵法」所計算補稅額之差額，即溢繳金額9,352,256 元（9,672,657 元減320,401 元，下稱系爭溢繳金額），申請退還。案經大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號函復，以「經查貴公司85年5
月27日係申請退還固定資產因併入『進貨及費用』申報而溢付且留抵之營業稅額，並非申請採用直接扣抵法，是本項係屬核課確定案件不適用86年1 月18日台財稅第000000000 號函釋。」等理由，否准退還依「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳之金額。原告不服，向台北市政府提起訴願，因自88年7 月1 日起營業稅改制國稅而移轉管轄由財政部審理，經財政部91年年3 月18日台財訴字第
0911352188號訴願決定略以：原告85年5 月27日補申報時所主張之不得扣抵進項稅額320,401 元是否確實依「直接扣抵法」計算得出？該申請函有無申請採用「直接扣抵法」之本意存在，原告可否適用本部86年8 月9 日台財稅第
000000000 號函釋，申請改採直接扣抵法計算應納稅額，尚有斟酌餘地，乃將原處分撤銷，著由原處分機關另為處分。因營業稅稽徵業務92年1 月1 日起移撥由財政部各區國稅局辦理，案經原處分機關所屬大安分局重核結果，以93年1 月7 日財北國稅大安營業字第0920214070號函復略以：「．．．貴公司85年5 月27日申請以比例扣抵法自動補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳
9,672,657 元。該申請函說明雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401 元，而退還兩者差額9,352,256 元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直接扣抵法甚明。貴公司既未於財政部86年1 月18日台財稅第
000000000 號函發布前依兼營營業人營業稅額計算辦法第8
條之1 規定：『3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法。』申請核准後改按直接扣抵法計算應納稅額，尚無財政部86年8 月9 日台財稅第
000000000 號函意旨之適用，仍應依比例扣抵法計算各該年其之應納稅額。」為由，仍否准退還依上開分別「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額之差額（即溢繳之金額），即認應依比例扣抵法計算應補稅額（不得扣抵之進項稅額），原告仍表不服，提起訴願亦遭決定駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
㈠原告聲明求為判決：
⒈訴願決定及原處分均撤銷。
⒉請判命被告退還溢繳稅額9,352,256元。
⒊訴訟費用由被告負擔。
㈡被告聲明求為判決：
⒈求為判決駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：
㈠原告主張之理由：
⒈本件有關自動補報股利收入不得扣抵之進項稅額而應補繳營業稅及申請退還溢繳營業稅事項，屬未核課確定案件。⑴按「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」及「81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條 之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日臺財稅第000000000 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請直接扣抵法計算應納稅額。」分別經財政部86年1 月18日臺財稅第000000000 號函及86年8 月9 日臺財稅第000000000 號函核釋在案。
⑵次按「兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如左：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１－
