臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)95年度訴字第02325號

• 裁判案由: 營利事業所得稅
• 案件類型: 行政
• 審判法院: 臺北高等行政法院 高等庭(含改制前臺北高等行政法院)
• 裁判日期: 96 年 02 月 06 日

臺北高等行政法院判決
95年度訴字第02325號
原　　　告　磐亞股份有限公司
代　表　人　甲○○（董事長）
訴訟代理人　張西鎮　會計師
被　　　告　財政部臺北市國稅局
代　表　人　許虞哲（局長）住同上
訴訟代理人　乙○○
上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國95年5 月11日臺財訴字第09500038390 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：
原告民國（下同）90年度未分配盈餘申報，原申報項次2 「當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額」為新臺幣（下同）47,680,625元（短期投資市價回升利益155,572,723 元－短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元＝47,680,625元），依所得稅法第66條之9 第1
項規定計算之未分配盈餘為60,023,847元，嗣原告以原申報項次2 之金額，誤以短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元，及短期投資市價回升利益155,572,723
元之淨額47,680,625元（155,572,723 元－107,892,098 元）申報，申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元（並繳清更正後之應補稅額10,789,209元及加計利息89,860元合計10,879,069元）、未分配盈餘為167,915,945 元（計算式：原申報未分配盈餘60,023,847元＋更正項次2 之差額107,892,098 元），並繳納更正後之應補稅款，經被告初查依其申請更正後之金額核定；另因本件派案日期為93年3 月15日，而原告申請更正未分配盈餘申報書日期為同年4 月1 日，且補繳系爭稅款之日期亦為同日，均在被告調查基準日93年3
月15日之後，不符稅捐稽徵法第48條之1 之免罰規定，乃就所漏稅額10,789,209元處0.5 倍之罰鍰5,394,600 元（計至百元止，訴願決定書及被告答辯狀誤繕為53,940,600）。原告不服，就依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額部分，主張（一）財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋違背88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋精神，以同為投資有價證券，何以短期投資之有價證券，採用成本與市價孰低評價者，其跌價損失，准列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目；而長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列長期投資，於轉換當時時價低於成本，則以財會、稅會屬時間性差異，於有價證券出售時即行消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。
（二）原告為避免徵、納雙方爭議，而申請更正原申報資料，以原申報短期投資市價回升利益155,572,723 元抵減短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元之淨額47,6 80,625 元，僅以該淨額作為短期投資市價回升利益，更正為短期投資有價證券市價回升利益為155,572,723 元，實則無任何短期投資市價回升利益。（三）原告聲明前項更正，係在未接獲被告書面調查通知函前，自動申請更正並繳清稅款在案，被告應退還自動補繳稅款10,879,069元云云；另就罰鍰部分，原告主張前項更正，係在未接獲被告書面調查通知函前，自動申請更正並繳清稅款在案，應符合稅捐稽徵法第48條之1 自動補報並補繳所漏稅款案件，免按漏稅案件處以罰鍰云云，申請復查，經被告以94年12月7 日財北國稅法字第0940215258號復查決定予以駁回，未獲變更（下稱原處分）。原告不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
（一）原告聲明：
⒈訴願決定及原處分均撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
（二）被告聲明：
⒈駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：
（一）原告主張之理由：
⒈自動補繳90年度未分配盈餘加徵百分之十所得稅款部分：⑴行為時相關法律及解釋函令：
①財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋：「…營利事業按成本與市價孰低之估價規定所認列之跌價損失，因屬證券交易損失性質，依所得稅法第4 條之1 規定，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目；但，於計算當年度應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，可依營利事業所得稅查核準則第111 條之1 第1 款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除。…」
②財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋：「…五、當短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資，於轉列當時，若市價低於成本，依財務會計準則規定，應立即承認已實現跌價損失，惟此帳列已實現跌價損失，於申報營利事業所得稅時，因尚未實現( 因尚未出售) ，故不予認列。…此為財務會計與稅務會計之時間性差異…」
③所得稅法第4 條之1 ：「自中華民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」
④營利事業所得稅查核準則第111 條之1 規定：「下列各款，於計算營利事業當年度應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，得依所得稅法第六十六條之九第二項第十款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除：一、依所得稅法第四條之一、第四條之二及其施行細則第八條之四規定，不得自所得額中減除之證券交易損失、期貨交易損失及土地交易損失。…」
⑤證券暨期貨管理委員會89年1 月3 日（89）臺財證（一）字第100116號公告規定：「為維持公司財務結構之健全與穩定，避免虛盈實虧，損及股東權益，上市、上櫃公司嗣後分派可分配盈餘時，除依法提出法定盈餘公積外，應依證券交易法第41條第1 項規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額（如長期股權投資未實現跌價損失、累積換算調整數等）自當年度稅後盈餘與前期未分配盈餘提出相同數額之特別盈餘公積，屬前期累積之股東權益減項金額，則自前期未分配盈餘提出相同數額之特別盈餘公積不得分派。嗣後股東權益減項數額有迴轉時，得就迴轉部分分派盈餘。」
⑥所得稅法第66條之9 第2 、3 項規定：「自八十七年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅，不適用第七十六條之一規定。前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已依第三十九條規定扣除之虧損及減除左列各款後之餘額：一、…七、依證券交易法第四十一條之規定，由主管機關命令自當年度盈餘已提列之特別盈餘公積。…前項第三款至第八款，應以截至各該所得年度之次一會計年度結束前，已實際發生者為限。」
⑦營利事業所得稅查核準則第2 條第2 項規定：「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」
⑵短期投資所認列之跌價損失，與短期投資轉列為長期投資承認之已實現跌價損失，就稅務觀點同屬未實現之跌價損失：短期投資按成本與市價孰低之估價規定所認列之跌價損失，因尚未出售，理所當然屬於未實現之跌價損失；短期投資轉列為長期投資，於轉列當時，若市價低於成本，依財務會計準則規定，應立即承認已實現跌價損失，惟此帳列已實現跌價損失，依財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋，申報營利事業所得稅時亦屬於未實現之跌價損失，而訴願決定理由壹、二亦強調「…惟因該證券尚未出售，並無實際交易事項發生，在稅務處理上係屬未實現損失…」故兩者同屬未實現之跌價損失應為不爭之事實。然前者依財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋，係屬所得稅法第4 條之1 之證券交易損失，可依營利事業所得稅查核準則第111 條之1 第1 款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除，後者依財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋屬時間性差異，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目；兩者同屬未實現之跌價損失，自應秉持一致處理原則，但財政部88 年8月13日臺財稅第000000000 號函釋將短期投資按成本與市價孰低之估價規定所認列之未實現跌價損失，歸屬為證券交易損失性質，而財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋將短期投資轉列為長期投資，於轉列當時，若市價低於成本，財務會計上所承認已實現跌價損失，申報營利事業所得稅時亦屬於未實現之跌價損失，歸屬為時間性差異性質，惟實質上，兩者皆為具證券交易損失性質。