當期不得扣抵比例）」、「經核准採用直接扣抵法之兼營營業人，應依下列規定計算營業稅額。一、兼營營業人應將購買貨物、勞務或進口貨物、購買國外之勞務之用途，區分為左列三種，並於帳簿上明確記載：專供經營本法第四章第一節規定應稅（含零稅率）營業用（以下簡稱專供應稅營業用）者。專供經營免稅及依本法第四章第二節規定計算稅額營業用（以下簡稱專供免稅營業用）者。供1.、2.兩目共同使用（以下簡稱共同使用）者。二、兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進稅稅額－依本法第19條第1項規定不得扣抵之進項稅額－專供經
營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）三、兼營營業人
購買國外之勞務，應依下列公式計算應納營業稅額，併同當期營業稅額申報繳納。應納稅額＝專供免稅營業用勞務之給付額×徵收率＋共同使用勞務之給付額×徵收
率×當期不得扣抵比例四、兼營營業人於報繳當年度最
後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如左：調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－（當年度進項稅額－當年度依本法第19條第1項規定不得扣抵之進
項稅額－當年度專供免稅營業用之貨物或勞務之進項稅額－當年度共同使用之貨物或勞務之進項稅額×當年度
不得扣抵比例）兼營營業人如有購買國外之勞務者，並應依下列公式調整：調整稅額＝（當年度購買專供免稅營業用勞務給付額＋當年度購買供共同使用勞務給付額×當年度不得扣抵比例）×徵收率－當年度購買勞務已
納營業稅額兼營營業人於年度中適用本條規定計算營業稅額之期間未滿九個月者，當年度免辦調整，俟次年度最後一期再做本款規定調整之。」分別為行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第4條及第8條之2所明確規定（
證物六）。即採直接扣抵法者，於計算當期應納或溢繳營業稅，當期進項稅額除扣除「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」外，應予扣除「專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額」及「共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例）」之進項稅額，
為計算基礎；而未採直接扣抵法者，則係將當期進項稅額除扣除「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」後，直接乘以（１－當期不得扣抵比例），為計算基礎。
⑶再按「本部95年12月21日令公布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於尚未核課確定之各年度案件均予適用」、「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但經採用後三年內
不得變更。」亦分別為財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函及台財稅字第09504563400號函頒布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1第1項
所明定（證物1）。據前開規定，業已剔除原辦法規定
之「得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法」，改為「得採用直接扣抵法」，無須向稽徵機關事先申請核准，且尚未確定案件均有其適用。
⑷查原告80至84年度各期營業稅申報，已依營業稅稅法第35條第1 項規定申報在案。原告鑑於85年2 月16日總統公布司法院釋字第397 號解釋文，闡明財政部77年7 月8 日台財稅第761153919 號函（註︰本函已被78年5 月22日台財稅第000000000 號內容涵蓋）有關兼營投資業務之營業人於年度中取得之股利，應於年度結束時彙總列入當年度最後乙期免稅銷售額申報，並依兼營營業人營業稅額計算辦法之規定，按當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例計算調整應納稅額，併同繳納之規定合憲，原告乃依稅捐稽徵法第48條之1 規定，於85年5 月27日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，俾依兼營營業人營業稅額計算辦法規定計算應補繳之稅額，並以累積留抵稅額辦理抵繳，同時依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，申請退還因取得固定資產而溢付之營業稅額（證物7），茲就所附之稅額計算表相關