⑶短期投資所認列之跌價損失，與短期投資轉列為長期投資承認之已實現跌價損失，就稅務觀點同屬永久性差異：依所得稅法第4 條之1 規定，「自中華民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」故不論短期投資因依成本與市價孰低之估價所認列之跌價損失，短期投資轉列為長期投資所承認已實現跌價損失，均因證券交易所得之停徵已屬永久性之差異，而不只是財務會計與稅務會計之時間性差異。
⑷依所得稅法第66條之9 未分配盈餘課稅之意旨，要有未分配之盈餘方課徵未分配盈餘所得稅：依實質課稅原則，有所得方課徵所得稅，短期投資轉列為長期投資所承認已實現跌價損失，就財務所得而言，該項損失已由所得中減除，就稅務所得而言，同屬證券交易損失，比照財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋將「可依營利事業所得稅查核準則第111 條之1 第1 款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除」，可使得依所得稅法第66條之9 第2 項規定計算之未分配盈餘較接近或等於帳載未分配盈餘之金額，符合實質課稅之原則，若依財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋，因該函令之限縮解釋，將導致營利事業之稅務所得大於財務所得，亦即帳上無盈餘可供分配，卻有未分配盈餘應加徵百分之十所得稅之不合理現象。
⑸財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋有不妥之處：假定短期投資轉列長期投資，以轉列時之市價為新成本，並承認跌價損失；期末依成本市價孰低評價，假如市價又下跌，一方面借記「長期股權投資未實現跌價損失」，列為股東權益之減項，一方面貸記「長期股權投資跌價損失準備」，列為長期投資之減項。則短期投資轉列長期投資，市價下跌依轉列當時之市價為新成本之跌價損失，申報未分配盈餘加徵百分之十所得稅時，依此函釋屬財稅時間性差異，不得自課稅所得中減除；而期末市價下跌所產生之長期股權投資未實現跌價損失依證期會第100116號公告：「…上市、上櫃公司嗣後分派可分配盈餘時，除依法提出法定盈餘公積外，應依證券交易法第41條第1 項規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額（如長期股權投資未實現跌價損失、累積換算調整數等）自當年度稅後盈餘與前期未分配盈餘提出相同數額之特別盈餘公積…。」應提列等額之特別盈餘公積，復依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定，該特別盈餘公積應列為未分配盈餘之減除項目。換言之，短期投資轉列長期投資後，期末依成本市價孰低法提列之長期股權投資未實現跌價損失，因證期會第100116號公告之適用，應提列等額之特別盈餘公積而列為未分配盈餘之減除項目。而短期投資轉列長期投資時，市價下跌之損失則不得列為未分配盈餘之減除項目，兩者皆因成本市價孰低之差異，後者為轉列長期投資時之市價，前者為期末之市價，依據均為市價，但在稅務處理上大不相同，處理不一。茲舉例說明之：假設短期投資原始取得成本為20,000, 000 元，7 月1 日轉列長期投資時市價為15,000,000元，年底12月31日市價為12,000,000元，就財務會計準則規定，7 月1 日短期投資轉列長期投資時，長期投資之成本變為15,000,000元，並有已實現跌價損失5,000,000 元，12月31日時按成本市價孰低法評價產生長期股權投資未實現跌價損失3,000,000 元；依財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋，7 月1 日之跌價損失為未實現損失不得列入未分配盈餘之減項，但12月31日成本市價孰低法評價產生長期股權投資未實現跌價損失3,000,000 元，因證期會100116號公告之適用，則因應提列等額之特別盈餘公積而列為未分配盈餘之減除項目，兩者皆因市價下跌所產生，惟稅務處理上大不相同，效果亦迥異。
⑹財務所得與所得稅法規定不符者，應於申報書內自行調整之：依營利事業所得稅查核準則第2 條第2 項規定：「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與…暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」準此，帳載財務所得與稅法規定不符者，於申報書內自行調整即可，應無疑義。故如就稅法之規定，不承認短期投資轉列長期投資轉列當時之跌價損失，則原成本即為長期投資之成本，結果期末長期股權投資依成本市價孰低提列之「長期股權投資跌價損失準備」，自應包含轉列當時之跌價損失，則其期末長期投資跌價損失依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定，依證券交易法第41條規定，由主管機關命令自當年度盈餘提列特別盈餘公積，亦包含轉列當時之跌價損失，殊途同歸，不認前者，後者應准予以更正提列（91年股東會已承認減除短期投資轉列長期投資帳載已實現跌價損失後之未分配盈餘，故不生所得稅法第66條之9 第3 項「…應以截至各該所得年度之次一會計年度結束前，已實際發生者為限。」問題），其結果均為未分配盈餘之減項。承續前述之例說明之：就財務會計準則規定，仍如前述，但就稅法規定，7 月1 日短期投資轉列長期投資時，因不承認已實現跌價損失，12月31日仍以成本評價，故其成本仍為20,000,000元，依營利事業所得稅查核準則第2 條第2 項規定，帳上依財務會計準則記載，財務與稅務差異於申報書內自行調整，則此時帳上長期投資成本淨額為12,000,000元（成本15,000,000元減備抵長期股權投資跌價損失3,000,000 元），依稅務規定其長期投資成本為20,000,000元，財務與稅務之成本差異為8,000,000 元，均係市價下跌所產生，依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定「依證券交易法第四十一條規定，由主管機關命令自當年度盈餘提列特別盈餘公積」，準此則申報未分配減項時，特別盈餘公積可減除金額可自行調整為8,000,000 元。依營利事業所得稅查核準則第2 條第2 項規定「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法…本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」訴願決定援引「財政部89年3 月9 日臺財稅第0000000000號函稱『…就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列特別盈餘公積部分』規定不合」應不足採。蓋帳載及其財務報表應不得捨商業會計法及財務會計準則公報等而就所得稅法之規定。
⑺綜上所述，財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋與88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋相違，因此擬請被告基於同一交易事項應為相同之處理原則，審慎審酌，或准予依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定更正提列特別盈餘公積，則原告並無應更正申報之情事；故請准予退還原告更正申報溢繳之已繳納稅款。⒉罰鍰部分：依前項⒈之說明，基於稅負公平原則，原告實無須補繳90年度未分配盈餘加徵百分之十之稅款，既無漏報稅款之因，自無罰鍰之果。退步而言，原告補繳稅款及補報，亦屬被告未查獲前自動補繳補報，茲就其理由陳述如下：
⑴就調查基準日之認定論述之：
①依財政部80年8 月22日臺財稅第801253598 號函，訂定之「稅捐稽徵法第48條之1 進行調查之作業步驟及基準日之認定原則」規定，其中「稅目」為「各稅」「稅項」為「列選案件…」作業步驟及基準日之認定原則：「一、稽徵機關單位主管應視經辦人員每人每日可辦理件數，分批交查簽收。二、經辦人員應於交查簽收當日立即進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為，並應詳予記錄以資查考，藉昭公信。三、進行調查之作為有數個時，以最先作為之日為調查基準日。…」（請注意「進行」二字）準此，依前述規定就其認定標準及被告之作為論述如下：被告並無函查作為：原告及原告委任之簽證會計師均未接獲被告發函查核之通知，而被告93年4 月8 日財北國稅審一字第0930038172號函，係函復原告之更正申報函，且其日期係在原告更正申報日期之後。調卷、調閱相關資料作為：本件派案日期被告自稱係93年3 月15日，調舊案日期為93年3 月10日，派案尚且在調卷之後，據瞭解被告目前營所稅之調舊案作業係由資料科經辦人員辦理，經調得舊案後連同新案交由審查一科派案調查，審查一科調查人員交查簽收後即得進行「調查之作為」（此與以前作業模式：審查一科調查人員係新案交查簽收後方自行調舊案，其調案之作業程序自屬不同）；顯見目前所謂「調舊案」應為派查前之「前置作業」，與解釋函令之經辦人員應於交查簽收當日立即進行「調卷、調閱相關資料」之意涵有別，尚難認其為進行調查之作為，應予陳明。被告亦未有其他相同作為：原告之委任會計師於93年4 月8 日接獲被告傳真要求提供股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表之相關資料，值得注意的是93年4 月8 日正是被告函復原告更正申報函之發文日期，顯然被告於接獲申請更正函，方開始進行查核，且並未對原告申請更正之事項進行調查，足以證明派案日雖為93年3 月15日，但遲至93年4 月7 日間，並無相關之作為，且其日期亦在原告補報並補繳稅款日期之後。派案並非調查基準日之認定標準：依據基準日之認定原則規定，「三、進行調查之作為有數個時，以最先作為之日為調查基準日。」，依文意，則「進行調查之作為」，應係指進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為，為調查基準日之認定標準，而「派案日」僅係稅務機關之「前置作業」，正如「派案日」前之「電腦選案」（由電腦選出「列選案件」，內容包括應予調查之營利事業名稱、年度等），同為稅務機關之「前置作業」，應不能認定為調查基準日，依原處分稱，本案「…係屬列選案件，本局審一科於93年3 月15日派案查核，依前揭財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函釋規定，本件調查基準日即為93年3 月15日。」訴願決定亦以「調查基準日為93年3
月15日」，顯然被告以派案日認定為調查基準日，違反該函釋之規定，且對原告所提，被告並未「進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為」，並提出足昭公信之記錄。函查、調卷、調閱相關資料或其他調查作為者，方為調查基準日之認定標準：依基準日之認定原則，其中「稅目」為「營利事業所得稅」、「稅項」為「未列選之查核案件及擴大書面審核案件」作業步驟及基準日之認定原則規定，係以「函查日( 即發文日) 」為「調查基準日」，而調查基準日前之「派查調案清單」、「退查審核清冊」、「未列選清單」等均屬前置作業而不認定為調查基準日；又，「稅目」為「綜合所得稅」、「稅項」為「漏報、未申報，其漏報課稅所得在新臺幣十萬元以上且漏稅額在新臺幣六千元以上之案件」之作業步驟及基準日之認定原則規定，依財政部82年11月3 日臺財稅第821501458 號函示，係以「寄發處分書（發文日）」為「調查基準日」，或以「寄發處分書前經稽徵機關進行函查、調卷、調閱相關資料或其他調查作為者…並以最先作為之日為調查基準日」，因此得以證明函查、調卷、調閱相關資料或其他調查作為者，為調查基準日之認定標準。依上分析，被告經辦人員93年3
月15日僅為查核之前置作業「派案」，並無「立即進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為」等調查之作為，充其量也只能以93年4 月8 日視為調查基準日。
②又，進行調卷、調閱相關資料或其他相同作為，以最先作為之日認定為調查基準日，乃係稅捐稽徵機關本身之內規，納稅義務人無從獲知，若以此內規對抗善意之納稅義務人，實違反稅捐稽徵法第48條之1 所規定「自動補繳免罰」之立法意旨。況且依93年5 月4
日被告傳真予會計師之資料，稱被告已於93年3 月10日進行查核，則其調查基準日，可以任意變更，前後不一致，甚至於可以在派案之前。
③綜上所述，原告係93年4 月1 日自動補報，在此日之前被告並未進行函查、調卷、調閱相關資料或其他調查作為之作為，遲至93年4 月8 日初次接獲與補報事項無關之查詢，故原告係在被告進行調查前自動補報並補繳稅款，符合稅捐稽徵法第48條之1 之規定，訴願決定及原處分以派案日為調查基準日與上開「稅捐稽徵法第48條之1 進行調查之作業步驟及基準日之認定原則」規定有違。
⑵次就依被告審查未分配盈餘之作業模式論述之：
①未分配盈餘課稅與其他各稅之課徵不同，橫跨2 個年度，故作業模式有所不同：就未分配盈餘之計算而言，可分為盈餘之部及分配之部，以計算公式表示，則未分配盈餘＝盈餘之部－分配之部。盈餘之部為當年度產生之盈餘，亦即所得稅法第66條之9 第2 項中所規定「經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已依第39條規定扣除之虧損及減除左列各款後之餘額：一、當年度應納之營利事業所得稅。…九、當年度損益計算項目，因超越規定之列支標準，未准列支，而具有合法憑證或能提出正當理由者。十、其他經財政部核准之項目」。因此盈餘之部可於核定當年度營利事業所得稅時同時予以核定；分配之部為盈餘之分配，亦即所得稅法第66條之9 第2
項中所列第3 款至第8 款各項，必須於次一年度公司召開股東會決議其分配之內容，因此未分配盈餘之計算必須橫跨二個年度，於次一年度將盈餘之部及分配之部，計算出未分配盈餘，再核定應繳納之稅額，合先說明。
②行為時未分配盈餘申報方式：納稅義務人申報當年度營利事業所得稅時，於填報當年度營利事業所得稅結算申報書時，併同填報當年度未分配盈餘之加減項目於申報書內，舉例來說，申報90年度營利事業所得稅時，於填報90年度營利事業所得稅結算申報書時，併同填報90年度未分配盈餘之加減項目（亦即盈餘之部相關項目之金額）於申報書內。
③被告審查未分配盈餘之作業模式，亦分為兩個階段；第一階段（盈餘之部）：當年度未分配盈餘之加減項係併同當年度之營利事業所得稅一併審查，並將當年度未分配盈餘之加減項審查結果，併同當年度營利事業所得稅一併核定，並將核定金額輸入電腦，以供下年度審查時使用。茲以原告90年度未分配盈餘申報案件為例，原告90年度未分配盈餘加減項目，被告業已於92年5 月1 日併同90年度營利事業所得稅審查，有函查為證，並已於92年6 月9 日核定在案。第二階段（分配之部）：次年度審查次年度營利事業所得稅時，依據上年度已審查之電作科資料（未分配盈餘加減項資料），併同本年度納稅義務人盈餘分配之決議案，據以核定上年度之未分配盈餘。茲以原告90年度未分配盈餘申報案件為例，依據被告所提供之「未分配盈餘審查項目」，每一項次均有「申報」、「電作核定」、「本次核定」及「調整」等欄位，其中「電作核定」一欄之金額，即為第一階段核定之90年度未分配盈餘加減項目，且「電作核定」金額與90年度未分配盈餘加減項目金額，完全一致，並無異常。換句話說，90年度未分配盈餘之加減項目（盈餘之部）已於查核90年度營利事業所得稅時核定其金額，而查核91年度營利事業所得稅時，係查核91 年 度未分配盈餘之加減項目（盈餘之部），以及查核納稅義務人91年召開股東會決議分配90年度盈餘分配之金額（分配之部），據以核定90年度之未分配盈餘，除非「申報」金額與「電作核定」金額不同時，才有可能追溯查核90年度已核定之金額。若以時序排列則為：第一階段91年5 月31日申報90年度營利事業所得稅（含90年度未分配盈餘加減項）及89年度未分配盈餘申報；92年5 月1 日函查90年度營利事業所得稅結算申報（含90年度未分配盈餘加減項）；92年6 月9 日核定90年度營利事業所得稅結算申報（含90年度未分配盈餘加減項）及89年度未分配盈餘申報；93 年4月1
日原告申請更正已核定未分配盈餘加減項並補徵稅款差額；第二階段為92年5 月31日申報91年度營利事業所得稅（含91年度未分配盈餘加減項及90年度未分配盈餘申報）；93年3 月15日被告自稱派案查核91年度營利事業所得稅結算申報及90年度未分配盈餘申報（應屬查核分配部份並作最終核定）。
④原告係於93年4 月1 日更正申報90年度未分配盈餘加徵百分之十所得稅，更正內容係屬90年度未分配盈餘加減項目亦即盈餘之部，係屬於第一階段審查項目且該部分已於92年6月9日核定，且電作核定之未分配盈餘加減項金額與原告更正申報前之金額相符，足資證明原告係自行更正；而被告承辦員所稱調案查核應係指查核91年度營利事業所得稅及90年度未分配盈餘於91年決議分配之項目（亦即分配之部），被告所稱調舊案參考查核，應係指調閱90年未分配盈餘加減項資料，俾便核定未分配盈餘之金額。
⑤綜上所述，依稅捐稽徵法第48條之1 ，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，自動補繳所漏稅款均符合免罰之規定，原告係自行更正被告已核定之金額，誠實自動更正補納，非但未予以勉勵，反而加以處罰，實有違立法意旨。
（二）被告主張之理由：
⒈當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額部分：
⑴按「自八十七年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅，不適用第七十六條之一規定。前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已依第三十九條規定扣除之虧損及減除左列各款後之餘額：一、…七、依證券交易法第四十一條之規定，由主管機關命令自當年度盈餘已提列之特別盈餘公積。…前項第三款至第八款，應以截至各該所得年度之次一會計年度結束前，已實際發生者為限。…」行為時所得稅法第66條之9 定有明文。次按「說明：二、營利事業短期投資之有價證券，依所得稅法第48條規定，其估價準用同法第44條規定。營利事業按成本與時價孰低之估價規定所認列之跌價損失，因屬證券交易損失性質，依所得稅法第4 條之1 規定，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目；但於計算當年度應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，可依營利事業所得稅查核準則第111 條之1 第1 款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除。營利事業嗣後處分上開有價證券時，自應按調減該跌價損失後之成本為準，計算其證券交易損益，並依所得稅法第66條之9 第2 項、同法施行細則第48 條 之10第1 項第2 款及前開查核準則規定，列為計算處分年度未分配盈餘之加計或減除項目。三、至於營利事業之長期股權投資，依現行所得稅法規定，並無成本與時價孰低之估價規定，尚無說明二所敘相關事項之適定。」