欄位之計算方式，以80年度為例說明如后（81至84年度之計算式與80年度相同，不贅）：
①原告80年度之應稅銷售額為94,790,864元（按5%計算之銷項稅額為4,739,543元），免稅銷售額（即股利
收入）為20,781,200元，得扣抵之進項稅額為
848,459元，當期已申報繳納之營業稅額為3,891,084元【計算式：應稅銷售額94,790,864元×5%－得扣抵
之進項稅額848,459元＝已繳納營業稅3,891,084元】，合先陳明。
②「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」欄：係依兼營營業人營業稅額計算辦法第3條規定，指各該期間免
稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷售淨額，占全部銷售淨額之比例。說明如后：
當期不得扣抵比率為17%【計算式：當期免稅銷售
額20,781,200元/當期應稅銷售額94,790,864元＋
當期免稅銷售額20,781,200元＝17%】（證物8）；當期不得扣抵稅額（含固定資產）144,238元（比
例扣抵法）：當期得扣抵之進項稅額為848,459元
（內含固定資產進項稅額505,706元），按當期不
得扣抵比率17%計算當期含固定資產之不得扣抵進
項為144,238元【計算式：當期得扣抵之進項稅額
848,459元－當期得扣抵之進項稅額848,459 元×
（1－17%）＝144,238元】（同證物8）。
當期不得扣抵稅額（不含固定資產）58,268元（直接扣抵法）：茲因原告興建之固定資產係供出租使用，其相關之銷項並無免稅之適用，故其進項稅額於計算不得扣抵進項稅額時應予以排除，此即「當期不得扣抵稅額（不含固定資產）」，而於系爭年度亦並無專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額，故本欄「當期不得扣抵稅額（不含固定資產）」，依首揭函釋規定，其計算式為：【不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額＝當期得扣抵之進項稅額為848,459元－固定資產進項稅額505,706元＝
342,753元】；【不含固定資產之當期不得扣抵之
進項稅額＝不含固定資產之當期得扣抵之進項稅額342,753元－不含固定資產之當期得扣抵之進項稅
額342,753元×（1－17%）＝58,268元】（證物9）
；
當期應納稅額（直接扣抵法）：－依首揭函式規定之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額－專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額×當期不得扣抵比例），因原告當
期並無「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」及「專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額」，而共同使用貨物或勞務之進項稅額（於直接扣抵法中為「不得扣抵稅額（不含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【銷項稅額4,739,543元
－（進項稅額848,459元－0元－0元－（共同使用
當期不得扣抵稅額58,268元（不含固定資產
---848,459 元－505,706元＝342,753元×當期不
得扣抵比例17％）))】＝當期應繳納之營業稅
3,949,352元；因原告前已如期申報繳納營業稅
3,891,084元－當期應繳納之營業稅3,949,352元＝當期應納之營業稅58,268元；
當期應納稅額（比例扣抵法）－依首揭函式規定之計算式為：銷項稅額－（進項稅額－依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額）×（１－當期
不得扣抵比例），因原告當期並無「依本法第十九條第一項規定不得扣抵之進項稅額」，而進項稅額（於比例扣抵法中為「不得扣抵稅額（含固定資產）」），則本期溢繳稅額＝【銷項稅額4,739,543
元－（進項稅額848,459元－0元）×(1-當期不得
扣抵比例17％）】＝當期應繳納之營業稅
4,035,322元；因原告前已如期申報繳納營業稅
3,891,084元－當期應繳納之營業稅4,035,322元＝當期應納之營業稅144,238元；
80年比例扣抵法應納稅額144,238元與直接扣抵法