「…，上市、上櫃公司嗣後分派可分配盈餘時，除依法提出法定盈餘公積外，應依證券交易法第41條第1 項規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額（如長期股權投資未實現跌價損失、累積換算調整數等）自當年度稅後盈餘與前期未分配盈餘提列相同數額之特別盈餘公積，屬前期累積之股東權益減項金額，則自前期未分配盈餘提列相同數額之特別盈餘公積不得分派。上市、上櫃公司依上開規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列之特別盈餘公積部分，可依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定列為計算未分配盈餘之減除項目。」「主旨：補充核釋財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函規定。說明：二、營利事業短期投資之有價證券，於財務會計處理上，依財務會計準則公報第1 號第19條規定採用成本與市價孰低－總成本與總市價比較方式（以下簡稱總額比較法）評價者，其跌價損失，准比照首揭函釋說明二規定，列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。其嗣後處分該等有價證券時，基於會計處理之一貫原則，亦應依上開財務會計準則規定，計算證券交易損益。三、營利事業短期投資之有價證券，依前開財務會計準則規定認列之跌價損失，曾列為計算所得稅法第66條之9規 定未分配盈餘之減除項目者，其回升利益，應列為計算回升年度未分配盈餘之加計項目；至其於86年度或以前年度所認列之跌價損失，於87年度或以後年度所產生之回升利益，基於衡平課稅原則，應免列為計算回升年度未分配盈餘之加計項目，但應由該營利事業提示相關證明文件，以憑認定。」「長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列長期投資，於轉換當時時價低於成本，依財務會計準則規定，帳上立即認列之已實現跌價損失，非屬短期投資備抵跌價損失，且該有價證券尚未出售，在稅務處理上屬未實現損失，於出售時始予認列，此差異屬時間性差異，於有價證券出售時即行消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。」「主旨：關於營利事業短期投資有價證券之跌價損失及回升利益，適用所得稅法第66條之9 規定相關疑義一案，請查照。說明：…二、所得稅法第48條規定，營利事業短期投資之有價證券，其估價準用同法第44條規定辦理。營利事業所得稅查核準則第50條規定，以成本與市價孰低為準估價者，一經採用不得變更；同準則第63條第2 項復規定，營利事業依法得提列之各項損失準備，仍應於帳上記載提列金額，並於年度結算申報時列報損失，始予認定。依此，營利事業短期投資之有價證券，採成本與時價孰低估價規定者，其跌價損失，應於帳上記載，並於辦理當年度營利事業所得稅申報及未分配盈餘申報時列報；其未申報而申請更正者，如帳上已有記載，參照財政部71年6 月16日臺財稅第34477 號函及67年5 月17日臺財稅第33207 號函規定辦理，稽徵機關應予受理；如帳上未記載，稽徵機關應不予受理。至其回升利益，應配合上開跌價損失認定之准駁，作一致性之處理。三、…（一）跌價損失部分：…計算未分配盈餘時，依營利事業所得稅查核準則第111 條之1 第1 款規定，全數列為減除項目。（二）回升利益部分：…；計算未分配盈餘時，依所得稅法第66條之9 第2 項及同法施行細則第48條之10第1 項第2 款規定，全數列為加計項目。」亦分別經財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號、89年3 月9 日臺財稅第0000000000號、89年8 月1 日臺財稅第0000000000號、91年12月11日臺財稅字第0910457205號及93年7 月22日臺財稅字第00000000000 號函釋在案。
⑵原告90年度未分配盈餘申報，原依短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元及短期投資市價回升利益155,572,723 元之淨額47,680,625元，列報項次2 「當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額」為47,680,625元。嗣原告於93年4 月1 日向被告申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元，並於93年4 月1 日繳清應補之稅款10,789,209元及加計利息89,860元。被告初查依其更正之金額核定。原告不服，主張首揭財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋違背88年8 月13日臺財稅第000000000 號函釋精神，以同為投資有價證券，何以短期投資之有價證券，採用成本與市價孰低評價者，其跌價損失，准列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目；而長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列長期投資，於轉換當時時價低於成本，則以財會、稅會屬時間性差異，於有價證券出售時即行消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。原告雖不認同首揭財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋，惟為避免徵、納雙方爭議，而申請更正原申報資料，以原申報短期投資市價回升利益155,572,723 元抵減短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元之淨額47,680,625元，僅以該淨額作為短期投資市價回升利益，更正為短期投資有價證券市價回升利益為155,572,723 元，實則無任何短期投資市價回升利益。原告聲明前項更正，係在未接獲被告書面調查通知函前，自動申請更正並繳清稅款在案，原告並考量以實則無任何短期投資市價回升利益，及基於項理由，主張退還自動補繳稅款10,879,069元云云。申經被告復查決定略以：查首揭財政部88年8 月13日臺財稅000000000 號函釋，係規範營利事業短期投資有價證券，於期末按成本與時價孰低之估價規定所認列之跌價損失，可於計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘時列為減除項目。該函釋說明三，更進一步明釋「營利事業之長期股權投資，依現行所得稅法規定，並無成本與時價孰低之估價規定，尚無說明二所敘相關事項之適用。」是以營利事業將帳列短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資，於轉換當時，若市價低於成本，雖在財務上依財務會計準則公報第5 號「長期股權投資會計處理準則」第27段規定，立即承認之已實現跌價損失，惟因該證券尚未出售，並無實際交易事項發生，在稅務處理上係屬未實現損失，應於出售時方始予認列，此差異屬時間性差異，於該證券出售時即行消除，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。而首揭財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋意旨，亦再明釋屬時間性差異，於該證券出售時即行消除，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。是原告以原申報項次2 之金額，誤以短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元與90年度短期投資市價回升利益155,572,723 元之淨額47,680,625元申報，申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元，尚屬正確，而被告按原告更正內容核定，亦無不合。又依原告提供87、88及89年度會計師簽證報告，原告短期投資採用成本市價孰低法評價，於87及89年度分別於帳上及營利事業所得稅結算申報書提列及申報短期投資未實現跌價損失58,042,964元及171,829,300 元，另於88年度提列及申報短期投資回升利益34,538,227元，截至89年12月31日止原告帳列短期投資備抵跌價損失為195,334,037 元，為原告所不爭。原告既「已於帳上」提列各該年度短期投資未實現跌價損失，依前揭財政部93年7 月22日臺財稅第00000000000 號函釋規定，各該年度短期投資未實現跌價損失，應於原告87及89年度未分配盈餘申報時，全數列為減除項目。至事後產生之回升利益，自應配合上開跌價損失認定，作一致性之處理，於回升年度計算未分配盈餘時，全數列為加計項目。依原告簽證會計師更正申報之未配盈餘查核說明，原告90年度短期投資依成本與市價孰低法評價計算之備抵跌價損失為39,761,314元，則其短期投資之時價於本期回升應為155,572,723 元（195,334,037 元－39,761,314元），自應秉持一致處理原則，列為原告90年度未分配盈餘之加計項目，尚無不合。本件原告申請退還原自動申報補繳稅款部分一節，經核尚無申報錯誤情事，原核定依原告更正金額核定，自無不合為由，駁回其復查之申請。
⑶原告另訴稱略以，財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋：「長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列長期投資，於轉換當時時價低於成本，依財務會計準則規定，帳上立即認列之已實現跌價損失，非屬短期投資備抵跌價損失，且該有價證券尚未出售，在稅務處理上屬未實現損失，於出售時始予認列，此差異屬時間性差異，於有價證券出售時即行消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目」，與財政部88年8 月13日臺財稅000000000 號函釋：「規範營利事業短期投資有價證券，於期末按成本與時價孰低之估價規定所認列之跌價損失，可於計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈時列為減除項目」相違，基於同一交易事項應為一致處理，或准依所得稅法第66條之9 第2 項第7
款規定更正提列特別盈餘公積，作為計算未分配盈餘之減項云云，資為爭議。案經訴願決定以，依財務會計準則公報第5 號「長期股權投資會計處理準則」第27條規定，持有公開市場交易之股票，由短期投資轉為長期投資，或由長期投資轉列為短期投資時，應比較當時之帳列成本與市價，若市價低於成本時，應即承認跌價損失，並以市價作為新成本，惟該已實現跌價損失，尚非屬財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函及89 年8月1 日臺財稅第0000000000號函規定「營利事業短期投資有價證券，按成本與市價孰低之估價規定之跌價損失（營利事業帳上分錄為〈借〉短期投資未實現跌價損失；〈貸〉備抵跌價損失- 短期投資）」。次依財務會計準則公報第1 號第19條規定：「短期投資應按成本與市價孰低法評價，並註明成本計算方法，跌價損失應列入當期損益計算。成本與市價比較時，其屬權益證券之投資，應按全部投資之總金額比較，並設置備抵投資跌價損失之評價科目處理之；市價回升時，應在貸方餘額之範圍內沖轉評價科目…。」是營利事業將帳列短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資時，若市價低於成本，帳上應認列短期投資（或長期投資）已實現跌價損失，而非短期投資未實現跌價損失，亦即財務上立即承認跌價損失，與在稅務處理上於出售時認列，係屬時間性之差異，依財政部賦稅署89年4 月5日 臺稅一發第0890450972號函第3 案「現行所得稅法令對營利事業之損益認列，係以實現為原則，若准許若干時間性差異項目，於依所得稅法第24條規定計算當年度營利事業所得額，與依同法第66條之9 規定計算未分配盈餘時，需採用不同之認列方法，將增加稅捐核課及帳務處理之複雜性，故時間性差異項目，不宜列為計算應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘之調整項目。」準此，長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列為長期投資，於轉換當時，市價低於成本，依財務會計準則規定，帳上立即認列之已實現跌價損失，非屬短期投資備抵跌價損失，且該有價證券尚未出售，在稅務處理上屬尚未實現損失，於出售時始予認列，此差異屬時間性差異，於出售有價證券時消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。又此類案件前報經財政部以91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋示同意被告之處理方式，是本件原告以原申報項次2 之金額，誤以短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元與90年度短期投資市價回升利益155,572,723 元之淨額47,680,625元申報，申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元，尚屬正確，被告依原告申請更正之內容核定，亦無不合。至原告主張將「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」准依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定更正提列特別盈餘公積，作為計算未分配盈餘之減項乙節，因「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」非屬股東權益之減項科目，核與首揭財政部89年3 月9 日臺財稅第0000000000號函釋：「…就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列之特別盈餘公積部分」規定不合，原告所訴實難謂有理由。
⒉罰鍰部分：
⑴按「營利事業已依第102 條之2 規定辦理申報，但有漏報或短報未分配盈餘者，處以所漏稅額1 倍以下之罰鍰。」所得稅法第110 條之2 第1 項定有明文。次按「主旨：檢發重行訂定之『稅捐稽徵法第48條之1 所稱進行調查之作業步驟及基準日之認定原則』乙份－…各稅：列選案件…一、稽徵機關單位主管應視經辦人員每人每日可辦理件數，分批交查簽收。二、經辦人員應於交查簽收當日立即進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為，並應詳予記錄以資查考，藉昭公信。三、進行調查之作為有數個時，以最先件為之日為調查基準日。四、調查基準日以前補並補補繳或核定之日以後，就核定內容以外補報並補繳者，適用自動補報並補繳免罰之規定。」經財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函釋在案。
⑵本件原告90年度未分配盈餘申報，原申報項次2 為47,680,625元，嗣原告申請更正項次2 為155,572,723 元，並繳清更正後之應補稅額10,789,209元及加計利息89,860元，合計10,879,069元，被告初查依原告申請更正之金額核定，並以原告向被告申請更正未分配盈餘申報書日期為93年4 月1 日（被告收文日期），補繳系爭補繳稅款之日期為93年4 月1 日，均在被告調查基準日93年3 月15日之後，依前揭函釋，不適用稅捐稽徵法第48條之1 規定自動補報加計利息免罰，遂核認原告90年度未分配盈餘申報，漏未加計依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額107,892,098 元，按所漏稅額10,789,209元（107,892,098 元×10% ＝10,789,209元）處以0.5
倍罰鍰5,394,600 元。原告不服，主張前項更正，係在未接獲被告書面調查通知函前，自動申請更正並繳清稅款在案，應符合稅捐稽徵法第48條之1 自動補報並補繳所漏稅款案件，免按漏稅案件處以罰鍰云云，申經被告復查決定略以：經查原告本期未分配盈餘申報案，係屬列選案件，被告於93年3 月15日派案查核，依前揭財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函釋意旨，本件調查基準日即為93年3 月15日，而原告於93年4 月1 日始繳清應補稅款，並於同日（被告收文日）向被告申請更正本期未分配盈餘申報書，均在被告調查基準日93年3 月15日之後，依前揭函釋意旨，自不適用稅捐稽徵法第48條之1 規定自動補報加計利息免罰，遂核認原告本期申報未分配盈餘案件，漏未加計依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額107,892,098 元，已如前述，有原告90年度未分配盈餘申報書、90年度未分配盈餘核定通知書、91年度營所稅申報書查詢作業及90年度未分配盈餘營所稅審查案件流向查詢清單及原告更正申報函及說書，違章事證明確。原核定按漏稅額10,789,209元（107,892,098 元×10% ＝10,789,209元）處以0.5 倍罰
鍰5,394,600 元，並無不合為由，駁回其復查之申請。⑶原告復執前詞提起訴願，經訴願決定以，查被告於93年3 月15日派案查核，依首揭函釋，本件系爭漏報所得之調查基準日為93年3 月15日，而原告於93年4 月1 日申請更正系爭漏報所得並補繳所漏之稅額，乃於調查基準日之後所為，尚無稅捐稽徵法第48條之1 免罰之適用。原告既有是項所得，而未於被告查獲前補報，難謂無過失，從而被告依所漏稅額10,789,209元處以0.5 倍罰鍰5,394,600 元，並無不合，所訴尚難謂有理由。
⒊綜上所述，原處分及訴願決定均無違誤。
理 由
一、本件原告起訴時，被告之代表人為張盛和，嗣於訴訟中變為許虞哲，茲據新任代表人具狀聲明承受訴訟，經核無不合，應予准許。
二、原告主張：短期投資所認列之跌價損失，與短期投資轉列為長期投資承認之已實現跌價損失，就稅務觀點同屬未實現之跌價損失。另依所得稅法第4 條之1 規定，「自中華民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」故不論短期投資因依成本與市價孰低之估價所認列之跌價損失，短期投資轉列為長期投資所承認已實現跌價損失，均因證券交易所得之停徵已屬永久性之差異，而不只是財務會計與稅務會計之時間性差異。再依實質課稅原則，有所得方課徵所得稅，短期投資轉列為長期投資所承認已實現跌價損失，就財務所得而言，該項損失已由所得中減除，就稅務所得而言，同屬證券交易損失，若依財政部91年12月11日臺財稅第0910457205號函釋，因該函令之限縮解釋，將導致營利事業之稅務所得大於財務所得，亦即帳上無盈餘可供分配，卻有未分配盈餘應加徵百分之十所得稅之不合理現象。短期投資轉列長期投資後，期末依成本市價孰低法提列之長期股權投資未實現跌價損失，因證期會第100116號公告之適用，應提列等額之特別盈餘公積而列為未分配盈餘之減除項目。而短期投資轉列長期投資時，市價下跌之損失則不得列為未分配盈餘之減除項目，兩者皆因成本市價孰低之差異，後者為轉列長期投資時之市價，前者為期末之市價，依據均為市價，但在稅務處理上大不相同，效果亦迥異，因此財政部91年12月11日臺財稅第09104572 05 號函釋有不妥之處。依營利事業所得稅查核準則第2