應納稅額58,268元之差額為85,970元，累積80年至84年度共計溢繳9,352,256元【計算式：比例扣抵
法--累計不得扣抵稅額（含固定資產）9,672,657
元－直接扣抵法--累計不得扣抵稅額（不含固定資產）320,401元＝9,352,256元】。
由於原告補申報之案關年度，有取得固定資產供出租致部分進項稅額應直接歸屬固定資產之情形，乃於同一申請函說明四中，敘明「．．．且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中．．．」，及說明五所附兼營營業人營業稅額調整計算表，即係依行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之2規定，按「直接扣抵法」計算調整稅額，顯見原告85年5月
27日補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，即係申請依「直接扣抵法」計算營業稅額，並主張以留抵稅額抵繳應補繳稅款，因採直接扣抵法計算並抵繳稅額後，原告仍有溢繳之留抵稅額，乃於申請函中同時申請退還溢繳之留抵稅額，明確無誤。此亦為財政部91年3月
18日台財訴字第0911352188號訴願決定書理由書三，倒數第6行以下論述撤銷原處分之主要緣由。原處分及訴
願決定均見未及此，即擅予駁回，與行政救濟制度設置之本旨相悖，難謂合法。
⑸台北市政府稅捐稽徵處大安分處於受理原告前述補申報及退稅申請案，旋於85年6 月3 日已北市稽大安（甲）字第24795 號函囑原告「請填列固定退稅清單及相關進項憑證（依清單順序排列）並檢附所屬年度帳簿，建物所有權狀，租賃契約書，租金收入發票存根聯，使用執照以憑核辦」（證物2），顯見大安分處並未否准原告
申請直接扣抵法計算營業稅，而係要求原告檢證憑核，明確無疑。原處分機關所屬大安分局93年1月7日財北國稅大安營業字第0920214070號函復謂：「二、貴公司85年5月27日申請以比例扣抵法自動補報不得扣抵之進項
稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657
元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401元，而退還兩者差額9,352,256元，惟當時係申請以比例扣抵法補報，並未敘明係符合3年內無重大逃
漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，故當時未申請適用直接扣抵法甚明。」云云，顯與事實不符。
⑹次查原告上開依稅捐稽徵法第48條之1 規定補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，並採用「直接扣抵法」計算不得扣抵銷之進項稅額，同時依稅捐稽徵法第28條規定，以未正確適用營業稅法第39條第1 項第2 款之適用法令錯誤之理由，申請退還是段期間因取得固定資產而溢付之營業稅，於經大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號函，作出否准退還系爭依「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳金額之處分後，原告已在規定期限內提起訴願，目前仍在行政救濟程序處理中，則依稅捐稽徵法第34條第3 項規定，本件當屬未確定案件。故依首揭財政部86年1 月18日臺財稅第000000000 號及86年8 月9 日臺財稅第
000000000 號規定，本件自動補報依「直接扣抵法」計算之應納稅額，而較「比例扣抵法」所計算者之溢抵繳數，既可直接歸屬供出租使用之固定資產之應稅業務，而與免稅業務或共同使用業務毫無關連，自可依營業稅法第39條第1 項第2 款申請退還，殆無疑義。
⑺再者，原告為取得上開固定資產所購買之貨物或勞務，係興建富邦金融中心大樓與民生大樓之相關工程規劃、設計及各項工程發包所需之貨物或勞務，其帳務處理之科目歸屬當與其他資產及費用之發生有明確之區隔，無庸置疑。又原告於85年5 月27日申請函中，雖未敘明最近3 年內無重大逃漏稅情事，惟原告過去是否有逃漏稅情事，自為原處分機關所得掌握，非得由原告敘明不可。乃原處分機關所屬大安分局明知此情，卻擅謂原告「當時係申請以比例扣抵法補報」，旁以原告「未敘明對符合3 年內無重大逃漏稅情事，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定」之理由塘塞推託，即作原告「當時未申請直接扣抵法」之論斷，自屬違誤，更與訴願法第96條：「原行政處分經撤銷後，原行政處分機關須重為處分者，應依訴願決定意旨為之，並將處理情形以書面告知受理訴願機關。」之意旨難謂有合。