條第2 項規定：「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與…暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」準此，帳載財務所得與稅法規定不符者，於申報書內自行調整即可，應無疑義。準此，申報未分配減項時，特別盈餘公積可減除金額可自行調整為8,000,000 元。被告並無函查、調卷、調閱相關資料作為，本件派案日期被告自稱係93年3 月15日，調舊案日期為93年3 月10日，派案尚且在調卷之後，而目前所謂「調舊案」應為派查前之「前置作業」，與解釋函令之經辦人員應於交查簽收當日立即進行「調卷、調閱相關資料」之意涵有別，尚難認其為進行調查之作為。又派案並非調查基準日之認定標準，蓋基準日之認定原則規定，「進行調查之作為」應係指進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為，為調查基準日之認定標準，而「派案日」僅係稅務機關之「前置作業」，正如「派案日」前之「電腦選案」，應不能認定為調查基準日。因此，被告經辦人員93年3 月15日僅為查核之前置作業「派案」，並無「立即進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為」等調查之作為，充其量也只能以93年4 月8 日視為調查基準日。原告係於93年4 月1 日更正申報90年度未分配盈餘加徵百分之十所得稅，更正內容係屬90年度未分配盈餘加減項目亦即盈餘之部，係屬於第一階段審查項目且該部分已於92年6
月9 日核定，且電作核定之未分配盈餘加減項金額與原告更正申報前之金額相符，足資證明原告係自行更正；而被告承辦員所稱調案查核應係指查核91年度營利事業所得稅及90年度未分配盈餘於91年決議分配之項目（亦即分配之部），被告所稱調舊案參考查核，應係指調閱90年未分配盈餘加減項資料，俾便核定未分配盈餘之金額。本件原告係自行更正被告已核定之金額，誠實自動更正補納，非但未予以勉勵，反而加以處罰，實有違立法意旨。為此，原告依據行政訴訟法第4 條第1 項規定提起本件撤銷訴訟，求為判決如聲明所示。
三、被告則以：首揭財政部88年8 月13日臺財稅000000000 號函釋，係規範營利事業短期投資有價證券，於期末按成本與時價孰低之估價規定所認列之跌價損失，可於計算所得稅法第66 條 之9 規定未分配盈餘時列為減除項目。該函釋說明三，更進一步明釋「營利事業之長期股權投資，依現行所得稅法規定，並無成本與時價孰低之估價規定，尚無說明二所敘相關事項之適用。」是以營利事業將帳列短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資，於轉換當時，若市價低於成本，雖在財務上依財務會計準則公報第5 號「長期股權投資會計處理準則」第27段規定，立即承認之已實現跌價損失，惟因該證券尚未出售，並無實際交易事項發生，在稅務處理上係屬未實現損失，應於出售時方始予認列，此差異屬時間性差異，於該證券出售時即行消除，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。而首揭財政部91年12月11日臺財稅字第0910457205號函釋意旨，亦再明釋屬時間性差異，於該證券出售時即行消除，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。是原告以原申報項次2 之金額，誤以短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元與90年度短期投資市價回升利益155,572,723 元之淨額47,680,625元申報，申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元，尚屬正確，而被告按原告更正內容核定，亦無不合。又依原告提供87、88及89年度會計師簽證報告，原告短期投資採用成本市價孰低法評價，於87及89年度分別於帳上及營利事業所得稅結算申報書提列及申報短期投資未實現跌價損失58,042,964元及171,829,300 元，另於88年度提列及申報短期投資回升利益34,538,227元，截至89年12月31日止原告帳列短期投資備抵跌價損失為195,334,037 元，為原告所不爭。原告既「已於帳上」提列各該年度短期投資未實現跌價損失，依前揭財政部93年7 月22日臺財稅第00000000000 號函釋規定，各該年度短期投資未實現跌價損失，應於原告87及89年度未分配盈餘申報時，全數列為減除項目。至事後產生之回升利益，自應配合上開跌價損失認定，作一致性之處理，於回升年度計算未分配盈餘時，全數列為加計項目。依原告簽證會計師更正申報之未配盈餘查核說明，原告90年度短期投資依成本與市價孰低法評價計算之備抵跌價損失為39,761,314元，則其短期投資之時價於本期回升應為155,572,723 元（195,334,037 元－39,761,314元），自應秉持一致處理原則，列為原告90年度未分配盈餘之加計項目，尚無不合。本件原告申請退還原自動申報補繳稅款部分一節，經核尚無申報錯誤情事，原核定依原告更正金額核定，自無不合。至原告主張將「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」准依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定更正提列特別盈餘公積，作為計算未分配盈餘之減項乙節，因「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」非屬股東權益之減項科目，核與首揭財政部89年3 月9 日臺財稅第0000000000號函釋：「…就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列之特別盈餘公積部分」規定不合，原告所訴實難謂有理由。另本件原告本期未分配盈餘申報案，係屬列選案件，被告於93年3 月15日派案查核，依前揭財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函釋意旨，本件調查基準日即為93年3 月15日，而原告於93年4 月1
日始繳清應補稅款，並於同日（被告收文日）向被告申請更正本期未分配盈餘申報書，均在被告調查基準日93年3 月15日之後，依前揭函釋意旨，自不適用稅捐稽徵法第48條之1
規定自動補報加計利息免罰，遂核認原告本期申報未分配盈餘案件，漏未加計依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額107,892,098 元，違章事證明確。原核定按漏稅額10,789,209元（107,892,098 元×10% ＝10,789,209元）處以0.5
倍罰鍰5,394,600 元，亦無不合等語，資為抗辯。
四、上開事實概要欄所述之事實，除「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失，是否得依所得稅法第66條之9 第2 項第7
款規定作為計算未分配盈餘之減項」、「原告自動申請更正並繳清稅款究發生於調查基準日之前或後」外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分書、審查結果增減金額變更比較表、90年度未分配盈餘申報核定通知書、營利事業所得稅結算申報核定通知書、被告A1Ｚ00000000000號處分書、原告87年至
90年有價證券備抵跌價損失表、87年度至90年度會計師簽證報告各科目查核說明、違章案罰鍰繳款書、91年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、90年度未分配盈餘申報核定通知書、91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書、營利事業所得稅結算申報調查項目調整數額報告表、本期與前五年申報審查比較表、申報書歷史資料查詢作業、營所稅審查案件流向查詢、90年度營利事業所得稅未分配盈餘稅額自動補報繳款書、原告91年度盈餘分配表、90年度未分配盈餘調整數額計算表、89年度盈餘分配表、股利憑單、依89年度核定改正後之股東可扣抵稅額帳戶、90年度盈餘分配表、90及89年度年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書、91年度股東可扣抵稅額帳戶、原告93年4 月1 日更正申請函、原告未分配盈餘查核說明90年度更正申報、損益及稅額計算表、資產負債表、營業成本明細表、其他費用及製造費用明細表、所得稅法規定有列支限額之項目標準計算表、財產目錄、投資人明細及分配盈餘表、90年度未分配盈餘申報書及部分項次明細表（以上附原處分卷）；被告93年4 月8 日財北國稅審一字第0930038172號函、92年5 月1
日財北國稅審一字第0920225762號函、股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表異常審核清單、被告稱派案日期為93年3 月15日之證明、被告資料科調舊案日期為93年3 月10日之證明、被告所提供之未分配盈餘審查項目（以上附訴願卷及本院卷）等件分別附原處分卷、訴願卷及本院卷可稽，為可確認之事實。
五、歸納兩造之上述主張，本件爭執之重點厥為：被告依原告申請更正事項核定之稅額及所處罰鍰，有無違誤？本件原告嗣後補繳所漏稅額之情形，究發生於調查基準日之前或後？有無稅捐稽徵法第48條之1 免罰之適用？原告主張將「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」准依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定，更正提列特別盈餘公積，作為計算未分配盈餘之減項，有無理由？茲分述如下：
（一）關於當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額部分：