⑻況依前揭財政部95年12月21日台財稅字第09504563401
號函及台財稅字第09504563400 號函頒布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』規定，直接扣抵法已無須事先向稽徵機關申請核准之必要，原處分所執「當時未申請適用直接扣抵法」之論據，已無意義，本件既為未核課確定之案件，自應得採直接扣抵法並退還溢繳納稅額，要無疑義。
⒉被告對性質相同之事務為不同之行政處分，違反平等原則。
⑴按行政程序法雖於90年1 月1 日施行，惟「平等原則」乃憲法第7 條所保障之基本權利，復經司法院釋字第
211 號、第485 號、第565 號等解釋一再闡述有案。
⑵又「基於相同原因事實作成之行政處分，若有意作不公平之差別待遇，致損及特定當事人之權益，即有權力濫用之違法。」為改制前行政法院81年度判字第1006號判決所明釋（證物3）。
⑶查訴外人明東實業股份有限公司（下稱明東公司）設址於台北市○○○路○段237號10樓（原告設於同址11樓）
，明東公司前於85年5月27日向台北市稅捐稽徵處大安
分處（營業稅稽徵業務自92年1月1日由被告收回自徵）自動補申報股利收入並申請退還溢繳營業稅，其不論申請時間、申請事項、論述內容及管轄機關（同為大安分處）等情況與原告完全相同（證物10），僅金額有所不同，而明東公司採直接扣抵法之溢繳稅額，台北市稅捐稽徵處大安分處早於88年5月26日以北市稽大安甲字第
8801899300號函（證物11）依訴願決定，同意按直接扣抵法辦理退稅17,415,351元及加計利息1,263,162元，
合計18,678,513元（嗣經明東公司同意該應退稅額及利息累積計入88年7~8月之留抵稅額，證物12），被告及
訴願決定明知此項事實，卻對事務本質相同之案件為不同之處分，與平等原則相違背。
⑷原處分機關大安分局竟可無視於同為稅捐稽徵機關之台北市政府稅捐稽徵處大安分處，對上開相同案件--明東公司已為同意按直接扣抵法並辦理退稅之處置，並置財政部就本系爭所為之訴願撤銷決定意旨於不顅，仍抱持一己之偏見，否准本件可明確歸屬供出租使用之固定資產之所購買之貨物或勞務，其溢付之營業稅額應直接歸屬應稅業務，無須併入兼營營業人營業稅額計算表中而得申請退還，以使不得扣抵進項稅額之計算能臻於公平合理，顯背離司法院釋字第397 號解釋後段所闡「惟不得扣抵比例之計算，在租稅實務上既有多種不同方法，財政部雖於81年8 月25日有所修正，為使租稅益臻公平合理，主管機關仍宜檢討改進。」之旨意，亦顯未合。⒊據上論述，本件原處分及訴願決定均有違誤，爰敘情如前，狀請判決如訴之聲明。
㈡被告主張之理由：
⒈按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」及「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」分別為行為時營業稅法第19條第3 項及兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項所規定。又「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 規定選擇採用「直接扣抵法」，而採「比例扣抵法」計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用「直接扣抵法」計算應納稅額。」及「81年9 月1日
兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日台財稅第000000000 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」亦分別經財政部86年1 月18日台財稅第000000000 號及86年8 月9 日台財稅第
000000000 號函釋有案。
⒉本件訴訟理由略謂：原告85年5 月27日之申請函已有申請採用「直接扣抵法」之本意。
⑴按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」及「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確定區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」行為時營業稅法第19條及兼營營業人稅額計算辦法第8 條之1 分別定有明文。上開兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 有關「直接扣抵法」之選擇適用，復經財政部86年1 月18日台財稅第85192879號函：「兼營營業人未依81年9 月1 日修正施行之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 規定選擇採用直接扣抵法，而採比例扣抵法計算稅額者，自上揭辦法修正施行之日起，其屬尚未核課確定之各年度案件，得申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」及86年8 月9 日台財稅第000000000 ：「81 年9月1 日兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 修正施行之日起，兼營營業人原採用比例扣抵法計算稅額並繳納應納營業稅額，嗣後要求改按直接扣抵法計算稅額而經稽徵機關否准，於本部86年1 月18日台財稅第000000000 號函釋發布前已提起行政救濟且尚未確定者，准依上開規定申請採用直接扣抵法計算應納稅額。」核釋在案。
②查原告80至84年度各期營業稅申報，已依營業稅法第35條第1 項規定申報。於85年5 月27日補申報系爭80 至
84年各年度取得之股利收入同一申請函說明四中，敘明「本公司既屬營業稅法第4 章第1 節規定計算稅額之營業人，則該5 年度因取得固定資產而溢付之進項稅額即應依規定准予退還，始稱允當。且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中……」，即蘊涵採用「直接扣抵法」計算稅額之本意。
③次查原告上開依稅捐稽徵法第48條之1 規定補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，並採用「直接扣抵法」計算不得扣抵之進項稅額，同時依稅捐稽徵法第28
條規定，以未正確適用營業稅法第39條第2 款之適用法令錯誤之理由，申退還退是段期間因取得固定資產而溢付之營業稅，於經臺北市稅捐稽徵處大安分處88年1 月28日北市稽大安甲字第8800127710號函，作出否准退還系爭依「比例扣抵法」與「直接扣抵法」計算應補稅額而溢繳金額之處分後，原告已在規定期限內提起訴願，目前仍在行政救濟程序處理中，則依稅捐稽徵法第34
條第3 項規定，本件當屬未確定案件。故依首揭財政部86年1 月18日台財稅第000000000 號及86年8 月9 日台財稅第000000000 號函釋，本件自動補報依「直接扣抵法」計算之應補稅額，而較「比例扣抵法」所計算者之溢抵繳數，既可直接歸屬供出租使用之固定資產之應稅業務，而與免稅業務或共同使用業務亳無關連，自可依營業稅法第39條第2 款申請退還。
④原告為取得上開固定資產所購買之貨物或勞務，係興建富邦金融中心大樓與民生大樓之相關工程規劃、設計及各項工程發包所需之貨物或勞務，其帳務處理之科目歸屬當與其他資產及費用之發生有明確之區隔。又原告於85年5 月27日申請函中，雖未敘明最近3 年無重大逃漏稅情事，惟原告過去是否有重大逃漏稅情事，自為原處分機關所能掌握，非得由原告敘明不可。本件有完全相同之事件可茲參照，實無另為不同處分之餘地：查原告與明東實業股份有限公司（下稱明東公司）為關係企業，又原告及明東公司補申報系爭80至84年各年度取得之股利收入，不論在申請時間、申請事項及內容等均相同，僅金額有所不同，其中明東公司之部分更奉臺北市稅捐稽徵處所屬大安分處依訴願決定意旨，同意按直接扣抵法辦理退稅而另為處分在案。等語，資為爭議。
⒊查本件原告85年5 月27日自動以比例扣抵法計算及補報不得扣抵之進項稅額，並申請以累積留抵稅額抵繳方式補繳9,672,657 元。該申請函說明四雖提及要求另就直接扣抵法計算為320,401 元，而主張退還兩者差額9,352,256 元，惟申請時係以比例扣抵法補報，且未敘明係符合3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途之規定，當時亦無表明申請適用直接扣抵法。（原告於85年6 月1 日始另案申請適用直接扣抵法，並經大安分處於85年6 月8 日以北市稽大安（甲）字第26448 號函，核准自85年6 月1 日起採用直接扣抵法在案）。次查原告85年5 月27日函之說明四記載：「按本公司80至84年度因取得固定資產而溢付之進項稅額……依營業稅法第39條第1 項第2 款規定，因取得固定資產而溢付之營業稅，應由主管機關查明後退還之……」又該函附表註（二）記載：「不含固定資（產）之不得扣抵進項稅額係由80至84年度『兼營營業人營業稅額調整計算表』之進項稅額合計數減除80至84年各年度之固定資產進項稅額……後乘以各年度【80至84年】依規定計算之不得扣抵進項稅額比例。」