⒈按「自中華民國七十九年一月一日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」「依期貨交易稅條例課徵期貨交易稅之期貨交易所得，暫行停止課徵所得稅；其交易損失，亦不得自所得額中減除。」「（第1 項）商品、原料、物料、在製品、製成品、副產品等盤存之估價，以成本為準；成本高於時價時，納稅義務人得以時價為準；成本或時價不明時，由該管稽徵機關用鑑定或估定方法決定之。（第2 項）前項成本，得按資產之種類或性質，採實際成本，或用先進先出法、後進先出法、加權平均法、移動平均法、簡單平均法，或其他經主管機關規定之方法計算之。但採用後進先出法者，不適用前項成本與時價孰低之估價規定。（第3 項）前項各種計算方法之採用，應於每年預估本年度所得額時，申報該管稽徵機關核准；其因正當理由，須變換原採用之計算方法者亦同；其未經申請者，視為採用加權平均法；未經申請變換者，視為沿用原方法。」「稱時價者，指在決算日該項資產之當地市場價格。」「短期投資之有價證券，其估價準用本法第四十四條之規定辦理，在決算時之價格遇有劇烈變動，得以決算日前一個月間之平均價為決算日之時價。」「（第1 項）自八十七年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅，不適用第七十六條之一規定。（第2 項）前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已依第三十九條規定扣除之虧損及減除左列各款後之餘額：…。六、已依公司或合作社章程規定由當年度盈餘給付之董、理、監事職工紅利或酬勞金。…十、其他經財政部核准之項目。」「營利事業已依第一百零二條之二規定辦理申報，但有漏報或短報未分配盈餘者，處以所漏稅額一倍以下之罰鍰。」行為時所得稅法第4 條之1 、第4 條之2 、第44條、第46條、第48條及第66條之9 第1 項、第2 項及第110 條之2 第1 項分別定有明文；又「依本法第四條第一項第十六款第一目規定，個人或營利事業出售之財產，其交易所得免稅者，如有交易損失，亦不得扣除。」所得稅法施行細則第8 條之4 復規定甚明。次按「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。營利事業之會計事項，應參照商業會計法及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」復為營利事業所得稅查核準則第2 條第1 項及第2
項所明定。
⒉另按，財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號函令謂：「…說明：二、營利事業短期投資有價證券，依所得稅法第四十八條規定，其估價準用同法第四十四條規定。營利事業按成本與時價孰低之估價規定所認列之跌價損失，因屬證券交易損失性質，依所得稅法第四條之一規定，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目；但於計算當年度應加徵百分之十營利事業所得稅之未分配盈餘時，可依營利事業所得稅查核準則第一百十一條之一第一款規定，自稽徵機關核定之課稅所得額中減除。營利事業嗣後處分上開有價證券時，自應按調減該跌價損失後之成本為準，計算其證券交易損益，並依所得稅法第六十六條之九第二項、同法施行細則第四十八條之十第一項第二款及上開查核準則規定，列為計算處分年度未分配盈餘之加計或減除項目。三、至於營利事業之長期股權投資，依現行所得稅法規定，並無成本與時價孰低之估價規定，尚無說明二所敘相關事項之適用。」上開有關有價證券投資損失得否列為計算當年度課稅所得額或未分配盈餘之減除項目之函令，係中央財稅主管機關財政部基於職權，依上開規定之立法意旨所作成之解釋，既未於法律規定之外另行創設新的權利義務，增加人民之負擔，亦未牴觸憲法及法律，自應於所解釋法律生效之日起，適用於與此有關之未確定案件。又上開解釋函令係規範營利事業短期投資有價證券，於財務會計處理上，採用成本與市價孰低－總成本與總市價比較方式評價者，其跌價損失，准列為未分配盈餘減除項目，至於長期股權投資，依現行所得稅法規定，並無成本與時價孰低之估價規定，故尚無前開相關事項之適用。而營利事業之會計事項，應參照商業會計法及財務會計準則公報等據實記載，惟營利事業所得稅之調查、審核，則應依所得稅法及查核準則之規定辦理，為營利事業所得稅查核準則第2 條所明定。
⒊復依財務會計準則公報第5 號「長期股權投資會計處理準則」第27條規定，持有公開市場交易之股票，由長期投資轉列為短期投資，或由短期投資轉為長期投資時，應比較當時之帳列成本與市價，若市價低於成本時，應即承認跌價損失，並以市價作為新成本。然該已實現跌價損失，與上開財政部88年8 月13日臺財稅第000000000 號有關「營利事業短期投資有價證券，按成本與市價孰低之估價規定所認列之跌價損失」之函釋，僅在規範短期投資有價證券有所不同。復依財務會計準則公報第1 號第19條規定：「短期投資應按成本與市價孰低法評價，並註明成本計算方法，跌價損失應列入當期損益計算。成本與市價比較時，其屬權益證券之投資，應按全部投資之總金額比較，並設置備抵投資跌價損失之評價科目處理之；市價回升時，應在貸方餘額之範圍內沖轉評價科目…。」是以，營利事業將帳列短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資時，若市價低於成本，帳上應認列短期投資（或長期投資）已實現跌價損失，而非短期投資未實現跌價損失，亦即財務上立即承認跌價損失，與在稅務處理上於出售時認列，係屬時間性之差異，於出售有價證券時消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。準此說明，財政部89年3 月9 日臺財稅第0000000000號函令：「…上市、上櫃公司嗣後分派可分配盈餘時，除依法提出法定盈餘公積外，應依證券交易法第四十一條第一項規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額（如長期股權投資未實現跌價損失、累積換算調整數等）自當年度稅後盈餘與前期未分配盈餘提列相同數額之特別盈餘公積，屬前期累積之股東權益減項金額，則自前期未分配盈餘提列相同數額之特別盈餘公積不得分派。上市、上櫃公司依上開規定，就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列之特別盈餘公積部分，可依所得稅法第六十六條之九第二項第七款規定列為計算未分配盈餘之減除項目。」89年8 月1 日臺財稅第0000000000號函令：「主旨：補充核釋財政部八十八年八月十三日臺財稅第八八一九三五七七五號函規定。說明：…二、營利事業短期投資之有價證券，於財務會計處理上，依財務會計準則公報第1 號第19條規定採用成本與市價孰低－總成本與總市價比較方式（以下簡稱總額比較法）評價者，其跌價損失，准比照首揭函釋說明二規定，列為計算所得稅法第六十六條之九規定未分配盈餘之減除項目。其嗣後處分該等有價證券時，基於會計處理之一貫原則，亦應依上開財務會計準則規定，計算證券交易損益。三、營利事業短期投資之有價證券，依前開財務會計準則規定認列之跌價損失，曾列為計算所得稅法第六十六條之九規定未分配盈餘之減除項目者，其回升利益，應列為計算回升年度未分配盈餘之加計項目；至其於八十六年度或以前年度所認列之跌價損失，於八十七年度或以後年度所產生之回升利益，基於衡平課稅原則，應免列為計算回升年度未分配盈餘之加計項目，但應由該營利事業提示相關證明文件，以憑認定。」91年12月11日臺財稅字第0910457205號函令：「長期投資轉列為短期投資，或短期投資轉列長期投資，於轉換當時時價低於成本，依財務會計準則規定，帳上立即認列之已實現跌價損失，非屬短期投資備抵跌價損失，且該有價證券尚未出售，在稅務處理上屬未實現損失，於出售時始予認列，此差異屬時間性差異，於有價證券出售時即行消除，且其評價非依所得稅法第46條或期末之市價，不宜列為計算所得稅法第六十六條之九規定未分配盈餘之減除項目。」93年7 月22日臺財稅字第00000000000 號函令：「主旨：關於營利事業短期投資有價證券之跌價損失及回升利益，適用所得稅法第六十六條之九規定相關疑義一案，請查照。說明：…二、所得稅法第四十八條規定，營利事業短期投資之有價證券，其估價準用同法第四十四條規定辦理。營利事業所得稅查核準則第五十條規定，以成本與市價孰低為準估價者，一經採用不得變更；同準則第六十三條第二項復規定，營利事業依法得提列之各項損失準備，仍應於帳上記載提列金額，並於年度結算申報時列報損失，始予認定。依此，營利事業短期投資之有價證券，採成本與時價孰低估價規定者，其跌價損失，應於帳上記載，並於辦理當年度營利事業所得稅申報及未分配盈餘申報時列報；其未申報而申請更正者，如帳上已有記載，參照財政部七十一年六月十六日臺財稅第三四四七七號函及六十七年五月十七日臺財稅第三三二０七號函規定辦理，稽徵機關應予受理；如帳上未記載，稽徵機關應不予受理。至其回升利益，應配合上開跌價損失認定之准駁，作一致性之處理。三、…（一）跌價損失部分：…計算未分配盈餘時，依營利事業所得稅查核準則第一百十一條之一第一款規定，全數列為減除項目。（二）回升利益部分：…；計算未分配盈餘時，依所得稅法第六十六條之九第二項及同法施行細則第四十八條之十第一項第二款規定，全數列為加計項目。」等均無違上開說明之意旨，可作為本件計算未分配盈餘之參考。因此，原告訴稱「短期投資所認列之跌價損失，與短期投資轉列為長期投資承認之已實現跌價損失，就稅務觀點同屬未實現之跌價損失。」「短期投資所認列之跌價損失，與短期投資轉列為長期投資承認之已實現跌價損失，就稅務觀點同屬永久性差異。」「依所得稅法第66條之9 未分配盈餘課稅之意旨，要有未分配之盈餘方課徵未分配盈餘所得稅。」等節，皆與上開意旨不符，即非可採。