，則本件僅係原告因取得固定資產產生溢付營業稅，申請依營業稅法第39條第1 項第2 款規定退還該溢付營業稅額，並非原告申請改採直接扣抵法計算應納稅額遭否准（事實上已核准原告自85年6 月1 日（申請日）起採用直接扣抵法），原告80至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間原告之申報課稅資料均已按比例扣抵法計算核課確定，核與財政部86年1 月18日台財稅第000000000 號與86年8 月9 日台財稅第000000000 號及95年12月21日台財稅字第09504563401 號函釋之案情有別，不能援引。本件原告80至84年間既未申請採用直接扣抵法，縱事後於85年6 月1 日申請並經核准採用直接扣抵法，依首揭規定，亦應自核准日（85年6 月1 日）起方有其適用，是原處分機關認定原告應依比例扣抵法計算系爭應補稅額，並無不合。所訴各節委無足採，本件原處分應予維持。綜上論結，原告之訴應認為無理由，爰依行政訴訟法第108 條規定提出答辯，請依法駁回原告之訴。
理 由
一、本件被告代表人原為許虞哲，嗣於96年8月10日由凌忠嫄接
任，其聲請承受訴訟，核無不合，應予准許；又原告主張本件爭執，本包括：「請求退還溢繳之稅款」及「取得固定資產溢繳之留抵稅額57,194,219元」兩項。惟嗣於本院96年10月9 日準備程序中表示，91年申報書留抵稅額已為零，可知已抵用完畢，並無爭執實益，因而不再爭執「取得固定資產溢繳之留抵稅額57,194,219元」部分，並經記明筆錄，是本件之爭執僅為「請求退還溢繳之稅款9,352,256 元」而已，均合先敘明。
二、按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」為行為時營業稅法第19條第3 項所規定；而據之訂定之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項規定：「兼營營業人最近三年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及進口貨物、購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」可知被告否准原告有關請求溢繳稅款之系爭申請函所據之兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項，僅規定採直接扣抵法需提出相關文件資料辦理，並經核准始得享受，並無如稅捐稽徵法第35條第1 項：「納稅義務人對於核定稅捐之處分如有不服，應依規定格式，敘明理由，連同證明文件，依左列規定，申請復查：．．．」，明文要求申請復查者其申請之格式，被告主張申請直接扣抵法必須「先申請」並有「制式表格算出」，除「先申請」一項為上開辦法所定外，「制式表格算出」一項難謂為上開辦法所明定；況當事人一旦提出申請，僅因申請使用格式不當，或當時所提資料或文件不齊或欠缺時，當屬通知補正問題，自應先行通知補正瑕疵，逾期不補正，始生是否應予以駁回之問題，斷不能僅因格式未合或文件欠缺而謂其未申請，或逕自否准其申請。被告主張原告未提出直接扣抵法之申請，且未提出相關文件，因而不符直接扣抵法之要件等語，忽略上述通知補正之作為而有程序瑕疵，自不能採憑。
三、查，被告主張原告於80年至84年間並未申請採用直接扣抵法，該段期間之課稅已經確定等語；原告則主張系爭申請函（見原處分卷第366 頁）固於85年5 月27日提出，惟因原處分機關85 年6月3 日回函（北市稽大安(甲) 字第24795 號，
見 原處分卷第358 頁）並未針對採直接扣抵法所生退稅之請求予以答覆，故又另於88年1 月5 日以另申請函（見原處分卷第240 頁）向原處分機關查詢（催辦），經遭否准，現仍在行政救濟中，尚未確定等語。是本件首應探究者，為：㈠系爭申請函是否已經就80年至84年之補報股利收入申請採用「直接扣抵法」？㈡本件原告是否可以在85年5 月27日才申請80年至84年之營業稅額採用直接扣抵法計算？以下分述之：
㈠系爭申請函是否已經就營業稅申請「直接扣抵法」？
查兩造對原告85年5月27日系爭申請函說明到底有無「
直接扣抵法」之申請爭執。被告主張申請直接扣抵法必須提出相關文件，且依一定格式為之始符規定，系爭申請函除無明載直接扣抵法之文字，亦未提出相關文件，因而未符規定，故非直接扣抵法之申請等語。惟查，原告系爭申請函說明記載：「．．．且該等固定資產係供出租使用，其相對收入業均課徵營業稅在案，故其進項稅額自不應再併入兼營營業人營業稅額調整計算表中，則依此計算表本次自動補報實際不得扣抵進項稅額應為320,401元，請
惠准適用並退還因前揭自動補報並補繳所漏稅額而溢繳之金額9,352,256 元（9,672,657 減320,401 元），及取得固定資產而產生溢繳之留抵稅額57,194,219元（
66,866,876 減9,672,657元）合計66,546,475元。」（見原處分卷第367 頁）業已將採用直接扣抵法計算式所得之數額9,352,256 元臚列，並敘明此為「溢繳之金額
9,352,256 元」（按即以歷年累積留抵稅額抵繳應補繳之不得扣抵之進項稅額，而產生溢繳之金額），復經系爭申請說明所附兼營營業人營業稅額調整計算表（見原處分卷第369 頁），分別依「留抵稅額」、「不得扣抵進項稅額（含固定資產）」、「不得扣抵進項稅額（不含固定資產）」及「固定資產進項稅額」等事項，依各該年度臚列適用「比例扣抵法」（9,672,657 ）及「直接扣抵法」（320,401 ）之合計金額（即系爭申請函之Total 欄位），足見系爭申請函縱未明寫採用直接扣抵法之文字，但業已就申請直接扣抵法之意旨敘明在系爭申請函說明第8 行以下及其附表，揆諸前揭規定之說明，應認原告就前開自動補報80至84年各年度取得之股利收入，業已載述申請採行直接扣抵法之意旨，被告置系爭申請函說明第8 行以下之敘述及附表於不顧，遽認原告未依制式格式提出申請即非直接扣抵法之申請，容有誤解行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項規定之意旨，自有未洽。㈡本件原告是否可以事後申請80年至84年之營業稅額採用直接扣抵法計算？
查原告系爭申請函敘及：⑴以比例扣抵法自動補報80至84年各年度取得之股利收入，⑵主張不加計利息，⑶按直接扣抵法計算，將溢繳之稅款退還，此觀之系爭申請函之主旨及說明內容自明。惟原處分機關85年6 月3 日北市稽大安( 甲) 字第24795 號函並未針對原告主張直接扣抵法申請退稅部分有所答覆，有該回復函附原處分卷第358 頁足考，原告未獲回覆，嗣又另於88年1 月5 日以另申請函向該機關催辦，並敘明前已主張依「直接扣抵法」計算不得扣抵之進項稅額等語，亦有該申請函附原處分卷第240 頁足佐，其係因應司法院釋字第397 號解釋意旨，而將股利收入補列入各年度最後一期免稅銷售額申報，並同時申請採用直接扣抵法而退稅，此股利收入既未於原營業稅申報時列入，即不生已採用比例扣抵法核算確定之問題，被告主張其不得於事後申請採用直接扣抵法而要求退稅云云，容有誤會。
四、綜上，原告系爭申請函雖未明文申請直接扣抵法，但其說明欄業已載明以直接扣抵法計算式所得之溢繳稅額
9,352,256元，復在說明計算表比較直接扣抵法及比例扣
抵法計算式所得之數額，且在說明欄敘明「退還．．．溢繳之金額9,352,256 元[9,672,657（說明附表比例扣抵法計算式所得之金額）減320,401 元（說明附表直接扣抵法計算式所得之金額）] ，自已經表明申請直接扣抵法並退稅之意旨。縱被告認為此項載述不夠明確，原告復於88年1 月5 日以另申請函向原處分機關詢問並敘明主張直接扣抵法及退稅，是其業已申請以直接扣抵法計算稅款及請求退稅甚明，被告主張其無申請直接扣抵法之行為，因而未進一步核算原告請求之溢繳稅款是否正確，即逕自否准其所請，自有違誤，訴願決定未予糾正，亦有未合，均應由本院予以撤銷。另原告請求命被告退還溢繳稅款9,352,256 元部分，考量被告於言詞辯論中表示如採比例扣抵法，不得扣抵金額為
9,672,657 元無誤，但採直接扣抵法，不能扣抵金額是否
320,401 元，我們沒有算等語，是本件既尚有待被告核算系爭溢繳稅款之正確金額，則原告求為判決命被告應退還溢繳稅款9,352,256 元，即難謂已達全部有理由之程度，依行政訴訟法第200 條第4 款規定意旨，原告在請求命被告遵照本院判決之法律見解對原告作成處分部分，為有理由，其餘部分尚難准許，應予駁回。
五、本件判決基礎已經明確，兩造其餘主張或陳述，與判決結果無影響，不再一一論述。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，爰依行政訴訟法第200 條第4 款、第104 條，民事訴訟法第79條，判決如主文。
中　　華　　民　　國　　96　　年　 11　　月　　8　　 日第六庭審判長法　官 林 文 舟
法　官 許 瑞 助
法　官 陳 鴻 斌
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中　　華　　民　　國　　96　　年　 11　　月　 12 　 日書記官 陳 清 容