⒋本件原告90年度未分配盈餘申報，原申報項次2 「當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額」為47,680,625元（短期投資市價回升利益155,572,723 元－短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元＝47,680,625元），依所得稅法第66條之9 第1 項規定計算之未分配盈餘為60,023,847元。但查，依首開說明意旨，營利事業將帳列短期投資轉列為長期投資，或將長期投資轉列為短期投資，於轉換當時，若市價低於成本，雖在財務上依財務會計準則公報第5 號「長期股權投資會計處理準則」第27段規定，立即承認之已實現跌價損失，惟因該證券尚未出售，並無實際交易事項發生，在稅務處理上係屬未實現損失，應於出售時方始予認列，此差異屬時間性差異，於該證券出售時即行消除，不得列為計算所得稅法第66條之9 規定未分配盈餘之減除項目。因此，原告嗣以原申報項次2 之金額，誤以短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元，及短期投資市價回升利益155,572,723 元之淨額47,680,625元（155,572,723 元－107,892,098元）申報，申請以總額法更正項次2 為155,572,723 元、未分配盈餘為167,915,945 元（計算式：原申報未分配盈餘60,023,847元＋更正項次2 之差額107,892,098 元），核無不合，應予准許。
⒌再查，本件原告之短期投資採用成本市價孰低法評價，其87及89年度分別於帳上及營利事業所得稅結算申報書提列及申報短期投資未實現跌價損失58,042,964元、171,829,300 元，另於88年度提列及申報短期投資回升利益34,538,227元，截至89年12月31日止，原告帳列短期投資備抵跌價損失為195,334,037 元，分別有原告所提示之87、88及89年度會計師查核簽證報告資料附原處分卷可稽。原告既已於「帳上」提列各該年度短期投資未實現跌價損失，依前揭財政部93年7 月22日臺財稅第00000000000 號函釋規定，各該年度短期投資未實現跌價損失，應於原告87及89年度未分配盈餘申報時，全數列為減除項目。至事後產生之回升利益，自應配合上開跌價損失認定，作一致性之處理，於回升年度計算未分配盈餘時，全數列為加計項目。本件依原告簽證會計師更正申報之未分配盈餘查核說明，原告90年度短期投資依成本與市價孰低法評價計算之備抵跌價損失為39,761,314元，則其短期投資之時價於本期回升應為155,572,723 元（195,334,037 元－39,761,314元），自應參酌上開說明，秉持一致處理原則，將之列為原告90年度未分配盈餘之加計項目。另原告訴稱應將「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」依所得稅法第66條之9 第2 項第7 款規定更正提列特別盈餘公積，作為計算未分配盈餘之減項乙節，因「短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失」非屬股東權益之減項科目，核與首揭財政部89年3 月9 日臺財稅第0000000000號函釋：「…就當年度發生之帳列股東權益減項金額，自當年度稅後盈餘提列之特別盈餘公積部分」規定不合，故此部分主張亦非可採。
（二）關於罰鍰部分：
⒈按「營利事業已依第一百零二條之二規定辦理申報，但有漏報或短報未分配盈餘者，處以所漏稅額一倍以下之罰鍰。」行為時所得稅法第110 條之2 第1 項分別定有明文。本件原告90年度未分配盈餘申報，原申報項次2 「當年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅之所得額」47,680,625元（短期投資市價回升利益155,572,723 元－短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元＝47,680,625元），既經本院認定係155,572,723 元之誤，而短報未分配盈餘，已如前述，則原告顯有違反上開所得稅法第110 條之2 第1 項之客觀行為，至為明顯。又原告上開就未分配盈餘減除事項之申報，法律已明定其構成要件，縱或有適用上之疑義，亦經主管機關財政部證券管理委員會作成相關具有解釋性質之函釋在案，亦如前述。原告於申報90年度未分配盈餘時，對應如何申報，理應參照相關法令規定辦理；若對法令之適用及解釋產生疑義時，原告亦非不可向相關專業機構及人員查詢，於獲得正確及充分之資訊後申報，況本件已經會計師為查核簽證，理當不致誤報；且原告因適用法令錯誤或計算錯誤而有溢繳稅款之情形，亦可依稅捐稽徵法第28條規定，自繳納之日起5 年內提出具體證明，申請退還，然原告捨此不由，猶虛列減除項目及金額致有短報未分配盈餘之情形，自難謂其主觀上無違反上開所得稅法第110 條之2 第1 項規定之過失責任。從而，被告初查依原告申請更正後之金額核定，並就所漏稅額10,789,209元處0.5 倍之罰鍰5,394,600 元（計至百元止），經核既未逾越法定裁量範圍，且無與法律授權目的相違或出於不相關動機之裁量濫用，亦無消極不行使裁量權之裁量怠惰等情事，自難謂不法。
⒉雖原告另主張本件在未接獲被告書面調查通知函前，原告已自動申請更正並繳清稅款，應符合稅捐稽徵法第48條之1 自動補報並補繳所漏稅款案件，免按漏稅案件處以罰鍰云云。但按，「納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，左列之處罰一律免除；其涉及刑事責任者，並得免除其刑：…二、各稅法所定關於逃漏稅之處罰。」固為稅捐稽徵法第48條之1 第1 項第2
款所明定。然該條之立法目的，在鼓勵納稅義務人能在未經檢舉或未經調查前，自動向稽徵機關補繳所漏稅捐，以落實誠實申報之立法政策，並節省稅捐稽徵機關調查過程之勞費，故該規定第1 項所稱「稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件」，係指各稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員已察覺納稅義務人有可疑違章事實，並進行調查者而言，自不以調查程序之發動有無對外宣示或公布為要件甚明。又財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函檢發之稅捐稽徵法第48條之1 所稱進行調查之作業步驟及基準日之認定原則：「…各稅－列選案件、個案調查案件、其他涉嫌漏稅案件、臨時交辦調查案件：一、稽徵機關單位主管應視經辦人員每人每日可辦理件數，分批交查簽收。二、經辦人員應於交查簽收當日立即進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為，並應詳予記錄以資查考，藉昭公信。三、進行調查之作為有數個時，以最先作為之日為調查基準日。四、調查基準日以前補報並補繳或核定之日以後，就核定內容以外補報並補繳者，適用自動補報並補繳免罰之規定。」係財政部本於稅捐稽徵中央主管機關職權，為執行稅捐稽徵法第48條之1 有關進行調查之作業步驟及基準日認定所為之技術性補充規定，俾使所屬公務員或下級機關所屬公務員於執行時有所依循，既未於法律規定之外另行創設新的權利義務，增加人民之負擔，亦未牴觸憲法或法律，自應於所解釋法律生效之日起，適用於與此有關之未確定案件。依營利事業所得稅結算申報書面審核案件抽查要點第4 點規定，稽徵機關應就每年書面審核核定之案件，採隨機選樣方式抽查，抽查比率由稽徵機關首長視人力及案件數量自行決定。經查，本件原告90年度未分配盈餘申報案，係屬依上開規定所抽查之列選案件，被告於93年3 月10日調案及派案，並由被告所屬之稅務承辦人員簽收，隨後於93年3 月15日由機關內之電腦紀錄完成派案程序，惟原告迄至93年4 月1 日始繳清應補稅款，並於同日（被告收文日）向被告申請更正本期未分配盈餘申報書等情，有被告營所稅審查案件流向查詢表、申報書歷史資料查詢作業表、原告更正申請函、90年度更正申報未分配盈餘查核說明、繳費收據及90年度更正未分配盈餘申報書等件附原處分卷及本院卷可稽。本件被告既認本案為列選案件，且於93年3 月10日即已完成調案、派案及承辦人員簽收等作為，並於93年3 月15日登錄於機關內之電腦，自已符合稅捐稽徵法第48條之1 第1
項所稱「稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件」之要件；且依前揭財政部80年8 月16日臺財稅第801253598 號函所作成之稅捐稽徵法第48條之1 所稱進行調查之作業步驟及基準日之認定原則，上開調案之作為亦符合該原則所定「進行調查」之要件，況本件派案後，承辦人員亦隨即有「陳核」之動作，有被告營所稅審查案件流向查詢表附原處分卷可考，故本件之調查基準日應為93年3
月10日，最遲亦應在93年3 月15日之前。原告在93年4 月1 日始繳清應補稅款，並於同日向被告申請更正本期未分配盈餘申報書，顯已逾上開調查基準日，依前揭函釋意旨，自不適用稅捐稽徵法第48條之1 有關自動補報並補繳免罰之規定。從而，原告主張「原告係93年4 月1 日自動補報，在此日之前被告並未進行函查、調卷、調閱相關資料或其他調查作為之作為，遲至93年4 月8 日初次接獲與補報事項無關之查詢，故原告係在被告進行調查前自動補報並補繳稅款，符合稅捐稽徵法第48條之1 之規定，訴願決定及原處分以派案日為調查基準日與上開『稅捐稽徵法第48條之1 進行調查之作業步驟及基準日之認定原則』規定有違。」云云，洵非可採。
六、綜上所述，原處分以原告所列報短期投資轉列長期投資之已實現跌價損失107,892,098 元，因非屬所得稅法第66條之9
第2 項規定之減除項目，乃維持初查之結果，其認事用法並無違誤，訴願決定就此部分遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷原處分及訴願決定，為無理由，應予駁回。七、兩造其餘陳述於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3
項前段，判決如主文。
中　　華　　民　　國　　96　　年　　2 　　月　　6 　　日第 一 庭 審 判 長 法 官　王立杰
法 官　周玫芳
法 官　劉錫賢
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20內補提上訴理由書(須按他造人數附繕本)。
中　　華　　民　　國　　96　　年　　2 　　月　　6 　　日書記官 林佳蘋